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In questo articolo

  • Riepilogo
  • Abstract
  • Introduzione
  • Protocollo
  • Risultati
  • Discussione
  • Divulgazioni
  • Riconoscimenti
  • Materiali
  • Riferimenti
  • Ristampe e Autorizzazioni

Riepilogo

Mostriamo un metodo per isolare con successo organismi meticolari e anaerobi dai tratti del seno cutaneo (tunnel) nei tessuti asportati da pazienti con idrosadenite suppurativa.

Abstract

L'idrosadenite suppurativa (HS) è una condizione debilitante caratterizzata da noduli e ascessi dolorosi, che progredisce verso i tratti sinusali (tunnel) all'interno degli strati dermici della pelle, causando disagio significativo, secrezioni maleodoranti, deturpazioni, contratture e cicatrici, che riducono gravemente la qualità della vita. L'HS è associata ad alterazioni del microbioma cutaneo, influenzando la regolazione immunitaria e la difesa della pelle contro i batteri nocivi. Nonostante la sua prevalenza, il contributo del microbioma HS alla patologia della malattia e la limitata risposta al trattamento rimangono in gran parte sconosciuti. Ad oggi, diversi studi di sequenziamento dell'rRNA 16S sul tessuto HS hanno raggiunto solo la granularità a livello di genere, identificando un aumento degli anaerobi Gram-negativi e una diminuzione dei commensali cutanei. Una comprensione più profonda della disbiosi microbica negli individui con HS è essenziale per ottimizzare le strategie di trattamento. Ciò richiede un duplice approccio alla valutazione del microbioma HS, compreso l'isolamento delle specie batteriche, che sono spesso sottoutilizzate negli studi traslazionali incentrati sui disturbi della pelle. L'isolamento di singoli microrganismi dal tessuto HS è fondamentale per chiarire il ruolo dei batteri nella patogenesi dell'HS. Qui, evidenziamo i metodi riproducibili per isolare con successo i patogeni anaerobi dal tessuto del tunnel HS, fornendo il passo iniziale e più critico nella comprensione del ruolo batterico nell'HS. Questo metodo apre la strada a una ricerca mirata sui contributi microbici all'HS e allo sviluppo di strategie di trattamento più efficaci e personalizzate che affrontano il complesso carico microbico di questa condizione cronica.

Introduzione

L'idrosadenite suppurativa (HS) è una condizione dermatologica comune caratterizzata da noduli e ascessi che progrediscono verso i tratti sinusali (tunnel) formati all'interno degli strati dermici e sottocutanei della pelle, causando dolore significativo, producendo secrezioni purulente, deturpazione e sequele psicosociali debilitanti 1,2. L'HS colpisce in modo sproporzionato le donne e gli individui con pelle di colore, che emerge tipicamente nella tarda adolescenza o nella prima età adulta2. I gravi sintomi fisici della condizione sono aggravati dal suo profondo impatto psicosociale, tra cui depressione, ansia e isolamento sociale, che possono ridurre gravemente la qualitàdella vita. I tunnel HS formati allo stadio avanzato della malattia riducono significativamente le probabilità di risposta dei pazienti alla terapia biologica attualmente approvata e l'escissione chirurgica rimane l'unico approccio terapeutico 4,5.

Diversi studi hanno caratterizzato il microbioma associato ai tunnel HS, mostrando una prevalenza di patogeni anaerobi e una ridotta abbondanza di commensali cutanei 6,7,8, con studi recenti che identificano Porphyromonas spp. (tipo I) e Prevotella spp. (IV) nei tunnel, tra gli altri generi9. Un altro studio ha rilevato variazioni nel microbioma HS in base alla profondità del campionamento tissutale, confermando l'unicità della composizione microbica nel tessuto tunnel10. Inoltre, è stato dimostrato che la disbiosi influenza la risposta immunitaria nell'HS, implicando ulteriormente il ruolo dei microbi nella patogenesi della malattia 11,12,13,14. Sebbene sia in uso un trattamento antibiotico sistemico prolungato con clindamicina, rifampicina e tetracicline e abbia mostrato una riduzione del numero di tunnel di drenaggio nei pazienti affetti15,16, i dati sui patogeni anaerobi resistenti agli antibiotici nell'HS rimangono sconosciuti. Finora, non è stato riportato l'isolamento di ceppi batterici dai tunnel HS, limitando gli studi su nuovi trattamenti antimicrobici e la valutazione approfondita del contributo dei patogeni alla patogenesi della malattia. La standardizzazione dei metodi per l'isolamento dei patogeni non solo faciliterebbe una vera comprensione del ruolo batterico nella patogenesi dell'HS, ma consentirebbe anche la traduzione verso interventi più mirati e migliorati.

Qui, evidenziamo un metodo per isolare con successo i microrganismi dal tessuto del tunnel HS. L'isolamento delle singole specie batteriche è un passo iniziale cruciale per comprendere il loro ruolo nella patologia dell'HS. Questo metodo apre la strada a una ricerca mirata sui contributi microbici all'HS e allo sviluppo di strategie di trattamento più efficaci e personalizzate che affrontano i patogeni batterici in questa condizione cronica.

Protocollo

Questo protocollo è stato approvato dall'Institutional Review Board (IRB) dell'Università di Miami (protocollo #20200187). Il consenso informato viene ottenuto dai pazienti (n = 18, età media ± deviazione standard = 30,9 ± 9,4, 12 femmine, 6 maschi) con diagnosi di tunnel HS e/o dai loro tutori legali prima della procedura dopo una precedente discussione della ricerca per consentire di affrontare eventuali dubbi o domande.

1. Raccolta del campione del paziente

  1. Prima di maneggiare il tessuto asportato, utilizzare rigorose precauzioni sterili per ridurre al minimo il rischio di contaminazione. L'individuo che maneggia il tessuto deve indossare un camice da laboratorio, una maschera facciale e un cappuccio chirurgico e utilizzare guanti e strumenti sterili per maneggiare il tessuto.
  2. Per il controllo della sterilità, immergere le pinze pre-autoclavate nella fiala di trasporto anaerobico prima di processare il tessuto (Tabella dei materiali).
  3. Raccogliere il tessuto cutaneo, resecato chirurgicamente per mezzo di un bisturi o di un laser CO2 , dalle aree interessate di pazienti con diagnosi di tunnel HS e posizionarlo immediatamente in una capsula di Petri sterile utilizzando una pinza sterile per un'ulteriore elaborazione.
  4. Mentre si è presso il centro chirurgico o l'ambulatorio, identificare i tunnel all'interno del tessuto asportato sondando la pelle con una pinza pre-autoclavata, come mostrato nella Figura 1A.
  5. Eseguire biopsie con punch da 6 mm attraverso la pelle a tutto spessore del tunnel identificato subito dopo l'escissione tissutale e immergerle nel terreno tamponato semisolido con agenti riducenti nel sistema anaerobico per il trasporto di fiale di vetro per ottimizzare la sopravvivenza delle specie batteriche anaerobiche per ulteriori analisi.
  6. Trasportare il tessuto tunnel nelle fiale anaerobiche al laboratorio su ghiaccio.
  7. Eseguire la documentazione di esempio come descritto di seguito.
    1. Il giorno della procedura, raccogli le informazioni sul paziente, inclusi dati demografici, età, etnia/razza auto-dichiarata e farmaci attuali, senza alcun identificatore personale. I siti corporei del tessuto resecato accompagnano un diagramma corporeo, poiché i tunnel HS possono verificarsi in più siti corporei. Scattare fotografie del tessuto asportato da entrambi i lati del campione prima e dopo l'elaborazione dei tessuti, documentando la posizione della biopsia generata da un tunnel. All'arrivo in laboratorio, registrare i campioni di tessuto codificati senza alcun identificatore personale in un database elettronico e sicuro.

2. Lavorazione della pelle HS

  1. Allestimento e placcatura
    1. Indossa un camice da laboratorio e guanti e lega i capelli per evitare contaminazioni. Piastre di agar sanguigno preriscaldate, tra cui agar sanguigno Brucella lakhed con agar Kanamicina e Vancomicina (LKV), agar tripticasi Soia (TSA II) 5% di sangue di pecora (SB), infuso cardiaco cerebrale (BHI) e agar alcool feniletilico (PEA) con agar SB al 5% a 37 °C in un incubatore per 10 minuti. Pulire la cabina di biosicurezza con etanolo al 70% prima della lavorazione dei tessuti.
    2. Una volta riscaldate le piastre di agar, etichettare la base o il lato della piastra con il nome del campione codificato e la data. Posizionare le pinze autoclavate, i bisturi, le anse di inoculazione pre-sterilizzate e le piastre di agar nella cabina di biosicurezza.
    3. Rimuovere la biopsia con punzone da 6 mm dalla fiala di trasporto anaerobico con pinza sterile immergendo la pinza nel terreno. Taglia rapidamente il tessuto in piccoli pezzi, di circa 1 mm2 ciascuno, usando un bisturi sterile. Posizionare il tessuto in una provetta sterile da microcentrifuga contenente 500 μl di terreno clostridiale rinforzato (RCM) e agitare brevemente.
      NOTA: L'omogeneizzazione non è stata utilizzata perché i campioni sarebbero stati esposti all'ambiente aerobico per un periodo prolungato, il che avrebbe potuto portare a un'ulteriore aerazione durante il processo e alla potenziale perdita di batteri anaerobici.
    4. Utilizzando un nuovo ansa sterile, eseguire ripetute striature del quadrante della sospensione tissutale contenente organismi batterici sulle piastre di agar TSA II 5% SB, LKV, PEA con 5% SB e BHI.
    5. Utilizzando la restante sospensione di tessuto tritato, preparare scorte di glicerolo aggiungendo il 20% v/v di glicerolo sterile e l'80% v/v di sospensione tissutale in una crioprovetta. Conservare le scorte di glicerolo a 80 °C. Nel caso di una vitalità limitata dei batteri isolati, è possibile utilizzare stock di tessuto per ripetere l'isolamento.
    6. Introdurre tutte le piastre nell'incubatore a 37 °C in una camera anaerobica racchiusa con una confezione di CO2 . Controllare le piastre ogni 2-3 giorni, aspettandosi la crescita degli anaerobi 7-14 giorni dopo la placcatura. Documenta le morfologie delle colonie fotografando le placche.
  2. Banca dei tessuti
    1. Utilizzare una biopsia con punzone da 8 mm per raccogliere ulteriori campioni di pelle a tutto spessore attraverso il tunnel e lontano dal tunnel per il campione FFPE (Formalin Fixed Paraffin Embedded) e la valutazione istologica, poiché è più probabile che un campione di tessuto più grande catturi l'intero tunnel.
    2. Conservare ulteriori biopsie con punch da 6 mm per l'isolamento di DNA (snap frozen), RNA (in RNA successivo) e proteine (snap frozen).
  3. Mantenimento della colonia
    1. Una volta osservate le colonie sulle tavole originali, fotografare le lastre e prendere nota della morfologia distinta della colonia17. In generale, prevedere 10-15 diverse morfologie di colonie (vedi Figura 1).
    2. Preparare LKV, BHI, PEA preriscaldati con piastre di agar 5% SB e TSA II 5% SB (Tabella dei materiali). Etichettare ogni etichetta della piastra con l'ID del campione, la posizione della biopsia e la data.
    3. Utilizzando un puntale per pipetta sterile, prelevare una singola colonia e striarla con un movimento a zig-zag sullo stesso tipo di piastra su cui è stata rilevata. Quindi, utilizzando lo stesso puntale della pipetta con la colonia come modello per un'amplificazione PCR con rDNA 16s, seguire i passaggi seguenti.
    4. Ripetere il passaggio 2.3.3 utilizzando le colonie selezionate da tutti i tipi di piastre di agar con un nuovo puntale di pipetta sterile e una colonia singolare diversa della morfologia distinta dalla piastra originale. Anche in questo caso, subito dopo la striatura, utilizzare la punta della pipetta con la colonia rimanente per immergerla in un pozzetto di piastra PCR dedicato, in quanto ciò fornirà un modello per l'amplificazione PCR.
    5. Ripetere i passaggi 2.3.3-2.3.4 per ogni colonia distinta fino a quando tutte le colonie con morfologia specifica in tutti e quattro i tipi di piastre di agar sono state striate e i corrispondenti pozzetti PCR sono stati inoculati contemporaneamente.
    6. Conservare le piastre di agar appena piastrate nell'incubatore a 37 °C in una camera anaerobica racchiusa con una confezione di CO2 . Una volta che le colonie crescono, assicurarsi della purezza della colonia isolata prima di conservare le scorte batteriche (vedi sotto). Se le colonie piastrate mancano di uniformità, ripetere il passaggio 2.3.3. Eseguire il processo di riplaccatura ogni 4-5 giorni, a seconda della crescita della colonia, fino a quando le colonie non hanno un aspetto uniforme.
  4. Identificazione di specie batteriche mediante sequenziamento di colonie di colonie di rDNA 16s
    1. Preparare una piastra PCR con una miscela master composta da 2,5 μL di 10 μM 16S rDNA V1-V3 forward (5' AGAGTTTGATTCCTGGCTCAG-3') e primer reverse (5' AGAGTTTGATTCCTGGCTCAG-3'; 10 μM), 12,5 μL di 2x Master Mix polimerasi e 10 μL di acqua microbica priva di DNA per pozzetto per un volume totale di 25 μL per colonia.
    2. Calcolare il volume di una master mix PCR necessaria per l'amplificazione da tutte le colonie selezionate, il controllo negativo (senza modello) e il controllo positivo - è possibile utilizzare qualsiasi ceppo di laboratorio; usiamo comunemente lo Staphylococcus aureus USA300.
    3. Portare una piastra PCR nella cabina di biosicurezza, coprendo i pozzetti per evitare la contaminazione. Utilizzare una singola colonia da un puntale di pipetta sterile per la piastra. Risospendere immediatamente la colonia con un rigoroso roteamento nel pozzetto designato con la miscela master preriempita. Utilizzare lo stesso puntale della pipetta sia per la subcoltura che per il campionamento per la PCR.
    4. Ripetere il passaggio 2.4.3 per tutte le singole colonie HS e il controllo positivo.
    5. Eseguire la PCR con il seguente protocollo: 95 °C per 5 minuti per la denaturazione iniziale necessaria per lisare la colonia selezionata, seguita da 40 cicli di 95 °C per 15 s, 54 °C per 1 minuto, l'uso del ciclo finale di 4 °C è facoltativo. Un termociclatore può essere utilizzato anche con le stesse impostazioni del programma.
    6. Eseguire l'elettroforesi su gel con prodotti qPCR amplificati per verificare la dimensione dell'amplicona, che dovrebbe essere di 311 bp (Figura 2). Purificare con successo il frammento di rDNA 16s amplificato con il kit di purificazione PCR secondo le istruzioni del produttore.
    7. Inviare il prodotto PCR purificato per il sequenziamento Sanger dell'RNA ribosomiale 16S utilizzando i primer 16S rDNA V1-V3 in avanti e all'indietro.
  5. Stock batterici
    NOTA: Gli anaerobi esigenti sono noti per la loro limitata vitalità sulle piastre di agar.
    1. Al fine di garantire la conservazione del ceppo prima di ottenere i risultati del sequenziamento, che confermeranno l'identità della specie, generare piastre di agar da una singola colonia e confermare la purezza per generare gli stock. Generare stock direttamente dalla piastra di agar in parallelo con l'ottimizzazione delle condizioni di crescita nel mezzo liquido.
    2. Per preparare il brodo dalla piastra generata nella fase 2.3, utilizzare un anello di inoculazione sterile da 6 mm per prelevare il maggior numero possibile di colonie uniformi. Quindi, risospendere energicamente i batteri in 800 μL di RCM con il 20% di glicerolo sterile in crioprovette e conservarli a -80 °C per creare uno stock batterico.
      NOTA: Questa fase garantisce la conservazione tempestiva dei patogeni fastidiosi prima di ottenere la caratterizzazione mediante dati di sequenziamento.
    3. Eseguire l'ottimizzazione della crescita in coltura liquida e la generazione di ceppi da una singola colonia una volta confermata la classificazione del ceppo.

Risultati

In questo studio, descriviamo un protocollo per l'isolamento e la caratterizzazione di batteri anaerobi da tunnel HS. Questo protocollo è nuovo e notevole per la creazione del potenziale per testare la funzione e la virulenza di questi batteri utilizzando modelli di infezione cutanea in vitro, ex vivo e in vivo per aumentare la nostra comprensione del contributo microbico alla patogenesi dell'HS. In primo luogo, abbiamo identificato i tunnel dalla pelle resecata sondeggiandoli con una pinza sterile (Figura 1A). Abbiamo distinto i tunnel dai noduli e dagli ascessi, poiché questi ultimi non si collegano sotto la superficie della pelle. Prelevare biopsie punch a tutto spessore da 6 mm attraverso tunnel e conservarle in condizioni anaerobiche per colture batteriche utilizzando l'agar LKV per la selezione prevalente di batteri Gram-negativi, come Porphyromonas sp. e Prevotella sp. Le piastre di agar TSA II 5% SB consentono la crescita di batteri Gram-negativi e Gram-positivi, tra cui Peptoniphilus sp. e Streptococcus Sp. Le colonie risultanti sono distinte per morfologie, inclusi diversi colori (ad esempio, nero, giallo, bianco, ecc.), dimensioni e trasparenza, con o senza zona di emolisi (Figura 1B). Le colonie che crescono entro 3 giorni hanno meno probabilità di rappresentare anaerobi facoltativi e di solito includono specie di Staphylococcus e Corynebacterium . Gli anaerobi possono comparire dopo 7-14 giorni di crescita, presentandosi solitamente con colonie molto piccole, pigmentate o traslucide. Pertanto, le colonie che compaiono precocemente dopo la placcatura iniziale entro 2-4 giorni possono essere caratterizzate e conservate, ma di solito si tratta di specie non rappresentative del microbioma tunnel-specifico e sono frequentemente isolate dalla pelle superficiale e dai noduli distinti dal tunnel. Le specie anaerobi rappresentative obbligatorie e facoltative isolate e classificate mediante sequenziamento di ampliconi includevano Prevotella sp, Peptoniphilus sp, Porphyromonas sp, Streptococcus anginosus, Staphylococcus lugdunensis, Parvimonas micra, Proteus mirabillis e Actinotignum schaalii. Anche l'isolamento dei batteri dalla cute HS che non coinvolge strutture a tunnel (lontano dal tunnel) è importante in quanto può individuare le differenze in entrambe le fonti tissutali e facilitare la selezione di batteri specifici per il tunnel. È importante sottolineare che il controllo della sterilità della procedura è essenziale e non dovrebbe produrre alcuna crescita.

L'istologia è servita anche come verifica dei tunnel clinicamente identificati, poiché la morfologia dell'HS è complessa e altamente variabile anche all'interno dei singoli campioni18. L'istologia a tunnel ha mostrato un'epitelizzazione variabile nel lume che, quando presente, assomigliava all'epitelio superficiale sovrastante, in linea con la letteratura precedentemente descritta12 (Figura 3). Il materiale ricco di cheratina è stato trovato anche nel lume, che può fungere da superficie per l'attacco batterico, insieme a un denso infiltrato infiammatorio, che riflette una robusta infiammazione, un segno distintivo dei tunnel HS12. In alcuni campioni, è stato visualizzato anche l'epitelio tunnel, che appare come chiazze di tessuto ispessito lungo il lume. La raccolta di più punzoni a tutto spessore da 8 mm è stata fattibile e ha fornito una valutazione istologica rappresentativa, in quanto ha permesso di catturare l'intero tunnel e le strutture circostanti (Figura 3).

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Figura 1: Isolamento di ceppi microbici da tunnel HS. (A) Un tunnel è stato identificato nel campione di pelle mediante sondaggio con pinza sterile. (B) Vengono mostrate piastre di agar sanguigno rappresentative, striate dal tessuto del tunnel trasportato in una fiala di trasporto anaerobico. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

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Figura 2: Elettroforesi su gel di amplicone di rDNA 16S rappresentativo. I campioni 1-6 rappresentano prodotti 16S rDNA PCR da colonie batteriche distinte analizzate mediante elettroforesi su gel, con ogni corsia corrispondente a una colonia unica. Il controllo negativo non contiene DNA, confermando la specificità della reazione PCR. La presenza di specifiche bande di rDNA 16S indica il successo dell'amplificazione dalle colonie batteriche. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

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Figura 3: Istologia rappresentativa che mostra il tunnel epitelizzato. La linea tratteggiata nera delinea il lume del tunnel; la linea tratteggiata bianca delinea l'epitelio del tunnel; La linea blu indica la membrana basale tra la pelle, l'epidermide superficiale e il derma. Barra della scala = 500 μm. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Discussione

In questo studio, presentiamo un nuovo metodo per isolare e mantenere i batteri che colonizzano i tunnel HS. Questo metodo riproducibile non solo consentirà una caratterizzazione approfondita dei ceppi presenti in queste strutture patologiche, ma consentirà anche successivi studi funzionali che esploreranno il ruolo di specifici microbi nella patogenesi dell'HS. Le fasi critiche del protocollo includono la raccolta e il trasporto dei tessuti in mezzi anaerobici, che facilita la conservazione di microrganismi fastidiosi vitali dai tunnel HS. Come per qualsiasi studio, permangono limitazioni, comprese quelle associate alle procedure chirurgiche, come l'uso di disinfettanti cutanei e l'anestesia locale, che possono avere un impatto sul microbioma del tessuto, così come le varie esposizioni ambientali dei pazienti, le pratiche igieniche, i farmaci, la gravità della malattia e le comorbidità19. Inoltre, riconoscendo che il calore generato durante la procedura laser potrebbe influire sulla vitalità microbica, i batteri sono stati isolati dal tessuto HS lontano dal sito di escissione, evitando il potenziale effetto sulla composizione del microbioma. I pazienti con HS sono anche frequentemente trattati con antibiotici topici e/o sistemici, nonché con farmaci immunosoppressori che possono influenzare la colonizzazione cutanea20. Questi fattori rendono ancora più importante la standardizzazione nella raccolta e nell'elaborazione dei campioni18. Riconosciamo anche che una certa percentuale di batteri non è coltivabile. Tuttavia, i protocolli sono ottimizzati per isolare le specie più rappresentative identificate negli studi sul microbioma HS. I nostri risultati sono in linea con i precedenti studi sul microbioma sui tunnel HS 6,7,8, poiché i batteri dei tunnel HS isolati in questo studio includevano Prevotella sp, Peptoniphilus sp, Porphyromonas sp, Staphylococcus lugdunensis, Streptococcus anginosus, Parvimonas micra, Proteus mirabillis e Actinotignum schaalii. Inoltre, il tessuto conservato per l'isolamento del DNA potrebbe essere utilizzato per la convalida mediante studi sul microbioma, sia con approccio metagenomico che con sequenziamento di ampliconi. Con questo approccio standardizzato, speriamo anche di migliorare la raccolta dei tessuti e la riproducibilità dei futuri studi sul microbioma nell'HS.

Il metodo descritto pone le basi per approfondire la nostra comprensione dei contributi dei patogeni HS a vari aspetti della patogenesi della malattia, compresi gli studi di interazione ospite-patogeno. Studi recenti hanno caratterizzato la risposta dei cheratinociti umani ai ceppi di ATCC disponibili in commercio da specie predominanti identificate in HS 12,13. Tuttavia, i ceppi di ATCC utilizzati sono stati isolati dall'espettorato, dalle lesioni cervico-facciali e dagli empiemi, piuttosto che dal tessuto HS, evidenziando la necessità di modelli HS più affidabili che imitino la condizione umana, in particolare quelli che rappresentano i tunnel HS21. Questo metodo rende anche possibile l'accumulo di ceppi batterici isolati dai tunnel HS, il che ha il potenziale per facilitare test funzionali su larga scala e chiarire i ruoli dei patogeni nello sviluppo e nella progressione dei tunnel HS. È importante sottolineare che l'isolamento dei patogeni del tunnel consente anche un'ulteriore valutazione della suscettibilità antimicrobica e della prevalenza della resistenza agli antibiotici, che è nota nel contesto dell'uso frequente di antibiotici topici e sistemici come la doxiciclina e la clindamicina per il trattamento delle riacutizzazioni della malattia22. I patogeni del tunnel possono anche contribuire alla risposta variabile del paziente alla terapia biologica14. Pertanto, esiste un grande potenziale traslazionale per gli studi che utilizzano i patogeni del tunnel HS, compresa l'ottimizzazione della selezione della terapia e lo sviluppo di trattamenti specifici per i patogeni per limitare l'uso degli antibiotici, riducendo così il rischio di resistenza agli antibiotici. Inoltre, l'analisi della composizione del microbioma nell'HS può consentire miglioramenti negli strumenti diagnostici e prognostici per valutare la progressione della malattia e i rischi di recidiva. In sintesi, abbiamo presentato un metodo pratico e riproducibile per isolare e mantenere i batteri dai tunnel HS per ulteriori studi di caratterizzazione e funzionali.

Divulgazioni

Gli autori non segnalano alcun conflitto di interessi.

Riconoscimenti

Questo lavoro è stato sostenuto da R01AR083385 (IP, MTC, HLT), P50MD017347 (TG, IP, HLT) e dalla sovvenzione di ricerca HS Foundation Danby (TG). Questo lavoro è stato inoltre supportato dalla sovvenzione NIH 1S1OD023579-01 per la casa dello scanner per vetrini VS120 presso la Miller School of Medicine Analytical Imaging Core Facility dell'Università di Miami.

Materiali

NameCompanyCatalog NumberComments
6mm punch biospyINTEGRA33-36Other suppliers can be used
8mm punch biospyINTEGRA33-37Other suppliers can be used
Agarose Sigma AldrichA9539Other suppliers can be used
Anaerobic Chambers BD260672
Anaerobic Transport MediaAnaerobic SystemsAS-911
Brain heart Infusion AgarAnaerobic SystemsAS-6426
CO2 gaspakBD260678
Difco Reinforced Clostridial MediumBD218081
GlycerolSIGMAG5516-1LOther suppliers can be used
Hard shell PCR platesBIO-RADHSP9601Other suppliers can be used
Incubator VWRSymphonyAny callibrated incubator can be used
Inoculation loopsVWR76544-926Other suppliers can be used
LKV agarHARDY DiagnosticsA60
Microbial DNA-Free WaterQiagen338132
Nunc CryoTubeThermo scientific 377267Other suppliers can be used
PCR (CFX Connect Real Time System)BIO-RADCFX Connect Optics Module Regular Themocycler can be used 
PEA agar HARDY DiagnosticsA93
Q5 High Fidelity 2X Master MixBioLabsM0492S
QIAquick PCR Purification KitQIAGEN28104
Reinforced clostridia mediaBD218081
Thin ForcepsMillipore SigmaF4017Other suppliers can be used
Trypticase Soy Agar (TSA II) with 5% sheep bloodThermo scientific221261

Riferimenti

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