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本研究为基于CRISPR/Cas9核糖核酸酶构建纯合蝗虫突变体提供了系统优化的程序,以及蝗虫卵冷冻保存和复苏的详细方法。
迁徙 蝗虫Locusta migratoria,不仅是给人类造成巨大经济损失的世界性瘟疫蝗虫之一,也是昆虫的重要研究模型。CRISPR/Cas9系统可以准确地定位特定的DNA位点并在靶位点内切割,有效地引入双链断裂以诱导靶基因敲除或将新的基因片段整合到特定位点中。CRISPR/Cas9介导的基因组编辑是解决蝗虫研究中遇到的问题的有力工具,也是蝗虫控制的一种有前途的技术。本研究为迁徙蝗虫中具有Cas9蛋白和单向导RNA(sgRNA)复合物的CRISPR / Cas9介导基因敲除提供了系统方案。详细描述了sgRNA靶位点的选择和设计,然后是sgRNA的 体外 合成和验证。后续程序包括卵筏采集和鞣卵分离,以实现低死亡率的成功显微注射、卵培养、突变率的初步估计、蝗虫繁殖以及突变体的检测、保存和传代,以确保编辑的蝗虫种群稳定。该方法可作为基于CRISPR/Cas9的基因编辑在迁徙蝗虫和其他昆虫中的参考应用。
基因编辑技术可用于将插入或缺失引入特定的基因组位点,以人工修改目标基因的目的1。在过去的几年中,CRISPR/Cas9技术发展迅速,在生命科学的各个领域的应用范围越来越大2,3,4,5,6。CRISPR / Cas9系统于1987年发现7,并广泛存在于细菌和古细菌中。进一步的研究表明,它是一种原核适应性免疫系统,依赖于RNA引导的核酸酶Cas9来对抗噬菌体8。人工修饰的CRISPR/Cas9系统主要由两种组分组成,即单一向导RNA(sgRNA)和Cas9蛋白。sgRNA由与靶序列互补的CRISPR RNA(crRNA)和相对保守的辅助反式激活crRNA(tracrRNA)组成。当CRISPR/Cas9系统被激活时,sgRNA与Cas9蛋白形成核糖核蛋白(RNP),并通过RNA-DNA相互作用的碱基配对将Cas9引导到其靶位点。然后,双链DNA可以被Cas9蛋白切割,结果,双链断裂(DSB)出现在靶位点9,10,11,12的原间隔相邻基序(PAM)附近。为了减轻DSB造成的损伤,细胞将激活全面的DNA损伤反应,以有效地检测基因组损伤并启动修复程序。细胞中有两种不同的修复机制:非同源末端连接(NHEJ)和同源定向修复(HDR)。NHEJ是最常见的修复途径,可以快速修复DNA双链断裂并防止细胞凋亡。然而,它容易出错,因为在DSB附近留下了插入和缺失(插入缺失)的小片段,这通常会导致开放的阅读帧偏移,从而导致基因敲除。相比之下,同源修复是相当罕见的事件。在存在序列与DSB上下文同源的修复模板的情况下,细胞偶尔会根据附近的模板修复基因组断裂。HDR的结果是DSB被精确修复。特别是,如果模板中的同源序列之间存在额外的序列,它们将通过HDR整合到基因组中,这样可以实现特定的基因插入13。
随着sgRNA结构和Cas9蛋白变异体的优化和发展,基于CRISPR/Cas9的基因编辑系统也已成功应用于昆虫研究,包括但不限于黑腹果蝇、埃及伊蚊、森邦比克斯、阿米格拉螺旋藻、木星蝇和蝗虫迁徙14,15,16,17,18,19.据作者所知,尽管由Cas9蛋白和体外转录sgRNA组成的RNP已被用于蝗虫基因组编辑20,21,22,但仍然缺乏CRISPR / Cas9核糖核酸酶介导的迁徙蝗虫纯合突变体构建的系统性和详细的方案。
迁徙蝗虫是一种重要的农业害虫,分布全球,对粮食生产构成重大威胁,对小麦、玉米、水稻和小米等禾本科植物尤其有害23。基于基因组编辑技术的基因功能分析可为控制迁徙蝗虫提供新的靶点和新策略。本研究提出了通过CRISPR/Cas9系统 敲 除迁徙蝗虫基因的详细方法,包括靶位点的选择和sgRNA的设计,sgRNA的体外合成和验证,卵子的显微注射和培养,胚胎期突变率的估计,突变体的检测以及突变 体 的传代和保存。该方案可作为操纵绝大多数蝗虫基因的基础参考,可为其他昆虫的基因组编辑提供有价值的参考。
1. 靶点选择和sgRNA设计
2. sgRNA体外的合成与验证
3. 卵子的显微注射和培养
4. 突变率估计和突变体筛选
5. 突变系的建立和传代
6. 卵子冷冻保存和复苏
该协议包含生成迁徙蝗虫纯合突变体的详细步骤,RNP由Cas9蛋白和 体外 合成的sgRNA组成。以下是CRISPR/Cas9介导的靶基因敲除在蝗虫中的一些代表性结果,包括靶标选择、sgRNA合成和验证(图1A)、卵子采集和注射、突变体筛选和传代、冷冻保存和纯合子卵的复苏。
在这项研究中,根据三个在线程序(E-CRISP,CRISPOR和ZiFit)的结果选择CRISPR / Cas9系统的目标位点,并位于第一个外显子中(图1B)。根据 体外Cas9 切割测定(表1),CRISPR / Cas9 RNP可以消化PCR片段(包含靶位点),切割率约为55%(图1C)。然后,使用标准显微注射系统将该RNP在其单细胞阶段显微注射到120个受精卵中(图2 和 图3)。胚胎阶段突变率估计的测序结果表明,在靶位点进行有效的基因组编辑(图4A)。此外,这项研究导致52.73%的若虫孵化率,66.7%的G0 成虫是马赛克突变体(表4)。
此外,将G0嵌合体与野生型蝗虫杂交以获得杂合的G 1个体,并将具有相同突变的G1杂合子(通过TA克隆筛选)杂交产生G2动物。基于PCR的表型用于检测突变体,并将获得的纯合子杂交以建立稳定的突变体系(图4B)。
同时,对多余的纯合子卵进行冷冻保存,以提高纯合子的利用率。尽管冷冻保存时间的延长降低了冷冻保存种蛋的孵化速率(表5),但补救措施包括使用滤纸碎片保持种蛋湿润,并在温度上升梯度下回收这些腌制种蛋,都有助于复苏(图 5和 表5)。最后,成功保留突变体的纯合群体以供后续研究使用。
图1:靶标设计和sgRNA的 体外 验证 。 (A)靶标选择、sgRNA合成、 体外 生物活性验证(包括但不限于蝗虫)流程图。(B)基因结构和靶位点示意图。该靶基因的外显子显示为蓝色结构域,并且靶位点被选择在外显子1的起始密码子下游。目标序列以红色突出显示。(C)琼脂糖凝胶电泳结果体 外 Cas9裂解测定。将含有靶序列(长度约400 bp)的DNA片段扩增并用作Cas9消化的底物。预期的小条带(此处约为100 bp和300 bp;用红色三角形标记)表明合成的sgRNA可以诱导有效的Cas9切割。根据灰度分析,裂解率约为55%。 请点击此处查看此图的大图。
图2:刺槐卵的针头制备和显微注射垫。 (A)用于刺槐卵显微注射的准备好的针尖。比例尺:1毫米。 (B)显微注射垫的图片,上面排列着鸡蛋(用红色三角形表示)。比例尺代表 1 厘米。 (C) 显微注射垫的尺寸。请点击此处查看此图的大图。
图3:卵子显微注射。 (A)带有红色框的代表性显微注射系统,表示显微镜(中)和连接到显微注射器的显微操纵器(右)。该计算机用于数据存储和提供辅助观察。(二)注射刺槐卵。注射部位用红色三角形标记。(C)显微镜下孵化的若虫。比例尺代表 1 毫米。 请点击此处查看此图的大图。
图4:G 0动物的测序结果和突变株系的传代策略。 (A)G0筛选的典型测序结果。靶位点附近的多个峰(在野生型序列中用红色矩形标记)表明被CRISPR/Cas9系统成功编辑了测试的卵/蝗虫(如G 0-1和G0-2所示),而测序结果没有任何变化的个体被认为是未编辑和放弃的(例如, G0-3)。(B)突变系的传代策略。首先通过PCR介导的基因分型对G0动物进行筛选,测序结果中有多个峰的动物与野生型蝗虫杂交,生成G1动物。PCR介导的基因分型和TA克隆用于鉴定G1杂合子。然后,将具有相同突变的杂合子杂交以产生G2动物(纯合子和杂合子)以进行进一步的研究和传代。请点击此处查看此图的大图。
图 5:卵子冷冻保存和复苏。 (A)冷冻保存程序:从蛋荚中分离出卵子,并在用无菌水洗涤后在30°C下孵育5-6天。然后,将发育好的鸡蛋聚集在培养皿中,并用小块潮湿的滤纸覆盖它们。用石蜡膜包裹整个培养皿,并在25°C下保持2天,然后在相对较低的温度(例如,13-16°C)下再保持2天。最后,将其冷藏在6°C。 (B)复苏程序:将装有冷冻保存鸡蛋的培养皿从冰箱中取出,并在去除滤纸屑后在25°C下保持2天。然后,可以将卵培养在30°C下进行后续发育,直到若虫孵化。请点击此处查看此图的大图。
试剂 | 体积(微升) |
Cas9 蛋白 (300 ng/μL) | 1 |
sgRNA (300 纳克/微升) | 1 |
PCR 产物 (200 ng/μL) | 1 |
10×NEBuffer r3.1 | 1 |
无核酸酶水 | 6 |
表1: 体外 消化系统。 将200 ng纯化的靶片段(PCR产物)与CRISPR / Cas9系统(每种组分300 ng)混合,以测试合成的sgRNA的生物活性。使用商业缓冲液并加入无核酸酶的水,使总体积达到10 μL。
试剂 | 体积(微升) |
2xEs Taq 母混液 | 12.5 |
正向引物 | 0.5 |
反向底漆 | 0.5 |
模板(裂解产物) | 1 |
无核酸酶水 | 10.5 |
表2:用于靶基因片段扩增的PCR系统。 为了扩增靶基因的基因组片段,使用了商业Taq混合物,并根据制造商的说明添加了引物。使用1 μL裂解产物作为模板,并使用无核酸酶的水使总体积达到25 μL。
温度(°C) | 时间 | 周期 |
95 | 5 分钟 | 1 |
95 | 30 秒 | 35 |
55 | 30 秒 | |
72 | 40 秒 | |
72 | 10 分钟 | 1 |
表3:用于靶基因扩增的PCR程序。 靶基因扩增的PCR程序为:95°C,持续5分钟;35次循环,95°C持续30秒,55°C持续30秒,72°C持续40秒;72°C10分钟。
项目 | 数据 |
注射卵数量 | 120 |
经过测试的胚胎 | 10 |
孵化若虫的数量 | 58 |
孵化率 | 52.73% |
G0 成人人数 | 12 |
G0 突变体的数量 | 8 |
G0 成人的突变效率 | 66.67% |
表 4:编辑效率汇总。 注射120个卵子以敲除靶基因,并在胚胎阶段取10个卵子进行测试。从其余胚胎孵化出58只若虫(孵化率为52.73%)。最终,12只G0 蝗虫发育到成虫期,其中8只在目标位点成功编辑。G0 成人突变率为66.67%。
控制组 | 组 1 | 第 2 组 | 第 3 组 | 第 4 组 | |
鸡蛋数量 | 120 | 120 | 120 | 120 | 120 |
储存温度处理 | 30 °C | 30°C (5-6 天)→6 °C | 30°C (5-6 天)→25°C (2 天)→13-16°C (2 天)→6 °C | 30°C (5-6 天)→25°C (2 天)→13-16°C (2 天)→6 °C | 30°C (5-6 天)→25°C (2 天)→13-16°C (2 天)→6 °C |
储存时间 | 14天 | 14天 | 1个月 | 3个月 | 5个月 |
复苏的温度治疗 | 30 °C | 6°C→30°C | 6°C→25°C (2 天)→30 °C | 6°C→25°C (2 天)→30 °C | 6°C→25°C (2 天)→30 °C |
孵化蝗虫数量 | 108 | 0 | 96 | 86 | 78 |
孵化率 | 90.00% | 0 | 80.00% | 71.67% | 65.00% |
蝗虫成虫数量 | 81 | 0 | 60 | 46 | 31 |
闭合率 | 75.00% | 0 | 62.50% | 53.49% | 39.74% |
表5:卵子冷冻保存和复苏的摘要。 将600个卵子分成5组进行冷冻保存和复苏研究。第一组(对照)120个鸡蛋始终在30°C下孵育并储存14天。将第二组(第1组)120枚鸡蛋在30°C孵育5-6天后转移到冰箱中,并在6°C下储存14天。然后,将这些卵子转移到30°C进行复苏。其他组(第2组,第3组和第4组,每组包含120个鸡蛋)按照方案(步骤6.1-6.3)所述进行梯度冷却和恢复温度处理,储存时间不同(第2组为1个月,第3组为3个月,第4组为5个月)。最后,对照组孵化108株若虫(孵化率为90%),其中81株发育到成虫期(闭合率的75%)。第二组(第1组)没有蝗虫孵化。其他组的孵化率和闭合率均低于对照组,且随贮藏时间的延长而下降。96只若虫在第2组孵化,其中60只发育到成虫阶段。86只若虫在第3组孵化,其中46只发育到成虫阶段。在第4组中,78只若虫孵化,其中31只发育到成虫阶段。
自人类文明以来,蝗虫一直是对农业最具破坏性的害虫之一23.基于CRISPR/Cas9的基因组编辑技术是更好地了解蝗虫生物学机制以及有前途的害虫控制策略的有力工具。因此,开发一种高效且易于使用的CRISPR/Cas9介导的纯合蝗虫突变体构建方法具有很大的益处。尽管已经报道了一些伟大的工作,并为蝗虫基因组编辑提供了一些基本的工作流程18,20,21,22,但仍然缺乏对整个过程的系统优化。一般来说,胚胎注射CRISPR/Cas9系统产生的纯合蝗突变体可分为三大步骤:a)sgRNA设计、合成和体外筛选,b)卵子采集、制备和注射;c)突变体筛选和纯合子维持。该协议提供了优化的工作流程,靶位点选择,体外sgRNA筛选,卵子显微注射以及检测突变体的步骤对于使用CRISPR / Cas9系统有效生成纯合突变蝗虫尤其重要。
首先,靶位点、相应sgRNA的形态和sgRNA的浓度被认为是昆虫基因组编辑效率的关键因素18,27,28。为了解决这个问题,建议首先分析基因结构,并使用在线资源在外显子1或起始密码子附近设计多个靶位点。然后,体外合成sgRNA,并与不同浓度的Cas9蛋白混合,以优化RNP的切割效率。该程序将有助于鉴定具有高生物活性的sgRNA,并优化候选靶基因的RNP复合物组成。
其次,在有限的时间内收集尽可能多的新鲜鸡蛋,提高孵化率和突变率也是基因组编辑操作的一大挑战。在16(浅):8(暗)光周期条件下饲养的群居成虫蝗虫用于在上午9:00-11:00的短时间内收集足够的卵。重要的是用画笔或镊子在鸡蛋之间轻轻向下施加压力,以小心地将鸡蛋与豆荚隔离开来。通过足够的练习,多个用户可以可靠地将单个鸡蛋与豆荚分离。分离每个鸡蛋并用无菌水洗涤后,将卵子对齐在设计的注射垫上(图2B,C),以在显微注射过程中稳定卵子。在小细胞附近将卵子注射优化的RNP。为了限制机械损伤并最大限度地减少鸡蛋的污染,允许新鲜鸡蛋在豆荚中停留约 30 分钟,以确保蛋壳鞣制是显微注射的理想选择21,因为它具有浓缩的结构和足够的鞣制后对入侵的高防御能力29,30.同时,一份已发表的报告表明,蝗虫卵的合胞体分裂31 发生在产卵后0 h至4 h之间的某个时间点。使用当前的标准显微注射方案,可以在40分钟内完成约100个卵子的注射。综上所述,100个受精卵的晒黑和显微注射过程可以在2小时内完成。因此,CRISRP / Cas9介导的切割和靶基因的修复至少还有2小时,以便在注射的卵和未来的成年蝗虫中实现有效突变。
最后,传代和突变鉴定的有效策略对于在大多数突变动物中产生纯合子非常重要。在蝗虫中,对于编辑后非致命的基因,这里建议的交叉策略是G0 突变体与宽型蝗虫杂交,并且可以使用具有相同突变的G1 杂合子进行进一步的杂交,以产生下一代纯合突变体。为了验证突变遗传过程中每个蝗虫的突变,建议使用碱裂解法消化一小段触角作为基于PCR的基因分型的模板。最后,使用获得的纯合成虫进一步杂交以扩大种群。受限于纯合蝗虫的种群规模和发育阶段差异,建议将多余的卵在6°C冷冻保存,并通过梯度温升进行复苏(图5),这是基于迁徙蝗虫卵低温滞育和高温滞育释放的原理32,33。
简而言之,CRISPR/Cas9系统已被证明是促进迁徙蝗虫功能基因组学研究的可靠工具。该详细协议可用作迁徙蝗虫和其他昆虫中基于CRISPR / Cas9的基因编辑应用的参考。
提交人声明他们没有利益冲突。
这项工作得到了国家自然科学基金(32070502,31601697,32072419和中国博士后科学基金(2020M672205)的支持。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
10×NEBuffer r3.1 | New England Biolabs | B7030S | The buffer of in vitro Cas9 cleavage assays |
2xEs Taq MasterMix (Dye) | Cwbio | CW0690 | For gene amplification |
2xPfu MasterMix (Dye) | Cwbio | CW0686 | For gene amplification |
CHOPCHOP | Online website for designing sgRNAs, http://chopchop.cbu.uib.no/. | ||
CRISPOR | Online website for designing sgRNAs, http://crispor.org. | ||
CRISPRdirect | Online website for designing sgRNAs, http://crispr.dbcls.jp/. | ||
Electrophoresis power supply | LIUYI BIOLOGY | DYY-6D | Separation of nucleic acid molecules of different sizes |
Eppendorf Tube | Eppendorf | 30125177 | For sample collection, etc. |
Fine brushes | Annigoni | 1235 | For cleaning and isolating eggs. Purchased online. |
Flaming/brown micropipette puller | Sutter Instrument | P97 | For making the microinjection needles |
Gel Extraction Kit | Cwbio | CW2302 | DNA recovery and purification |
Gel Imaging Analysis System | OLYMPUS | Gel Doc XR | Observe the electrophoresis results |
GeneTouch Plus | Bioer | B-48DA | For gene amplification |
Glass electrode capillary | Gairdner | GD-102 | For making injection needles with a micropipette Puller |
Incubator | MEMMERT | INplus55 | For migratory locust embryo culture |
Metal bath | TIANGEN | AJ-800 | For heating the sample |
Micro autoinjector | Eppendorf | 5253000068 | Microinjection of embryos early in development |
Micro centrifuge | Allsheng | MTV-1 | Used for mixing reagents |
Microgrinder | NARISHIGE | EG-401 | To ground the tip of injection needle |
Microloader | Eppendorf | 5242956003 | For loading solutions into the injection needles. |
Micromanipulation system | Eppendorf | TransferMan 4r | An altinative manipulation system for microinjection |
Microscope | cnoptec | SZ780 | For microinjection |
Motor-drive Manipulator | NARISHIGE | MM-94 | For controling the position of the micropipette during the microinjection precedure |
Multi-Sample Tissue Grinder | jingxin | Tissuelyser-64 | Grind and homogenize the eggs |
ovipisition pot | ChangShengYuanYi | CS-11 | Filled with wet sterile sand for locust ovipositing in it. The oocysts are collected from this container. Purchased online. |
Parafilm | ParafilmM | PM996 | For wrapping the petri dishes. |
pEASY-T3 Cloning Kit | TransGen Biotech | CT301-01 | For TA cloning |
Petri dish | NEST | 752001 | For culture and preservation of the eggs. |
Pipettor | Eppendorf | Research plus | For sample loading |
plastic culture cup | For rearing locusts seperately and any plastic cup big enough (not less than 1000 mL in volume) will do. Purchased online. | ||
Precision gRNA Synthesis Kit | Thermo | A29377 | For sgRNA synthesis |
Primer Premier | PREMIER Biosoft | Primer Premier 5.00 | For primer design |
SnapGene | Insightful Science | SnapGene®4.2.4 | For analyzing sequences |
Steel balls | HuaXinGangQiu | HXGQ60 | For sample grinding.Purchased online. |
Tips | bioleaf | D781349 | For sample loading |
Trans DNA Marker II | TransGen Biotech | BM411-01 | Used to determine gene size |
TrueCut Cas9 Protein v2 | Thermo | A36496 | Cas9 protein |
UniversalGen DNA Kit | Cwbio | CWY004 | For genomic DNA extraction |
VANNAS Scissors | Electron Microscopy Sciences | 72932-01 | For cutting off the antennae |
Wheat | To generate wheat seedlings as the food for locusts. Bought from local farmers. | ||
ZiFiT | Online website for designing sgRNAs, http://zifit.partners.org/ZiFiT/ChoiceMenu.aspx. |
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