Bu makalede açıklanan araştırma, Kanada Yenilik, Doğa Bilimleri ve Mühendislik Araştırma Konseyi, Saskatchewan Üniversitesi, Saskatchewan Hükümeti, Batı Ekonomik Çeşitlendirme Kanada, Ulusal Araştırma Konseyi Kanada ve Kanada Sağlık Araştırmaları Enstitüleri tarafından desteklenen Kanada Işık Kaynağı'ndaki BMIT tesisinde gerçekleştirildi. Yazarlar, Kanada Işık Kaynağı'ndaki beamline bilim adamlarına, özellikle Adam Webb, Denise Miller, Sergey Gasilov ve Ning Zu'ya SkyScan SRμCT ve beyaz ışın mikroskop sistemlerinin kurulumu ve sorunlarının giderilmesindeki yardımları için teşekkür etmek istiyor. Ayrıca Toledo Üniversitesi Tıp ve Yaşam Bilimleri Koleji'nden Beth Dalzell'e ve Kuzeydoğu Ohio Tıp Üniversitesi'nden Dr. Jeffrey Wenstrup'a bu çalışma için kadavra örneklerine erişim için teşekkür ederiz. JM Andronowski, Akron Üniversitesi ve Adli Bilimler Adli Bilimler Ulusal Adalet Araştırma ve Geliştirme Enstitüsü tarafından sağlanan başlangıç araştırma fonları (2018-DU-BX-0188) ile desteklenmektedir. RA Davis, Akron Üniversitesi tarafından sağlanan bir lisansüstü asistanlık tarafından desteklenmektedir. Koring ve testereleme için kullanılan ekipman ve malzemeler, Akron Üniversitesi ve NSF tarafından CW Holyoke'ye EAR-1624242 hibesi tarafından sağlanan başlangıç fonları tarafından satın alındı.

Tüm örnekler, Toledo Üniversitesi, Tıp ve Yaşam Bilimleri Koleji ve Kuzeydoğu Ohio Tıp Üniversitesi'ndeki (NEOMED) mumyalanmış kadavra donörlerinden, bağışçının kendilerinin veya donörün en yakın akrabasının bilgilendirilmiş onayıyla elde edildi. Akron Üniversitesi İnsan Denekleri Koruma Kurumsal İnceleme Kurulu (IRB), bu örnekleri yaşayan bireylerden temin edildikleri için tam IRB incelemesinden muaf gördü. Yaş, cinsiyet ve ölüm nedeni gibi demografik bilgiler tüm bağışçılar için mevcuttu. Seçilen bireyler, ölüm anında kemik tadilatını etkileyebilecek kemik etkileyen durumları veya tedavi rejimlerine maruz kalmayı belgelemediler. Kadavra modern erkek ve kadın femorasından yaşları 19 ile 101 arasında değişen (ortalama = 73,9 yaş) kortikal kemik örnekleri alındı. Femoral midshaft, kortikal gözeneklilik20 , 21,22,23,24ve kemik dokusunun malzeme yoğunluğu25 ,26,27varyasyon incelemeleri de dahil olmak üzere kapsamlı bir şekilde çalışılmış ve böylece mikroyapısal analizler için yaygın olarak kullanılan bir yerhalinegelmiştir.
1. Doku Temini ve Maceration
<ol><li>Sol femoranın orta diafizlerinden ~7,5 cm kemik blokları temin etmek için dalma kesme karbür bıçağı (kompozit malzemeler için) ile donatılmış salınımlı bir testere kullanın.</li>
	<li>Femoral blokları toz proteaz enzimi ve musluk suyu çözeltisi ile dolu fırın güvenli bir cam kabın içine 45 °C'de ayarlanmış bir inkübatörde 1 saat bekletin.</li>
	<li>Kuluçkadan sonra, künt diseksiyon veya diş aletleri kullanarak kalan yumuşak dokuları ve periosteumu dikkatlice çıkarın. NOT: Yumuşak dokuları çıkarmak için keskin aletler (örneğin neşter) kullanmaktan kaçının. Bu tür aletler, μCT taramalarında tespit edilebilen kemikte hasara neden olabilir, numune korumasını ve tarama veri kalitesini etkileyebilir.</li>
	<li>Kemik bloklarını ultrasonik bir temizleyiciye 20:1 parça musluk suyu ile 5-10 dakika boyunca temizleyerek (bkz. Malzeme Masası)veya el tipi su ipi (örneğin, Waterpik) kullanarak medüller boşluktaki döküntüleri veya tıkanıklıkları giderin.</li>
	<li>Kemik bloğunu bir numune kabına batırın ve% 70 etanol ile doldurun. Lipitleri çıkarmak için kemiğin en az 24 saat ıslamasına izin verin. NOT: Ksilenler lipitleri çıkarmak için de kullanılabilir. Bununla birlikte, ksilenlerde uzun süre ıslatmak, emülgatör olduğu için kemiği kırılgan veya tebeşirli hale getirebilir.</li>
	<li>24 saat sonra, kemik bloklarını etanolden çıkarın ve ortam sıcaklığında 24-48 saat boyunca kurumaya bırakın. NOT: Protokol burada duraklatılabilir.</li>
</ol>2. Doku kesitleri
<ol><li>140 °C'ye ayarlanmış bir sıcak tabağa 75 x 25 mm cam mikroskop kaydırağı yerleştirin. Slaytın ortasında çok miktarda termal epoksi reçinesi eritin (bkz. Malzeme Tablosu).<ol>
<li>Mikroskopi (<50 μm) için ek ince bölümler hazırlıyorsanız, trabeculae'yi korumak için kemik bloğunun iki parçalı bir epoksiye gömülmesi gerekebilir. Ayrıca, kırılgan numuneler (örneğin, diagenetik kemik veya yüksek trabekülerize numuneler) için bu protokolü uygularken, örnekleri bir epoksiye gömmek gereklidir. NOT: Bu protokolde kullanılan kemik örnekleri mumyalanmış kadavra örneklerinden alındı. Taze örnekler otopside veya SRμCT yoluyla yumuşak doku yapılarını (örneğin vaskülat) incelemek için cerrahi bir vakadan toplanırsa, epoksi ile emprenye bu tür dokulara zarar verebilir. Bu durumlarda, alternatif bir yapıştırıcı veya montaj ortamı önerilir (örneğin, çift taraflı bant, modelleme kili).</li>
	</ol></li>
	<li>Kemik bloğunun alt yönünü mikroskop kaydırağındaki termal epoksi reçinesine, kemiğin uzunluğu slayda dik olacak şekilde bastırın. Kemiğin altını kaplamak ve slayda güvenli yapıştırma sağlamak için numuneyi ileri geri kaydırın.</li>
	<li>Termal epoksinin gözeneklere ve/veya çatlaklara fitillenebilmesi için monte edilen numuneyi sıcak plakada ~5 dakika dinlendirin. NOT: Slayttaki epoksi, en iyi yapıştırma için kabarcık içermemelidir. Kabarcıkları kaldırmak için örneği slaytta ileri geri kaydırın. Kabarcıklar genellikle kemiğin içinde sıkışan su ve/veya etanol nedeniyle oluşur ve buharlaşır.</li>
	<li>Monte edilmiş numune ile kaydırağı künt forseps kullanarak sıcak plakadan çıkarın ve oda sıcaklığında ~10 dakika soğumaya bırakın. Aynanın slaydı yeterince kavramasını sağlamak için jilet kullanarak slaydın kenarından herhangi bir epoksiyi çıkarın.</li>
	<li>Yapışık numune ile slaydı bir cam slayt aynasına takın ve mandreni yavaş hızlı bir kesit testeresinin döner koluna monte edin (bkz. Malzeme Tablosu, Şekil 2). NOT: Bu protokolde bir Buehler IsoMet testeresi kullanılırken, IsoMet yerine kullanılabilecek başka hassas kesit testereleri de mevcuttur (örneğin, Leco, Exakt, Smartcut, CT3, Buehler Petrothin, Well Diamond Wire).</li>
	<li>Bıçağın numuneye temas etmesini ve transekte etmesini sağlamak için konumlandırma kadranını kullanarak döner kolu ayarlayın. Numuneyi, kemiğin bir kesiti uzunluğuna dik kesilecek şekilde konumlandırın.</li>
	<li>Kolun ağırlığına karşı koymak için kesme kolunun uzak tarafına ağırlıklar ekleyin. NOT: Yetersiz karşı ağırlık kullanılırsa, numune bıçağın üzerinde dayanabilir ve bıçağın kırılmasına neden olabilir.</li>
	<li>Testerenin sıvı haznesine kesme sıvısı (kesme sıvısına 20:1 parça su) ekleyin.</li>
	<li>Elmas gofret bıçağını sıkıca sabitleyin ve sıvı seviyesinin bıçağın kesme kısmını batırmasını sağlayın. Hızı 200 RPM olarak ayarlayın ve numuneyi yavaşça bıçağın üzerine 200 RPM'ye 200 ayarlayın (Şekil 3).</li>
	<li>Bıçak ve mandrenin sallanmamasını ve/veya zıplamamasını sağlayın. Aşırı hareket dikkat edilirse, kesmeye devam etmeden önce testereyi derhal durdurun ve bıçak ve/veya ayna kolu montajını sıkın. Mandren agresif bir şekilde yukarı ve aşağı hareket ediyorsa ek karşı ağırlıklar ekleyin. Görünür yan yana hareket de dahil olmak üzere aşırı hareket bıçağın kırılmasına neden olabilir.</li>
	<li>İlk kalın bölüm, her ek kesime paralel olarak iyi tanımlanmış bir yüzey sağlamak için bir 'atık kesimi'dir. İlk atık kesildikten sonra, döner kolu kaldırın ve konumlandırma kadranını kullanarak mandreni 5 mm'ye doğru hareket ettirün. Bu yöntemle mikroskopi için daha kalın bölümler (~1 mm) daha fazla toplanabilir. NOT: Değerli doku tasarrufu sağlamak için atık kesimi atlanabilir. Bununla birlikte, bir numuneyi düzensiz bir kenarla bölümlerken, numunenin zirvesinin teğetsel olarak koring matkap ucunun kenarına dizilmesi önemlidir.<ol>
<li>Kesirleme yaparken bıçağın kerf'ini hesaba kattığınızdan emin olun. Örneğin, 0,5 mm'lik bir kerf içeren bir bıçaktan 5 mm'lik bir bölüm almak için numuneyi hareket ettirip 5,5 mm'yi bıçağa doğru fırlatın.</li>
	</ol></li>
	<li>Bölümleme tamamlandıktan sonra, termal epoksiyi eritmek için monte edilmiş numune ile cam kaydırağı sıcak bir tabağa yerleştirin. Bu, kemik blokların slayttan hızlı bir şekilde çıkarılmasını sağlar. NOT: Protokol burada duraklatılabilir.</li>
</ol>3. Örnek koring
<ol><li>2.2-2.4 adımlarında açıklandığı gibi termal epoksi yapıştırma tekniğini kullanarak sığ bir alüminyum tenekenin altına (~8 cm çapında) 5 mm kemik bölümleri monte edin.</li>
	<li>Tenekeyi freze matkap presinin XY makine masasına yerleştirin (bkz. Malzeme Tablosu)ve elle sıkma sabitleme kelepçeleri (Şekil 4).</li>
	<li>Değirmen delici mandrenine 2 mm iç çaplı içi boş şaftlı kuyumcunun elmas uçlu koring matkap ucu (bkz. Malzeme Masası)yerleştirin. Tenekeden korselenmeyi önlemek için derinlik sınırlayıcıyı ayarlayın (Şekil 5).</li>
	<li>Periosteum, endosteum veya yüksek trabekülerize alanlarla yakın temastan kaçınırken kemik örneğinin merkezi ön yönünü matkap ucunun altına hizalayın. NOT: Kortikal kalınlık bireyler arasında, özellikle artan yaşla birlikte değiştiğinden, orta-ön femoral kortizlerin otomatik seçimi mümkün değildir.</li>
	<li>Numuneyi tamamen örtmek için tenekeyi damıtılmış suyla doldurun. Bu, ısı birikmesini, numunenin yanmasını ve/veya koring sırasında matkap ucunun zarar görmesini önler. NOT: Koringin neden olduğu ısı hasarı olasılığını değerlendirmek için, koring ucu kemiklerin yüzeyine ilk kez nüfuz ettiği için damıtılmış sudan sıcaklık okumaları elde etmek için kızılötesi bir termometre kullanılmıştır. Sıcaklık, bu test için korselenen on örnek arasında 22,9 - 23,9 °C arasında 1 °C arasında değişmektedir. Bu nedenle, ısı kaynaklı hasarın ihmal edilebilir olduğunu savunuyoruz.</li>
	<li>Çekirdek biti ve kemik arasındaki ilk birkaç temas örneği için, kemiğin üst yüzeyinde bir halka takmak için hafif basınç uygulayın. Bu, koring işleminin başında matkap ucunun sapmasını önler ve ucun doğru yerleştirilmesini sağlar.</li>
	<li>Koring sırasında, ucu su yüzeyinin altında tutarken matkap ucunu numunenin içine ve dışına kaldırın. Sıkışmış kemik tozunu temizlemek ve kalıntıların matkap ucunu tıkamamasını sağlamak için bu tekniği birkaç saniyede bir sürdürün. NOT: Çekirdek konik bir şekil oluşturuyorsa, muhtemelen 1) kemik tozunu coring bitinden temizlemek için yeterli zaman izin vermiyor ve 2) koring çok hızlı gerçekleşiyor. Artan hız, numuneden büyük parçaları koparabilir ve üstün yönü toz haline getirebilir.</li>
	<li>Koring tamamlandıktan sonra, elde edilen kemik çekirdeği içi boş saplı matkap ucuna yerleşebilir (Şekil 6). Çekirdeği bitten çıkarmak için bir çift ince uçlu tokmak veya küçük bir Allen anahtarı kullanın (Şekil 2).</li>
	<li>Çekirdekli numuneyi etiketli bir mikrosantrifüj tüpünde görüntülemeye kadar serin ve kuru bir yerde saklayın.</li>
</ol>4. Kortikal kemik çekirdeklerinden kemik mikro mimarisi parametrelerini değerlendirmek için görüntü işleme rutinleri
<ol><li>μCT görüntülerinin yeniden yapılandırılması<ol>
<li>SRμCT projeksiyon görüntülerinin yeniden yapılandırılması için en son NRecon sürümünü https://www.bruker.com/products/microtomography.html indirin ve yükleyin.</li>
		<li>Masaüstünde NRecon kısayolu seçin ve ilişkili GPUReconServer görünecektir.</li>
		<li>İstediğiniz veri kümesini açılır pencerede açın. Pencere görünmüyorsa, dataviewer penceresinin sol üst köşesindeki klasör simgesini seçin.</li>
		<li>SRμCT alımından ilk projeksiyonu seçin. Çıktıaltında, Yatırım Getirisi Kullan ve ON Ölçekleseçimlerini kaldırın.</li>
		<li>Yeniden yapılandırma dosyası hedefini seçin. Gözat'ı seçin ve Keşifadlı yeni bir klasör oluşturun. Seçilen dosya biçimi BMP(8) olmalıdır.</li>
		<li>Yanlış Hizalama Telafisi 'nebakın. NOT: Bu tahmin genellikle düzeltmeye yakındır. Kaba 3D render, sağ ve sol kenarların mümkün olduğunca yakın hizalanması için üst üste binen görüntüleri kaydırmak için okları yukarı ve aşağı hareket ettirerek manuel olarak ayarlanabilir.</li>
		<li>Ayarlaraltında, Yumuşatma , Işın Sertleştirme, CS Döndürme, FOV'dan Daha Büyük Nesne ve Halka Yapı algoritmalarıuygulamak için istediğiniz seçimleri seçin. </li>
		<li>Otomatik 'i seçerek Çıktı altındaki histogramı ayarlayın. NOT: Elde eden görüntü soluk olabilir.</li>
		<li>Yeniden yapılandırmayı işlemeye başlamak için Başlat'ı seçin.</li>
		<li>Kanal/osteosit lacunar indeksleri için standart isimlendirme kullanın28. Bunlar şunları içerebilir: toplam VOI doku hacmi (TV), kanal hacmi (Ca.V), toplam kanal sayısı (Ca.N), ortalama kanal çapı (Ca.Dm), kortikal gözeneklilik (Ca.V/TV), yüzde olarak verilen, toplam lacunae sayısı (N.Lc) ve ortalama lacunar hacmi (Lc.V). Mm3 (N.Lc/BV) başına lacunar yoğunluğunu belirlemek için kemik hacmi (BV) toplam hacim eksi kanal hacmi (TV-Ca.V) olarak hesaplanır. NOT: Protokol burada duraklatılabilir.</li>
	</ol></li>
	<li>Yeniden Yapılandırılmış Görüntülerden Mikroarşitektif Verilerin Toplanması<ol><li>Mikroarşektif parametrelerin analizi için CTAnalyser'in en son sürümünü https://www.bruker.com/products/microtomography/micro-ct-software/3dsuite.html indirin ve yükleyin. NOT: CTAnalyser'ın ücretsiz sürümü işlevsellikle sınırlıdır. Bu nedenle, daha ayrıntılı analizler yapmak için tam bir lisans satın almanız önerilir.</li>
		<li>Resim | Altında Özellikler | Piksel boyutunu değiştir, piksel boyutunun uygulanan μCT görüntüleme protokolüyle eşleştiğinden emin olun. NOT: ImageJ veya benzer bir programdaki görüntüleri düzenliyorsanız, kaydettikten sonra TIFF dosyasına gömülü üstbilginin değiştirileceğini ve analiz yazılımının veri kümesini içe aktarırken piksel boyutunu değiştireceğini unutmayın.</li>
		<li>Seçin Özel İşleme görev listesi oluşturmak için (bkz. Tamamlayıcı Malzemeler) tarama veri kümesinden kemik mikro mimarisini analiz etmek için. CTAnalyser'a özel eklentileri kullanarak osteosit lacunar ağ parametreleri için genel bir protokol burada aşağıdaki gibidir: NOT: Eklenti görev listesi, örneğin FOV'da görünen tek konu olduğu veri kümeleri için iyi çalışır. Numuneyi boş alan çevrelerse, yatırım getirisi uygulanması gerekir. Aksi takdirde, 3D Analiz ve Bireysel Nesne Analizi'nde toplanan değerler yapay olarak azaltılacaktır.<ol><li>Analiz yazılımında Özel İşleme menüsünü açmadan önce görüntüleri sıfırlamak ve/veya ayarlamak için (örneğin, ImageJ veya benzeri bir düzenlemeden) yeniden yükleyin.</li>
			<li>Görüntülerdeki gürültüyü azaltmak için, yuvarlak çekirdekli ve yarıçapı 2-3 olan 3B alana Gauss düşük geçişli bir filtre uygulayın. NOT: Bu ayarlar, deneme yanılma testi yoluyla bildirilen SRμCT denemelerinden veri kümelerine uygulanmıştır. Amaç, veriler için en kaliteli rekonstrüksiyonları elde etmekti. Yeniden yapılandırma ayarlarını her benzersiz deneysel kuruluma uyacak şekilde ayarlayın.</li>
			<li>Vasküler kanalları vurgulamak için düşük ve yüksek değerler seçerek görüntülere genel gri tonlama eşik uygulayın. Şekil 8B ve 8B'de görülen yeniden yapılandırılmış dilimler 0-155 örnek eşiğini tasvir eder. NOT: 4.2.3.2 adımına benzer şekilde, burada uygulanan eşik ayarları kapsamlı deneme yanılma yoluyla seçilmiştir. Eşik, kullanılan her deneysel kurulum ve μCT görüntüleme sistemi için ayarlanmalıdır.</li>
			<li>Sadece kanalları izole etmek için osteosit lacunae'nin hacimsel piksel (voxel) boyut aralığındaki 3D alandaki beyaz lekeleri çıkarmak için despeckle (denoise). NOT: 0,9 μm piksel boyutunda alınan insan kortikal kemiğinin SRμCT taraması için osteosit lacuna için alt sınır 13 vokseldir.</li>
			<li>Kanallardaki eserleri çıkarmak için 2D alandaki siyah lekeleri çıkarmak için despeckle. Bunlar 2B olarak oldukça büyük olabilir, böylece <15.000 piksel olan özellikleri kaldırın.</li>
			<li>Kanallarda sıkışan yumuşak dokuları izole etmek için, görüntülerin kalitesine bağlı olarak 2 veya 3 yarıçaplı yuvarlak bir çekirdekle Morfolojik çalışma işlevini kullanarak gözenekleri 3D alanda genişletin.</li>
			<li>4.2.3.5 adımıyla aynı ayarları kullanarak ek bir Despeckle işlevi gerçekleştirin. kanallar içindeki izole yumuşak dokuları çıkarmak için.</li>
			<li>4.2.3.6 adımından genişlemeyi aşındırın. 2 veya 3 yarıçaplı yuvarlak bir çekirdek kullanarak Morfolojik işlem işlevini kullanma. Bu adımın yarıçapı Yordam 4.2.3.6'da kullanılan yarıçapla eşleşmelidir.</li>
			<li>3D Analiz'i çalıştırın ve damar kanallarının hacmi için hangi parametrelerin hesaplanacağını seçin. Genellikle, temel değerler yeterli bilgi sağlayacaktır.</li>
			<li>Bit eşlemleri kaydet ile işlenen görüntüleri dizindeki özel bir alt klasöre kaydedin. NOT: Amira/Avizo, Dragonfly, Drishti gibi bir program kullanarak işlenen görüntülerden 3D rekonstrüksiyon görüntüsü oluşturuyorsanız, görüntülerin tek renkli (1 bit) olarak kaydedilmeleri önerilir.</li>
			<li>Vasküler kanalların sayısını hesaplayın ve Tek Tek Nesne Analizi işlevini kullanarak boyutlarını, şekillerini ve yönelimlerini tanımlayın.</li>
			<li>4.2.3.1 – 4.2.3.3 adımlarını yineleyin. osteosit lacunar analizi için görüntüyü sıfırlamak için.</li>
			<li>Despeckle işlevini kullanarak 3D alandaki beyaz lekeleri çıkarın ve bu tür eserlerin lacunar boyutunun alt sınırından daha küçük olmasını sağlayın. Bu adım, gerçek osteosit lacunae'yi korurken, kortikal gözenekler gibi görünebilecek gürültüyü taramadan kaldırır. 0,9 μm piksel boyutunda insan SRμCT taramaları için bu alt sınır 13 vokseldir.</li>
			<li>Lacunar boyutunun üst sınırından daha büyük beyaz lekeleri çıkarmak için bir kez daha despeckle. Adım 4.2.3.13'te listelenen ayarlara sahip insan SRμCT veri kümeleri için bu sınır 2743 vokseldir.</li>
			<li>Özellikle osteosit lacuna ile ilgili mikroyapısal bilgileri ayıklamak için 3D Analiz gerçekleştirin.</li>
			<li>Osteosit lacunae'yi yalıtmak için işlenen görüntüleri kaydetmek için Bitmapleri Kaydet'i seçin.</li>
			<li>Seçilen İlgi Hacmi (VOI) içindeki osteosit sayısını 3B olarak hesaplamak için Bireysel Nesne Analizi gerçekleştirin. NOT: Görev listesi oluşturulduktan ve test edildikten sonra, CTAnalyser, veri ayıklamayı hızlandırmak ve tekdüze görüntü işlemeyi sağlamak için bunların kullanılabileceği bir toplu iş yöneticisi (BatMan) işlevine sahiptir. Yordam 4.2.3 için örnek ayarları içeren bir görev listesi. Ek Malzemeler'debulunabilir.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
	<li>Andronowski, J. M., Crowder, C., Soto Martinez, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advancements+in+the+analysis+of+bone+microstructure:+New+dimensions+in+forensic+anthropology.">Recent advancements in the analysis of bone microstructure: New dimensions in forensic anthropology.</a> Forensic Sciences Research. 3 (4), 278-293 (2018).</li><li>Wysokinski, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beamlines+of+the+biomedical+imaging+and+therapy+facility+at+the+Canadian+light+source+-+part+3.">Beamlines of the biomedical imaging and therapy facility at the Canadian light source - part 3.</a> Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment. 775, 1-4 (2015).</li><li>Carter, Y., Suchorab, J. L., Thomas, C. D. L., Clement, J. G., Cooper, D. M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normal+variation+in+cortical+osteocyte+lacunar+parameters+in+healthy+young+males.">Normal variation in cortical osteocyte lacunar parameters in healthy young males.</a> Journal of Anatomy. 225 (3), 328-336 (2014).</li><li>Carter, Y., Thomas, C. D. L., Clement, J. G., Cooper, D. M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Femoral+osteocyte+lacunar+density,+volume+and+morphology+in+women+across+the+lifespan.">Femoral osteocyte lacunar density, volume and morphology in women across the lifespan.</a> Journal of Structural Biology. 183 (3), 519-526 (2013).</li><li>Langer, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=X-Ray+Phase+Nanotomography+Resolves+the+3D+Human+Bone+Ultrastructure.">X-Ray Phase Nanotomography Resolves the 3D Human Bone Ultrastructure.</a> PLoS ONE. 7 (8), 35691 (2012).</li><li>Peyrin, F., Dong, P., Pacureanu, A., Langer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Micro-+and+Nano-CT+for+the+Study+of+Bone+Ultrastructure.">Micro- and Nano-CT for the Study of Bone Ultrastructure.</a> Current Osteoporosis Reports. 12 (4), 465-474 (2014).</li><li>Dong, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+osteocyte+lacunar+morphometric+properties+and+distributions+in+human+femoral+cortical+bone+using+synchrotron+radiation+micro-CT+images.">3D osteocyte lacunar morphometric properties and distributions in human femoral cortical bone using synchrotron radiation micro-CT images.</a> Bone. 60, 172-185 (2014).</li><li>Gauthier, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+micro+structural+analysis+of+human+cortical+bone+in+paired+femoral+diaphysis,+femoral+neck+and+radial+diaphysis.">3D micro structural analysis of human cortical bone in paired femoral diaphysis, femoral neck and radial diaphysis.</a> Journal of Structural Biology. 204 (2), 182-190 (2018).</li><li>Giuliani, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bisphosphonate-related+osteonecrosis+of+the+human+jaw:+A+combined+3D+assessment+of+bone+descriptors+by+histology+and+synchrotron+radiation-based+microtomography.">Bisphosphonate-related osteonecrosis of the human jaw: A combined 3D assessment of bone descriptors by histology and synchrotron radiation-based microtomography.</a> Oral Oncology. 82, 200-202 (2018).</li><li>Andronowski, J. M., Pratt, I. V., Cooper, D. M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Occurrence+of+osteon+banding+in+adult+human+cortical+bone.">Occurrence of osteon banding in adult human cortical bone.</a> American Journal of Physical Anthropology. 164 (3), 635-642 (2017).</li><li>Andronowski, J. M., Mundorff, A. Z., Pratt, I. V., Davoren, J. M., Cooper, D. M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+differential+nuclear+DNA+yield+rates+and+osteocyte+numbers+among+human+bone+tissue+types:+A+synchrotron+radiation+micro-CT+approach.">Evaluating differential nuclear DNA yield rates and osteocyte numbers among human bone tissue types: A synchrotron radiation micro-CT approach.</a> Forensic Science International: Genetics. 28, 211-218 (2017).</li><li>Britz, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prolonged+unloading+in+growing+rats+reduces+cortical+osteocyte+lacunar+density+and+volume+in+the+distal+tibia.">Prolonged unloading in growing rats reduces cortical osteocyte lacunar density and volume in the distal tibia.</a> Bone. 51 (5), 913-919 (2012).</li><li>Maggiano, I. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+reconstruction+of+Haversian+systems+in+human+cortical+bone+using+synchrotron+radiation-based+micro-CT:+morphology+and+quantification+of+branching+and+transverse+connections+across+age.">Three-dimensional reconstruction of Haversian systems in human cortical bone using synchrotron radiation-based micro-CT: morphology and quantification of branching and transverse connections across age.</a> Journal of Anatomy. 228 (5), 719-732 (2016).</li><li>Cooper, D. M. L., Thomas, C. D. L., Clement, J. G., Hallgr&#237;msson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+microcomputed+tomography+imaging+of+basic+multicellular+unit-related+resorption+spaces+in+human+cortical+bone.">Three-dimensional microcomputed tomography imaging of basic multicellular unit-related resorption spaces in human cortical bone.</a> The Anatomical Record Part A: Discoveries in Molecular, Cellular, and Evolutionary Biology. 228 (7), 806-816 (2006).</li><li>Holyoke, C. W., Kronenberg, A. K., Newman, J., Ulrich, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rheology+of+magnesite:+Rheology+of+Magnesite.">Rheology of magnesite: Rheology of Magnesite.</a> Journal of Geophysical Research: Solid Earth. 119 (8), 6534-6557 (2014).</li><li>Holyoke, C. W., Kronenberg, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reversible+water+weakening+of+quartz.">Reversible water weakening of quartz.</a> Earth and Planetary Science Letters. 374, 185-190 (2013).</li><li>Holyoke, C. W., Kronenberg, A. K., Newman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dislocation+creep+of+polycrystalline+dolomite.">Dislocation creep of polycrystalline dolomite.</a> Tectonophysics. 590, 72-82 (2013).</li><li>Raterron, P., Fraysse, G., Girard, J., Holyoke, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strength+of+orthoenstatite+single+crystals+at+mantle+pressure+and+temperature+and+comparison+with+olivine.">Strength of orthoenstatite single crystals at mantle pressure and temperature and comparison with olivine.</a> Earth and Planetary Science Letters. 450, 326-336 (2016).</li><li>Millard, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pressure+Dependence+of+Magnesite+Creep.">Pressure Dependence of Magnesite Creep.</a> Geosciences. 9 (10), 420 (2019).</li><li>Thomas, C. D. L., Feik, S. A., Clement, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regional+variation+of+intracortical+porosity+in+the+midshaft+of+the+human+femur:+age+and+sex+differences.">Regional variation of intracortical porosity in the midshaft of the human femur: age and sex differences.</a> Journal of Anatomy. 206 (2), 115-125 (2005).</li><li>Jowsey, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Age+Changes+in+Human+Bone.">Age Changes in Human Bone.</a> Clinical Orthopaedics and Related Research. 17, 210 (1960).</li><li>Martin, R. B., Pickett, J. C., Zinaich, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+of+skeletal+remodeling+in+aging+men.">Studies of skeletal remodeling in aging men.</a> Clinical Orthopaedics and Related Research. (149), 268-282 (1980).</li><li>Martin, R. B., Burr, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanical+implications+of+porosity+distribution+in+bone+of+the+appendicular+skeleton.">Mechanical implications of porosity distribution in bone of the appendicular skeleton.</a> Orthopedic Transactions. 8, 342-343 (1984).</li><li>Bousson, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distribution+of+Intracortical+Porosity+in+Human+Midfemoral+Cortex+by+Age+and+Gender.">Distribution of Intracortical Porosity in Human Midfemoral Cortex by Age and Gender.</a> Journal of Bone and Mineral Research. 16 (7), 1308-1317 (2001).</li><li>Goldman, H. M., Thomas, C. D. L., Clement, J. G., Bromage, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relationships+among+microstructural+properties+of+bone+at+the+human+midshaft+femur.">Relationships among microstructural properties of bone at the human midshaft femur.</a> Journal of Anatomy. 206 (2), 127-139 (2005).</li><li>De Micheli, P. O., Witzel, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microstructural+mechanical+study+of+a+transverse+osteon+under+compressive+loading:+The+role+of+fiber+reinforcement+and+explanation+of+some+geometrical+and+mechanical+microscopic+properties.">Microstructural mechanical study of a transverse osteon under compressive loading: The role of fiber reinforcement and explanation of some geometrical and mechanical microscopic properties.</a> Journal of Biomechanics. 44 (8), 1588-1592 (2011).</li><li>Martin, R. B., Boardman, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+collagen+fiber+orientation,+porosity,+density,+and+mineralization+on+bovine+cortical+bone+bending+properties.">The effects of collagen fiber orientation, porosity, density, and mineralization on bovine cortical bone bending properties.</a> Journal of Biomechanics. 26 (9), 1047-1054 (1993).</li><li>Cooper, D. M. L., Turinsky, A. L., Sensen, C. W., Hallgr&#237;msson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+3D+analysis+of+the+canal+network+in+cortical+bone+by+micro-computed+tomography.">Quantitative 3D analysis of the canal network in cortical bone by micro-computed tomography.</a> The Anatomical Record Part B: The New Anatomist. 274 (1), 169-179 (2003).</li><li>Crowder, C., Heinrich, J., Stout, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rib+histomorphometry+for+adult+age+estimation.">Rib histomorphometry for adult age estimation.</a> Forensic Microscopy for Skeletal Tissues: Methods and Protocols. , 109-127 (2012).</li><li>Pfeiffer, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Paleohistology:+Health+and+disease.">Paleohistology: Health and disease.</a> Biological Anthropology of the Human Skeleton. , 287-302 (2000).</li><li>Bone Hedges, R. E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=diagenesis:+an+overview+of+processes.">diagenesis: an overview of processes.</a> Archaeometry. 44 (3), 319-328 (2002).</li><li>. The use of formaldehyde imbedded human remains in experimental procedures Available from: <a target="_blank" href="https://capa-acap.net/sites/default/files/basic-page/capa_2017_program_final_no_cover.pdf">https://capa-acap.net/sites/default/files/basic-page/capa_2017_program_final_no_cover.pdf</a> (2017)</li><li>Currey, J. D., Brear, K., Zioupos, P., Reilly, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+formaldehyde+fixation+on+some+mechanical+properties+of+bovine+bone.">Effect of formaldehyde fixation on some mechanical properties of bovine bone.</a> Biomaterials. 16 (16), 1267-1271 (1995).</li><li>Asaka, T., Kikugawa, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+formaldehyde+solution+on+fracture+characteristics+of+bovine+femoral+compact+bone.">Effect of formaldehyde solution on fracture characteristics of bovine femoral compact bone.</a> Journal of the Japan Institute of Metals. 69 (8), 711-714 (2005).</li></ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Sınırlı FOV kurulumları ile yüksek çözünürlüklü SRμCT görüntüleme için tek tip ve silindirik kortikal kemik çekirdeği örnekleri temin etmek için kapsamlı, standartlaştırılmış bir protokol olmamıştır. Burada ayrıntılı olarak açıklanan protokol, SRμCT görüntüleme için sürekli olarak boyutlandırılmış kortikal kemik çekirdeği örneklerinin nasıl temin edilmesi ve daha sonra mikroarctektif verilerin doğru görselleştirilmesi ve çıkarılması hakkında kapsamlı bir öğretici sağlayarak bu boşluğu doldurur. Protokolümüzün kortikal kemik çekirdeklerinin temini için, keyfi boyutlardaki rektilineer kemik bloklarının bölümlemenin önceki açıklamalarından daha standart ve güvenilir bir yöntem sağladığını gösterdik. Bu nedenle, düzensiz büyüklükteki kemik bloklarını çıkarmak için el tipi döner aletlere (örneğin Dremel) güvenen araştırmacılar, görüntüleme sırasında muhtemelen çok daha uzun numune kurulum süreleri ve analiz sırasında eşik ve kortikal gözenek ekstraksiyonunda daha büyük hatalar yaşadılar. Bu tutarsızlık, kemik örneği hazırlama, sonraki görselleştirme ve analiz ve yorumlama sonuçları açısından bu standartlaştırılmış protokolün gerekliliğini ve önemini vurgulamaktadır.
Burada özetlenen prosedür, biyolojik antropologlar ve arkeologlar gibi kemik dokusunu yaygın olarak değerlendiren ilgili alanlardaki araştırmacılar tarafından daha da uyarlanabilir. Bununla birlikte, açıklanan araştırma protokolü için hiçbir diagenetik veya arkeolojik/tarihi kemik örneği yok. Diagenesis, jeolojide, biriktirmeden sonra bir malzemenin (örneğin kemik) değişikliklerini ifade eder ve fiziksel, kimyasal veya biyolojik araçlardan kaynaklanan değişiklikleri kapsayabilir29,30. Yeraltı suyu, mantarlar ve diğer mikrobiyal infiltrasyon diagenetik ajanlar olarak işlev alabilir ve kemik dokusu mikromorfolojisi31'ideğiştirebilir. Bu tür örnekler, tozlaşmadan önce metil methakrilit (MMA) veya iki parçalı epoksi reçinesi gibi ek prosedürel adımlar gerektirebilir. Femoral blokların gömülmesi, femoral kortikal kemiğin yoğun doğası ve kadavra örneklerinin ölümden kısa bir süre sonra mumyalanmış olması nedeniyle açıklanan deneyler için gerekli değildi. Bununla birlikte, kırılgan iskelet elemanlarını ve trabeculae'lerini (örneğin kaburgalar) değerlendiriyorsanız, tüm kemik bloğunu korselemeden önce gömmenizi öneririz.
Bu çalışmada değerlendirilen tüm kemik dokuları tazeyken mumyalandı. Yazarlar mumyalama işlemi sırasında kullanılan kimyasalların spesifik kombinasyonuna erişemediler, ancak koruma kimyasalları genellikle formaldehit, etanol, fenol, etilen glikol ve glutaraldehit içerir. Formaldehit doymuş kemiklerin mikro yapısındaki değişiklikleri belgeleyen adli antropolojik veriler sınırlıdır, ancak Freidlander32 formaldehit fiksasyonunun Haversian kanalları ve ikincil osteonlar da dahil olmak üzere belirli özelliklerin morfolojisini değiştirmediğini göstermiştir. Bununla birlikte, formaldehit doygunluğu, darbe mukavemeti ve kırılma tokluğu33,34gibi insan dışı kemiğin bazı mekanik özellikleri ve kırılma özellikleri üzerinde belgelenmiş etkilere sahiptir.
Yüksek çözünürlüklü X-ışını sistemleri (SRμCT) ile görüntülemeden önce kortikal kemik örneklerinin mantar için bir yöntem rapor ettik. Bu yöntem, malzeme ve ekipmanların yerel donanım mağazalarından temin edilebilmesi, verimli olması ve numuneler arasında düzgün bir numune boyutu sağlaması nedeniyle uygun maliyetlidir. Önerilerimizin, mevcut literatür seyrek kaldığı ve hazırlık ve sonraki analizlerle ilgili kritik ayrıntılardan yoksun olduğu için, örneklerin SRμCT için nasıl temin edilmesi, çekirdeklendirilmesi ve analiz edilmesi gerektiğiyle ilgili soruları azaltacağını umuyoruz. Öncelikli hedefimiz, araştırmacıları bu koring protokolünü yüksek çözünürlüklü kemik görüntüleme araştırmaları için standart prosedür olarak uygulamaları için motive etmektir. Ayrıca, bu tekniği geliştirirken yaşadığımız yukarıda belirtilen zorlukların yaygın soruları hafifleteceğini ve sorun giderme için rehberlik sağlayacağını umuyoruz.

Görüntüleme teknolojisindeki son gelişmelerle birlikte, X-ışını görüntüleme verilerini çok yüksek çözünürlükte elde etmek artık mümkün. Masaüstü mikro-CT (μCT) sistemleri, tahribatsız doğası nedeniyle iptal edilen kemiği görüntüleme için geçerli standarttır1. Bununla birlikte, kortikal kemiğin mikroyapısal özelliklerinin görüntülenmesi sırasında, μCT kullanımı daha sınırlı olmuştur. Çözünürlük kısıtlamaları nedeniyle, masaüstü sistemleri osteosit lacunae gibi kortikal gözeneklerden daha küçük mikroyapısal özellikleri görüntülemek için gereken çözünürlüğe sahip olamaz. Bu uygulama için, SRμCT bu sistemlerin daha fazla çözünürlüğü nedeniyle idealdir1. Örneğin, Kanada Işık Kaynağı'nda (CLS) BiyoMedikal Görüntüleme ve Terapi (BMIT) kiriş hatları2 üzerinde yapılan deneyler, 0,9 μm kadar küçük voksellerle görüntüler üretilmiştir. Önceki çalışmalar1,3,4,5 bu çözünürlüğü, insan uzun kemiklerinden kortikal kemik örneklerinden projeksiyonlar ve sonraki üç boyutlu (3D) renderlar elde etmek için kullanmıştır ( Şekil1) osteosit lacunar yoğunluğunu ölçmek için 4,6,7,8,9 ve lacunar şekli ve boyutundaki varyasyon3 insan ömrü boyunca ve cinsiyetler arasında. Daha fazla çalışma insanlarda osteon bantlama varlığını göstermiştir10Daha önce adli antropolojik literatürde sadece insan olmayan memeliler ile ilişkili olduğu bilinen bir fenomen.
Olağanüstü çözünürlüğe ulaşmak için, X-ışını ışını, genellikle maksimum numune boyutunu birkaç milimetre çapında sınırlayan görüş alanına (FOV) ince bir şekilde odaklanmalıdır. Şu anda, literatürde bu kısıtlamaları karşılayan kemik numunesi alımını özetleyen kapsamlı, standartlaştırılmış prosedürler açıklanmamıştır. FOV içindeki örneklerin ortalanması, 1) numunenin görüntüleme sırasında 180° dönerken ortalanmış kalmasını ve 2) görüntü kesilmesi olmadığından tarama yapıtlarının sınırlı olmasını sağlamak için kritik öneme sahiptir. Başka bir deyişle, numunenin FOV dışındaki hiçbir kısmı, FOV içindeki odak noktasına giren kirişe müdahale etmemektedir. Bu durumda, yeniden yapılandırma algoritması tam olarak doğru bir yeniden yapılandırma için gereken bazı zayıflama verilerinden mahrumdur. Ayrıca, 360 ° (tam dönüş) taramalarının ışın sertleştirme etkilerini en aza indirdiğini, ancak görüntüleme sırasında yanlış hizalama ve örnek hareketin neden olduğu eserleri artırdığını belirtmek gerekir. Bu nedenle, 360° tarama genellikle daha temiz veriler üretecek olsa da, görüntüleme süresi iki katına çıkarılır ve bu nedenle deneysel maliyet ile veri kalitesi arasındaki bir uzlaşma ele alınmalıdır.
Kemik görüntüleme deneylerinin önemli ve sıklıkla göz ardı edilen bir yönü, taramadan önce gerçekleştirilen doğru ve tekrarlanabilir numune hazırlama tekniğidir. SRμCT yöntemlerini deneylerine dahil eden çalışmalar, örnekleme protokollerinden kısaca bahseder, ancak yazarlar örneklerini toplamak için kullanılan belirli metodoloji hakkında çok az ayrıntı sağlarlar. Bu tür çalışmaların çoğu, rastgele boyutlardaki rektilinear kemik bloklarının kesilmesinden bahseder, ancak genellikle 3 , 4 , 10 , 11,12,13,14kullanılan aletler veya gömme malzemeleri hakkında daha fazla bilgi sağlamaz. Bazı araştırmacılar genellikle ilgi çekici bir bölgeden (ROI) rektilinear kemik bloklarını çıkarmak için el tipi döner aletler kullanırlar (örneğin, Dremel) 3,4,10,11,12,13,14. Bu yöntem, FOV'dan daha büyük olabilecek, tarama yapıtlarının ve görüntü kesilme olasılığını artıran, biçimsiz boyutlandırılmış örneklerle sonuçlanır. Bu tür numuneler genellikle hassas bir elmas gofret testeresi (örneğin, Buehler Isomet) kullanılarak daha fazla rafine etmeyi gerektirir. Elde edilen veri kümelerinin en yüksek kalitede olduğundan ve sonraki sonuçların yinelenebilir olduğundan emin olmak için tutarlı boyutlara sahip örneklerin (yüzde ikiye/mm' ye) tedariki önemlidir.
Numune tedarik metodolojisinin sınırlı raporlaması, önceki bir çalışmada gerçekleştirilen yöntemlerin kullanımına ve/veya doğrulandırılmaya çalışıldığında ekstra bir zorluk katmanı ekler. Şu anda, araştırmacılar örnekleme prosedürleri hakkında daha fazla bilgi için doğrudan yazarlarla iletişime geçmelidir. Burada ayrıntılı olarak açıklanan protokol, biyomedikal araştırmacılara iyice belgelenmiş, çoğaltılabilir ve uygun maliyetli bir örnekleme tekniği sağlar. Bu makalenin birincil amacı, mikroaritektif verilerin doğru görselleştirilmesi ve çıkarılması için bir freze matkap presi ve elmas coring biti kullanarak sürekli olarak boyutlandırılmış kortikal kemik çekirdeği örneklerinin nasıl temin edilmesi konusunda kapsamlı bir öğretici sağlamaktır. Bu yöntem, yüksek basınçlı kaya mekaniğindeki sert malzeme bloklarından tek tip, küçük çaplı (1-5 mm) silindirleri rutin olarak toplamak için kullanılan prosedürlerden15 , 16,17,18,19.

<table><tbody><tr><td>1-1/8&quot; plunge cutting carbide for composites</td><td>Warrior</td><td>61812</td><td>28.6mm plunge</td></tr><tr><td>70% Ethanol</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP8201500</td><td>3.8 Liters</td></tr><tr><td>Blunt-tipped forceps</td><td>Fisher Scientific</td><td>10-300</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge tubes</td><td>ThermoFisher</td><td>55398</td><td></td></tr><tr><td>Crystalbond 509-3 Epoxy</td><td>Ted Pella</td><td>821-3</td><td></td></tr><tr><td>CTAnalyser</td><td>Bruker microCT</td><td>v.1.15.4.0</td><td>Download and install at https://www.bruker.com/products/microtomography/micro-ct-software/3dsuite.html</td></tr><tr><td>Dental Tool Kit</td><td>Amazon</td><td>787269885110</td><td></td></tr><tr><td>Diamond wafering saw blade for composite material</td><td>Buehler</td><td>#11-4247</td><td></td></tr><tr><td>Drill Press</td><td>Jet Mill/Drill</td><td>350017</td><td>Model: JMD-15, benchtop drill presses are suitable substites, but typically lack a translatable machine table for positioning samples beneath the drill stem</td></tr><tr><td>Fine-tipped forceps</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-327379</td><td></td></tr><tr><td>Fixturing clamps for XY machine table for mill/drill</td><td>MSC Industrial Supply</td><td>#04804571</td><td></td></tr><tr><td>Glass microscope slides</td><td>Ted Pella</td><td>26005</td><td>75x50mm slides, 1mm thick</td></tr><tr><td>Glass slide chuck</td><td>Buehler</td><td>#112488</td><td>Large enough to hold 75x50mm glass slides</td></tr><tr><td>Hot plate capable of reaching 140 &amp;deg;C</td><td>ThermoScientific</td><td>HP88850105</td><td></td></tr><tr><td>Incubator</td><td>NAPCO</td><td>Model 4200</td><td></td></tr><tr><td>Isocut Fluid</td><td>Buehler</td><td>111193032</td><td>Lubricant; 30mL</td></tr><tr><td>Jeweler&#039;s diamond coring drill bit</td><td>Otto Frei</td><td>#119.050</td><td>2mm inner diameter hollow stem coring bit</td></tr><tr><td>NRecon</td><td>Bruker microCT</td><td>v.1.6.10.2</td><td>Download and install at https://www.bruker.com/products/microtomography.html</td></tr><tr><td>Oscillating saw</td><td>Harbor Freight</td><td>62866</td><td></td></tr><tr><td>Oven-safe glass dishes</td><td>Pyrex</td><td>1117715</td><td>Glass food storage container</td></tr><tr><td>Precision slow-speed saw (Isomet 1000)</td><td>Buehler</td><td>111280160</td><td></td></tr><tr><td>Razor blades</td><td>Amazon</td><td>25181</td><td></td></tr><tr><td>Shallow aluminum tins</td><td>Amazon</td><td>B01MRWLD0R</td><td>~8cm diameter</td></tr><tr><td>Specimen cups</td><td>Amazon</td><td>616784425436 885334344729</td><td></td></tr><tr><td>Tergazyme detergent</td><td>Alconox</td><td>1304-1</td><td>1.8kg box</td></tr><tr><td>Ultrasonic cleaner</td><td>MTI Corporation</td><td>KJ201508006</td><td></td></tr></tbody></table>

a sectioning, coring, and image processing guide for high-throughput cortical bone sample procurement and analysis for synchrotron micro-ct

Kemik, insan ömrü boyunca yapısı değişen dinamik ve mekanik olarak aktif bir dokudur. Kemik remodeling işleminin ürünleri geleneksel iki boyutlu teknikler kullanılarak önemli ölçüde incelenmiştir. Masaüstü mikro bilgisayarlı tomografi (μCT) ve senkrotron radyasyon mikro bilgisayarlı tomografi (SRμCT) aracılığıyla X-ışını görüntüleme teknolojisindeki son gelişmeler, insan kortikal kemiği içindeki mikroskobik yapıların daha eksiksiz bir resmini sağlayan diğer 3D görüntüleme tekniklerine (örneğin, SEM) göre daha geniş bir görüş alanının (FOV) yüksek çözünürlüklü üç boyutlu (3D) taramalarının elde edilmesine izin verdi. Bununla birlikte, örnek, veri analizini etkilediği bilinen çizgi yapıtlarının görünümünü sınırlamak için FOV içinde doğru bir şekilde ortalanmalıdır. Önceki çalışmalar, düzensiz şekilli rektilineer kemik bloklarının tedarikinin, düzensiz kenarlar veya görüntü kesilmesi nedeniyle görüntüleme yapıtlarıyla sonuç olduğunu bildirmiştir. SRμCT deneyleri için insan femorasının ön yönünden sürekli boyutlu kortikal kemik çekirdeği örnekleri temin etmek için jeolojik örnekleme protokolü (koring) uyguladık. Bu koring yöntemi verimli ve doku için minimal yıkıcıdır. Dönme sırasında izometrik olması ve tarama boyunca X-ışını ışınları için düzgün bir yol uzunluğu sağlaması nedeniyle görüntüleme yapıtlarını azaltan tekdüze silindirik örnekler oluşturur. Özlü ve düzensiz şekilli örneklerin X-ışını tomografik verilerinin görüntü işlemesi, kortikal kemik mikro mimarisinin görselleştirilmesini ve analizini iyileştirme tekniğinin potansiyelini doğrulamamaktadır. Bu protokolün bir amacı, çeşitli yüksek çözünürlüklü kemik görüntüleme deneyleri için uyarlanabilen kortikal kemik çekirdeklerinin çıkarılması için güvenilir ve tekrarlanabilir bir yöntem sunmaktır. Çalışmanın kapsamlı bir amacı, SRμCT için uygun fiyatlı, tutarlı ve basit standartlaştırılmış bir kortikal kemik tedariki oluşturmaktır. Bu prosedür, biyolojik antropoloji, yerbilimleri veya malzeme bilimleri gibi sert kompozit malzemeleri yaygın olarak değerlendiren ilgili alanlardaki araştırmacılar tarafından daha da uyarlanabilir.

Açıklanan çekirdek örnekleme yönteminin son derece etkili ve verimli olduğu kanıtlanmıştır. Bu protokolü kullanan korse numuneleri, CLS BMIT-BM kiriş hattı 2 üzerindeki deneyler için 1,49 μm voksel boyutunda~2mm FOV ile >300 sürekli boyutlu numunelerin tedarikine izin verdi. Çekirdek çapının tutarlılığını doğrulamak için, insan ön femoral çekirdeklerinin bir alt kümesinin uzunluğu (üst, orta, alt) boyunca üç ölçüm yapıldı (n=69). Çekirdeklerin ortalama çapı 1,96 ± 0,11 mm idi. ve çekirdeğin uzunluğu boyunca ortalama inceltme 0,06 ± 0,06 mm/mm idi Diğer sert kompozit malzemelere uygulanabilirliği vurgulamak için bu yöntemi dolomit(n =32)numunelerinde denedik ve ortalama çapı 1,06 ± 0,02 mm oldu. Çekirdek numunesinin uzunluğu boyunca inceltme 0,01 ± 0,005 mm/mm olarak kaydedildi. 4.2.3 adımında açıklandığı gibi, çekirdekli bir numunenin görüntü işleme iş akışını ve bir döner alet kullanılarak tedarik edilen (örneğin, Dremel) karşılaştıran temsili rakamlar Şekil 7'degörülebilir. Ortak döner alet kullanılarak yapılan numune kesimi, çekirdekli numuneye kıyasla artan sayıda kanal (Ca.N) ve lacunae (Lc.N) ve ortalama kanal çapı (Ca.Dm), kanal hacmi (Ca.V) ve kortikal gözeneklilik (Ca.V/TV) sergiledi. Bu farklılıkların bazıları bireyler arasındaki kemik mikroyapısal varyasyonundan kaynaklansa da, döner takım veri kümesinden çıkarılan kanalların ve lacunaların sayısının daha yüksek olması, tarama yapıları ve gürültü nedeniyle büyük olasılıkla yapay olarak artmıştır (Şekil 7). Her örnek için 4.2.3.9 adımından toplanan gözeneklilik verileri Tablo 1'debulunur. Koring protokolünün SRμCT taramalarında gözlenen eserleri azaltmasına rağmen, rektilineer kemik bloğu deneylerinden daha düşük kaliteli, eser yüklü figürlerin (Şekil 7A) çok yönlü bir sorunu temsil ettiğini belirtmek gerekir. Bazı yapıtlar (örneğin faz kontrast sinyalleri) senkrotron tesisinden veya kiriş çizgisine özgü sorunlardan kaynaklanmış olabilir. Hem temsili deney setleri hem de ilişkili rakamlar için tarama parametreleri (Şekil 7A, 7B) Ek Malzemelerde (Tablolar S1, S2)bulunabilir.
Çekirdekli örneklerden toplanan senkrotron mikro BT görüntüleri, çizgi yapılar da dahil olmak üzere yukarıda gösterildiği gibi tarama yapıtlarını başarıyla bastırdı. Daha sonra görüntü işleme, kortikal kemik mikro mimarisinin görselleştirilmesini iyileştirme tekniğinin potansiyelini doğruladı. Örneğin, mineralizasyon farklılıkları, osteonal sınırların iyileştirilmiş tanımlaması ve vasküler kanallar içindeki yumuşak dokuların tutarlı görselleştirilmesi gözlenmiştir (Şekil 8C, 8D). İkincisi, kanallar içindeki yumuşak dokuların kısmi görselleştirilmesi, gözenekler tam olarak doldurulmadığı için yüzde gözeneklilik ve gözenek kalınlığının yanlış hesaplanmasına neden olabileceğinden görüntü işleme için kritik öneme sahiptir. Osteosit lacunae'nin sınırları da birefringence azalması nedeniyle iyileştirildi ve şekil parametrelerinin nicelleştirilmesine izin verdi. Tarif edilen koring tekniğinin potansiyel avantajları arasında numuneyi FOV'da merkezleme kolaylığı, daha az analitik gereksinim ve vasküler kanallar içindeki yumuşak dokuların tutarlı görselleştirilmesi sayılabilir.
Yüksek basınçlı kaya deformasyon deneyleri için ortopediksen18,polikristal magnezit19 ve diğer jeolojik malzemeler15, 16,17'nin tek kristallerinin çekirdeklenmesi için benzer prosedürler başarıyla kullanılmıştır. Bu deneyler, oryantasyona özgü güçlü yönleri belirlemek için tek kristaller18'deki kristalografik eksenlere veya polikristal kayaçlardaki19'daki hizalanmış kristallere göre belirli yönelimlerde çekirdekler gerektirir. Yukarıda açıklanan yaklaşımlar, önce yönelimli levhalar oluşturmak ve daha sonra bir dizi deformasyon deneyi için birden fazla tekdüze, silindirik çekirdek toplamak için kullanılmıştır. Bu yöntemler kemik, seramik veya gözlük gibi herhangi bir sert malzemenin çekirdeklerini toplamak için kullanılabilir. Örneğin, yukarıdaki metodoloji biyolojik antropologlar tarafından kortikal kemik içindeki belirli bölgelerden gelen çekirdekleri ve ilişkili biyomekanik (örneğin, gerilim/sıkıştırma) eksenlerini değerlendirmek için uygulanabilir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig1v2.jpg"> Şekil 1. Sol ön insan orta şaft uyluk kemiğinden silindirik VOI.  Sol ön insan orta şaft uyluk kemiğinden (21 yaşında kadın)(A)tüm çekirdeğin tek bir SRμCT yeniden yapılandırılmış dilimi ve silindirik bir VOI'nin üstün (B) ve ön görünümlerden (C) 3D işlemeleri görselleştirilir. Projeksiyonlar 0,9 μm'de alındı, damar kanalları kırmızı ve osteosit lacunae gri ile vurgulandı. Ölçek çubukları 0,25 mm (A) ve 0,02 mm (B, C ) anlamınageliyor. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig1v2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig2.jpg"> Şekil 2. Termal epoksili bir cam mikroskop kaydırağı için monte edilmiş orta şaftlı femoral numune (5 mm kalınlığı) (bkz. Malzeme Tablosu) ve cam bir slayt aynasına sabitlenmiştir. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig3.jpg"> Şekil 3. Bölümlemeden önce düşük hızlı bir kesit testeresinin döner koluna sabitlenmiş monte edilmiş numuneli cam slayt aynası (bkz. Malzeme Tablosu). Döner kolun testere bıçağına göre yanal konumu ve kesit hızı (RPM) sırasıyla LCD ekranın üst ve alt sıralarında görüntülenir. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig4.jpg"> Şekil 4. Alüminyum bir tenekeye monte edilmiş ve korseye hazırlık için sabitleme kelepçeleri kullanılarak XY freze matkap pres makinesi masasına sabitlenmiş 5 mm femoral bölüm. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig5.jpg"> Şekil 5. Tasarlanan protokolde kullanılan freze matkap presi (A). Ok, matkap ucunun numuneye veya tenekenin(B)altına derinlemesine nüfuz etmesini önleyen derinlik sınırlayıcısını tanımlar. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig6.jpg"> Şekil 6. Ön açıdan çekirdek tedarikini takiben 5 mm femoral kemik kesiti. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig7v2.jpg"> Şekil 7. Tek SRμCT, sol uyluk kemiğinin ön yönünün dilimlerini iki kişiden yeniden inşa etti. Örnek (A) ortak bir döner alet kullanılarak bölümlenmiş ve (B) burada açıklanan koring yöntemi kullanılarak temin edildi. Her dilim, parçalı karşılıklarıyla(C ve D)karşılaştırılır. Döner aletle (C)toplanan numunenin aksine, özlü numunede(D)kortikal gözenekliliği izole etme kolaylığına dikkat edin. Bu, her numunenin(E ve F)damar kanallarının 3D renderlarında daha fazla kanıtlanmıştır. B çevresinin etrafındaki gürültü belirgindir ve numune FOV'dan ayrılır, bu da görüntü işleme sırasında zorlukların artmasına neden olur. Paneldeki ölçek çubuğu (D) paneller için 250 μm(A-D)anlamına geliyor. Panellerdeki ölçek çubukları (E ve F) sırasıyla 700 ve 600 μm'yi gösterir. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig7v2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61081/61081fig8v2.jpg"> Şekil 8. Bir döner alet (A-C) ile temin edilen bir numuneden temsili bir yatırım getirisi ve burada sunulan yöntem (D-F) kullanılarak bir çekirdek. Paneller (A) ve (D) SRμCT taramalarından belirtilen yatırım getirisini temsil eder. Paneller (B) ve (E) vasküler kanal parametrelerini izole etmek ve ayıklamak için kullanılan işlem aşamasını temsil eder. Panelin sağ üst (B) görüntü işleme yazılımı tarafından damar kanalları olarak sınıflandırılan yabancı nesneler (oklar) vardır. Paneller (C) ve (F) lacunae izole etmek ve ayıklamak için kullanılan işlem aşamasını temsil eder. Ölçek çubukları tüm paneller için 0,1 mm'dir. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/61081fig8v2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1"><tbody>
<tr>
<td></td>
			<td>Doku Hacmi (TV)</td>
			<td>Kanal Hacmi (Ca.V)</td>
			<td>Kanal Yüzeyi (Ca.S)</td>
			<td>Kortikal Gözeneklilik (Ca.V/TV)</td>
			<td>Kanal Yüzeyinden Doku Hacmine (Ca.S/TV)</td>
			<td>Ortalama Kanal Çapı (Ca.Dm)</td>
			<td>Ortalama Kanal Ayrımı (Ca.Sp)</td>
			<td>Hayır. Kanallar (Ca.N)</td>
			<td>Hayır. Lacunae (Lc.N)</td>
			<td>Gözenek Yoğunluğu (Gözenekler/TV)</td>
		</tr>
<tr>
<td>Birim</td>
			<td>mm³</td>
			<td>mm³</td>
			<td>mm²</td>
			<td>%</td>
			<td>1/mm</td>
			<td>Μm</td>
			<td>Μm</td>
			<td>#</td>
			<td>#</td>
			<td>gözenekler/μm³</td>
		</tr>
<tr>
<td>Döner Kesim</td>
			<td>0.15861</td>
			<td>0.01780</td>
			<td>0.00287</td>
			<td>11.23</td>
			<td>0.01808</td>
			<td>51.05</td>
			<td>122.81</td>
			<td>459</td>
			<td>64662</td>
			<td>0.00041</td>
		</tr>
<tr>
<td>Cored (Bu yöntem)</td>
			<td>0.15747</td>
			<td>0.02451</td>
			<td>0.00216</td>
			<td>15.56</td>
			<td>0.01373</td>
			<td>120.73</td>
			<td>145.38</td>
			<td>76</td>
			<td>30531</td>
			<td>0.00019</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1. Şekil 8'de görselleştirilen döner takım ve özlü numunelerin 4.2.3.9. Azalan Ca.V, Ca.V/TV, Ca.Dm, döner kesim numunesi için gözenek sayısı ve gözenek yoğunluğunun yanı sıra artan damar kanalları ve lacunae sayısına dikkat edin. Düzensiz kesilmiş numune tarafından kısmen indüklenen tarama eserleri muhtemelen lacunae ve kortikal gözeneklerde yapay bir artışa katkıda bulunmuştur.
Tamamlayıcı Malzemeler. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/61081/Andronowski_et_al._Supplementary_Materials.docx" target="_blank">Bu materyalleri indirmek için lütfen tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT at JoVE.com

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

İnsan femorasının ön yönünden SRμCT deneyleri için tek tip boyutta kortikal kemik örnekleri temin etmek için jeolojik (koring) örnekleme protokolü yaptık. Bu yöntem minimal yıkıcı, verimlidir, düzensiz örnek şekillerinden görüntüleme yapıtlarını en aza indiren ve mikroarşitektif görselleştirme ve analizi geliştiren silindirik örneklerle sonuçlanır.

Synchrotron Micro-CT için Yüksek Verimli Kortikal Kemik Örneği Alımı ve Analizi için Kesitleme, Coring ve Görüntü İşleme Kılavuzu

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...

a-sectioning-coring-image-processing-guide-for-high-throughput

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Biology

5.0K Görüntüleme.  The University of Akron. İnsan femorasının ön yönünden SRμCT deneyleri için tek tip boyutta kortikal kemik örnekleri temin etmek için jeolojik (koring) örnekleme protokolü yaptık. Bu yöntem minimal yıkıcı, verimlidir, düzensiz örnek şekillerinden görüntüleme yapıtlarını en aza indiren ve mikroarşitektif görselleştirme ve analizi geliştiren silindirik örneklerle sonuçlanır.

Video: A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

High Resolution 3D Imaging of Ex-Vivo Biological Samples by Micro CT

Non-destructive volume visualization can be achieved only by tomographic techniques, of which the most efficient is the x-ray micro computerized tomography (&mu;CT).
High resolution &mu;CT is a very versatile yet accurate (1-2 microns of resolution) technique for 3D examination of ex-vivo biological samples1, 2. As opposed to electron tomography, the &mu;CT allows the examination of up to 4 cm thick samples. This technique requires only few hours of measurement as compared to weeks in histology. In addition, &mu;CT does not rely on 2D stereologic models, thus it may complement and in some cases can even replace histological methods3, 4, which are both time consuming and destructive. Sample conditioning and positioning in &mu;CT is straightforward and does not require high vacuum or low temperatures, which may adversely affect the structure. The sample is positioned and rotated 180&deg; or 360&deg;between a microfocused x-ray source and a detector, which includes a scintillator and an accurate CCD camera, For each angle a 2D image is taken, and then the entire volume is reconstructed using one of the different available algorithms5-7. The 3D resolution increases with the decrease of the rotation step. The present video protocol shows the main steps in preparation, immobilization and positioning of the sample followed by imaging at high resolution.

High Resolution 3D Imaging of Ex-Vivo Biological Samples by Micro CT

Non-destructive volume visualization can be achieved only by tomographic techniques, of which the most efficient is the x-ray micro computerized tomography ( CT).

Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme Ex-Vivo Biyolojik örnekler Micro CT

Non-destructive volume visualization can be achieved only by tomographic techniques, of which the most efficient is the x-ray micro computerized ...

Biyomühendislik

Automated Quantification of Hematopoietic Cell &#8211; Stromal Cell Interactions in Histological Images of Undecalcified Bone

Confocal microscopy is the method of choice for the analysis of localization of multiple cell types within complex tissues such as the bone marrow. However, the analysis and quantification of cellular localization is difficult, as in many cases it relies on manual counting, thus bearing the risk of introducing a rater-dependent bias and reducing interrater reliability. Moreover, it is often difficult to judge whether the co-localization between two cells results from random positioning, especially when cell types differ strongly in the frequency of their occurrence. Here, a method for unbiased quantification of cellular co-localization in the bone marrow is introduced. The protocol describes the sample preparation used to obtain histological sections of whole murine long bones including the bone marrow, as well as the staining protocol and the acquisition of high-resolution images. An analysis workflow spanning from the recognition of hematopoietic and non-hematopoietic cell types in 2-dimensional (2D) bone marrow images to the quantification of the direct contacts between those cells is presented. This also includes a neighborhood analysis, to obtain information about the cellular microenvironment surrounding a certain cell type. In order to evaluate whether co-localization of two cell types is the mere result of random cell positioning or reflects preferential associations between the cells, a simulation tool which is suitable for testing this hypothesis in the case of hematopoietic as well as stromal cells, is used. This approach is not limited to the bone marrow, and can be extended to other tissues to permit reproducible, quantitative analysis of histological data.

A strategy to quantitatively analyze histological data in the bone marrow is presented. Confocal microscopy of fluorescently labeled cells in tissue sections results in 2-dimensional images, which are automatically analyzed. Co-localization analyses of different cell types are compared to data from simulated images, giving quantitative information about cellular interactions.

Hematopoetik Hücre Otomatik Ölçümü - undekalsifiye Kemik histolojik Görüntüler stromal hücre etkileşimleri

Confocal microscopy is the method of choice for the analysis of localization of multiple cell types within complex tissues such as the bone marrow. ...

Gelişim Biyolojisi

Outer-Boundary Assisted Segmentation and Quantification of Trabecular Bones by an Imagej Plugin

Micro-computed tomography (micro-CT) is routinely used to assess bone quantity and trabecular microstructural properties in small animals under different bone loss conditions. However, the standard approach for trabecular analysis of micro-CT images is slice-by-slice semi-automatic hand-contouring, which is labor intensive and error prone. Described here is an efficient method for automatic segmentation of trabecular bones according to the bone's outer boundaries, where trabecular bones can be identified and segmented automatically with accuracy with less operator bias when appropriate segmentation parameters are set. To profile satisfactory segmentation parameters, an image stack of segmentation results is displayed, where all possible combinations of the segmentation parameters are changed one by one in sequence, and segmentation results with associated parameters can easily be visually checked. As a quality-control feature of the plugin, simulated standard objects are quantified where the measured quantities can be compared with theoretical values. Layer-by-layer quantification of trabecular properties and trabecular thicknesses are reported by such a plugin, and the distributions of such properties within the selected regions can be profiled easily. Although layer-by-layer quantification retains more information about trabecular bones and facilitates further statistical analysis of structural changes, such measures are unavailable from the output of current commercial software, where only a single quantified value for each parameter is reported for each sample. Therefore, the described workflows are better approaches for analyzing trabecular bones with accuracy and efficiency.

We present a workflow for segmenting and quantifying trabecular bones for 2D and 3D images based on the bone&#39;s outer boundary using an ImageJ plugin. This approach is more efficient and accurate than the current manual hand-contouring approach, and provides layer-by-layer quantifications, which are not available in current commercial software.

Segmentasyon ve Trabeküler kemik bir Imagej Plugin tarafından miktar sınırı dış destekli

Micro-computed tomography (micro-CT) is routinely used to assess bone quantity and trabecular microstructural properties in small animals under different ...

3D Imaging of Soft-Tissue Samples using an X-ray Specific Staining Method and Nanoscopic Computed Tomography

We demonstrate a laboratory-based method combining X-ray microCT and nanoCT with a specific X-ray stain, which targets the cell cytoplasm. The described protocol is easy to apply, fast and suitable for larger soft-tissue samples. The presented methodology enables the characterization of crucial tissue structures in three dimensions and is demonstrated on a whole mouse kidney. The multiscale approach allows to image the entire mouse kidney and supports the selection of further volumes of interest, which are acquired with higher resolutions ranging into the nanometer range. Thereby, soft-tissue morphology with a similar detail level as the corresponding histological light microscopy images is reproduced. Deeper insights into the 3D configuration of tissue structures are achieved without impeding further investigations through histological methods.

A protocol for 3D visualization of microscopic tissue structures by using an X-ray specific staining method designed for X-ray computed tomography is presented.

X-Ray Spesifik Boyama Yöntemi ve Nanoskobik Bilgisayarlı Tomografi Ile Yumuşak Doku Örneklerinin 3Boyutlu Görüntülemesi

We demonstrate a laboratory-based method combining X-ray microCT and nanoCT with a specific X-ray stain, which targets the cell cytoplasm. The described ...

A Micro-CT-based Method for Characterizing Lesions and Locating Electrodes in Small Animal Brains

Lesion and electrode location verification are traditionally done via histological examination of stained brain slices, a time-consuming procedure that requires manual estimation. Here, we describe a simple, straightforward method for quantifying lesions and locating electrodes in the brain that is less laborious and yields more detailed results. Whole brains are stained with osmium tetroxide, embedded in resin, and imaged with a micro-CT scanner. The scans result in 3D digital volumes of the brains with resolutions and virtual section thicknesses dependent on the sample size (12&#8211;15 and 5&#8211;6 &#181;m&#160;per voxel for rat and zebra finch brains, respectively). Surface and deep lesions can be characterized, and single tetrodes, tetrode arrays, electrolytic lesions, and silicon probes can also be localized. Free and proprietary software allows experimenters to examine the sample volume from any plane and segment the volume manually or automatically. Because this method generates whole brain volume, lesions and electrodes can be quantified to a much higher degree than in current methods, which will help standardize comparisons within and across studies.

This article describes a straightforward method to prepare small animal brains for micro-CT imaging, in which lesions can be quantified and electrodes located with high precision in the context of the whole brain.

Lezyonlar karakterize ve küçük hayvan beyinlerinde elektrot bulmak için bir mikro-CT-esaslı Yöntem

Lesion and electrode location verification are traditionally done via histological examination of stained brain slices, a time-consuming procedure that ...

Nörobilim

An Unbiased Approach of Sampling TEM Sections in Neuroscience

Investigations of the ultrastructural features of neurons and their synapses are only possible with electron microscopy. Especially for comparative studies of the changes in densities and distributions of such features, an unbiased sampling protocol is vital for reliable results. Here, we present a workflow for the image acquisition of brain samples. The workflow allows systematic uniform random sampling within a defined brain region, and the images can be analyzed using a disector. This technique is much faster than extensive examination of serial sections but still presents a feasible approach to estimate the densities and distributions of ultrastructure features. Before embedding, stained vibratome sections were used as a reference to identify the brain region under investigation, which helped speed up the overall specimen preparation process. This approach was used for comparative studies investigating the effect of an enriched-housing environment on several ultrastructural parameters in the mouse brain. Based on the successful use of the workflow, we adapted it for the purpose of elemental analysis of brain samples. We optimized the protocol in terms of the time of user-interaction. Automating all the time-consuming steps by compiling a script for the open source software SerialEM helps the user to focus on the main work of acquiring the elemental maps. As in the original workflow, we paid attention to the unbiased sampling approach to guarantee reliable results.

We introduce a novel workflow for electron microscopy investigations of brain tissue. The method allows the user to examine neuronal features in an unbiased fashion. For elemental analysis, we also present a script that automatizes most of the workflow for randomized sampling.

Neuroscience bölümlerinde TEM örnekleme tarafsız bir yaklaşım

Investigations of the ultrastructural features of neurons and their synapses are only possible with electron microscopy. Especially for comparative ...

Kemik Kırığı Duyarlılığı için Mekanik Test Prensipleri ve Protokolleri

Practical Considerations for the Design, Execution, and Interpretation of Studies Involving Whole-Bone Bending Tests of Rodent Bones

Skeletal fragility leading to fracture is an American public health crisis resulting in 1.5 million fractures each year and $18 billion in direct care costs. The ability to understand the mechanisms underlying bone disease and the response to treatment is not only desired, but critical. Mechanical testing of bone serves as a valuable technique for understanding and quantifying a bone&#39;s susceptibility to fracture. While this method appears simple to perform, inappropriate and inaccurate conclusions may be reached if governing assumptions and key steps are disregarded by the user. This has been observed across disciplines as studies continue to be published with misuse of methods and incorrect interpretation of results. This protocol will serve as a primer for the principles associated with mechanical testing along with the application of these techniques-from considerations of sample size through tissue harvesting and storage, to data analysis and interpretation. With this in hand, valuable information regarding a bone&#39;s susceptibility to fracture may be obtained, furthering understanding for both academic research and clinical solutions.

Yazar Spotlight: Tüm Kemik Bükme Testlerinde Doğruluğu ve Tekrarlanabilirliği Artırma 

Mechanical testing of rodent bones is a valuable method for extracting information regarding a bone's susceptibility to fracture. Lacking proper practical understanding, the results may be overinterpreted or lack validity. This protocol will serve as a guide to ensure mechanical tests are performed accurately to provide valid and functional data.

Kemirgen kemiklerinin tüm kemik bükme testlerini içeren çalışmaların tasarımı, yürütülmesi ve yorumlanması için pratik hususlar

Skeletal fragility leading to fracture is an American public health crisis resulting in 1.5 million fractures each year and $18 billion in direct care ...

Fare Yenidoğan Beyin Mikro-BT Tarama ve Görüntü İşleme

Micro-CT Imaging and Morphometric Analysis of Mouse Neonatal Brains

Neuroimages are a valuable tool for studying brain morphology in experiments using animal models. Magnetic resonance imaging (MRI) has become the standard method for soft tissues, although its low spatial resolution poses some limits for small animals. Here, we describe a protocol for obtaining high-resolution three-dimensional (3D) information on mouse neonate brains and skulls using micro-computed tomography (micro-CT). The protocol includes those steps needed to dissect the samples, stain and scan the brain, and obtain morphometric measurements of the whole organ and regions of interest (ROIs). Image analysis includes the segmentation of structures and the digitization of point coordinates. In sum, this work shows that the combination of micro-CT and Lugol's solution as a contrast agent is a suitable alternative for imaging the perinatal brains of small animals. This imaging workflow has applications in developmental biology, biomedicine, and other sciences interested in assessing the effect of diverse genetic and environmental factors on brain development.

Yazar Spotlight: Fare Yenidoğan Beyinlerinin Yüksek Çözünürlüklü Görüntülenmesi - Lugol&#39;un Solüsyon Kontrast Maddesi ile Bir Mikro-BT Protokolü

This study describes the steps for obtaining high-resolution images of neonatal mouse brains by combining micro-computed tomography (micro-CT) and a contrast agent in ex vivo samples. We describe basic morphometric analyses to quantify brain size and shape in these images.

Fare Yenidoğan Beyinlerinin Mikro-BT Görüntüleme ve Morfometrik Analizi

Neuroimages are a valuable tool for studying brain morphology in experiments using animal models. Magnetic resonance imaging (MRI) has become the standard ...

Synchrotron Micro-CT için Yüksek Verimli Kortikal Kemik Örneği Alımı ve Analizi için Kesitleme, Coring ve Görüntü İşleme Kılavuzu

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme Ex-Vivo Biyolojik örnekler Micro CT

Hematopoetik Hücre Otomatik Ölçümü - undekalsifiye Kemik histolojik Görüntüler stromal hücre etkileşimleri

Segmentasyon ve Trabeküler kemik bir Imagej Plugin tarafından miktar sınırı dış destekli

X-Ray Spesifik Boyama Yöntemi ve Nanoskobik Bilgisayarlı Tomografi Ile Yumuşak Doku Örneklerinin 3Boyutlu Görüntülemesi

Lezyonlar karakterize ve küçük hayvan beyinlerinde elektrot bulmak için bir mikro-CT-esaslı Yöntem

Neuroscience bölümlerinde TEM örnekleme tarafsız bir yaklaşım

Kemirgen kemiklerinin tüm kemik bükme testlerini içeren çalışmaların tasarımı, yürütülmesi ve yorumlanması için pratik hususlar

Kemirgen kemiklerinin tüm kemik bükme testlerini içeren çalışmaların tasarımı, yürütülmesi ve yorumlanması için pratik hususlar

Kemirgen kemiklerinin tüm kemik bükme testlerini içeren çalışmaların tasarımı, yürütülmesi ve yorumlanması için pratik hususlar

Fare Yenidoğan Beyinlerinin Mikro-BT Görüntüleme ve Morfometrik Analizi