Method Article
Se presenta un protocolo para medir la cinética del tejido adiposo in vivo en humanos utilizando el método de marcaje con deuterio (2H).
El tejido adiposo blanco es un órgano altamente plástico que es necesario para mantener la homeostasis energética de todo el cuerpo. La masa de tejido adiposo y los cambios en la masa o distribución de la grasa están regulados por cambios en la síntesis y descomposición (es decir, recambio) de las células adiposas y los triacilgliceroles. La evidencia sugiere que la forma y la magnitud de la expansión del tejido adiposo subcutáneo (es decir, hipertrofia frente a hiperplasia) y el recambio pueden influir en la salud metabólica, ya que la adipogénesis se ha implicado en la patogénesis de la obesidad y las enfermedades relacionadas. A pesar del papel potencial del recambio adiposo en la salud humana, existe una falta de conocimiento sobre la cinética in vivo de las células adiposas. Esto se debe, en parte, a la lenta tasa de renovación de las células en el tejido adiposo y a la complejidad práctica de etiquetar directamente sus precursores metabólicos in vivo. En este artículo, describimos métodos para medir la cinética adiposa in vivo y las tasas de recambio en humanos a través del consumo de agua marcada con deuterio (2H). La incorporación de 2H en los restos de desoxirribonucleótidos del ADN en preadipocitos y adipocitos proporciona una medida precisa de la formación y muerte celular (recambio adiposo). En general, se trata de un enfoque innovador para medir la cinética adiposa in vivo y representa un cambio sustancial con respecto a otras evaluaciones in vitro .
La obesidad es una enfermedad caracterizada por un exceso de tejido adiposo blanco (TA) y es un factor de riesgo importante para el desarrollo de diabetes tipo II y enfermedad cardiovascular1. El AT blanco es un órgano altamente plástico que almacena energía en forma de triacilgliceroles (TG) y es esencial para la homeostasis metabólica2. La AT blanca conserva la capacidad de expandirse, reducirse y remodelarse durante la edad adulta3, y la masa de AT está determinada por cambios dinámicos en el volumen de los adipocitos (a través de la síntesis y descomposición de TG), la formación continua de adipocitos a través de la proliferación y diferenciación de preadipocitos (es decir, hiperplasia o adipogénesis) y la muerte de las células adiposas4.
La evidencia sugiere que existe un vínculo importante entre el recambio subcutáneo de TA (p. ej., formación y muerte de adipocitos) y la salud cardiometabólica 5,6,7,8, y el papel de la adipogénesis en la patogénesis de los trastornos relacionados con la obesidad sigue siendo discutible4. Sin embargo, se sabe poco sobre el recambio de TA in vivo en humanos debido, en parte, a la lenta tasa de recambio de los componentes celulares del TA y a la complejidad de etiquetar directamente sus precursores metabólicos in vivo. Si bien los métodos in vitro han proporcionado cierta información, estos enfoques no proporcionan una evaluación in vivo completa dentro del entorno natural de la TA.
El laboratorio Hellerstein9 desarrolló un método para evaluar in vivo el recambio de AT utilizando la incorporación del isótopo estable deuterio (2H) de agua pesada (2H2O) al AT (Figura 1)10. El protocolo, que ha sido validado en ratones y humanos, incluye un aumento inicial de 2H2O para aumentar el enriquecimiento de 2H del agua corporal, seguido de una ingesta diaria adecuada para mantener valores de enriquecimiento estables y cercanos a la meseta. Los 2H de los 2H2O (es decir, agua pesada) se incorporan a la fracción desoxirribosa (dR) de los desoxirribonucleótidos en el ADN de las células adiposas, y el enriquecimiento de isótopos se mide en el ADN mediante espectrometría de masas y la aplicación del análisis de distribución de isótopos de masas (MIDA)9,10,11. El marcaje de la fracción desoxirribosa de los desoxirribonucleótidos de purina en el ADN con precursores de isótopos estables tiene varias ventajas sobre los métodos anteriores, como los que implicaban el marcaje con restos de base de nucleótidos de pirimidina (por ejemplo, de 3H-timidina o bromo-desoxiuridina). Cabe destacar que la reincorporación endógena de bases, especialmente para pirimidinas, pero no para dR, en la replicación del ADN, confundió previamente la interpretación de la incorporación de la etiqueta12. Además, la incorporación de un marcador de isótopo estable en dR no causa genotoxicidad, a diferencia de la incorporación de agentes radiactivos o genotóxicos como el 3H (tritio) o el bromo-desoxiuridina. Por lo tanto, el uso a largo plazo de esta técnica en modelos animales y humanos es seguro.
La medición de la síntesis de ADN marcada con 2H denota el paso de una célula a través de la fase S de la división celular e identifica los pre-adipocitos recién formados y los adipocitos (a través de la diferenciación de pre-adipocitos) o la adipogénesis13. Las células que experimentan un recambio rápido (por ejemplo, los monocitos) reemplazan su ADN rápidamente y alcanzan una meseta en el enriquecimiento de 2H, proporcionando así una referencia interna para el ensayo. La relación entre el enriquecimiento de 2H del ADN de las células adiposas y el de los monocitos (células de referencia) o la medición integrada de 2H2O permite calcular la fracción de células adiposas recién sintetizadas. En este documento, este protocolo describe métodos para medir las tasas de recambio de células adiposas in vivo (adipogénesis) en humanos a través del protocolo de marcaje metabólico 2H, incluyendo técnicas refinadas para purificar los adipocitos a través de la selección inmune negativa y para enriquecer la población de pre-adipocitos14.
La Junta de Revisión Institucional (IRB, por sus siglas en inglés) del Centro de Investigación Biomédica Pennington aprobó todos los procedimientos (#10039-PBRC) y todos los sujetos humanos dieron su consentimiento informado por escrito.
1. Período de etiquetado O de ocho semanas 2H2
NOTA: El protocolo de etiquetado de 2H2O mantiene un enriquecimiento de 2H cercano a la meseta en el agua corporal dentro del rango de 1.0%-2.5% durante el período de etiquetado de 8 semanas (Figura 2)10.
2. Colecciones de biopsias de tejido adiposo de sujetos humanos
3. Aislamiento de adipocitos purificados
4. Aislamiento de preadipocitos
5. Aislamiento de monocitos sanguíneos
NOTA: Los monocitos se analizan para representar una población celular (casi) completamente renovada, y la medición del enriquecimiento de 2H en los monocitos se puede utilizar como marcador de referencia de la exposición a 2H2O en cada individuo. Alternativamente, se puede medir el enriquecimiento corporal de 2H2O y utilizarlo para calcular la exposición a 2H2O.
6. Preparación del ADN (aislamiento, hidrólisis y derivatización)
7. Cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS) análisis del ADN
8. Cálculo de la fracción de células recién sintetizadas, o adipogénesis in vivo
El protocolode etiquetado 2 H2O (sección 1) mantiene un enriquecimiento de 2H cercano a la meseta en el agua corporal dentro del rango de 1,0%-2,5% durante la duración del período de etiquetado de 8 semanas10, como se muestra en la Figura 2. Un estudio previo utilizó el protocolo de marcaje 2H2O para evaluar la cinética adiposa a través de la incorporación de 2H en el ADN de las células adiposas, como se detalla en las secciones 2-8, e informó que la adipogénesis in vivo (tanto la proliferación de preadipocitos como la formación de adipocitos) fue mayor en el femoral subcutáneo (scFEM) en relación con el depósito abdominal subcutáneo (scABD) en mujeres con obesidad (Figura 5)13. Datos adicionales mostraron que las tasas de formación de preadipocitos y adipocitos en los depósitos subcutáneos de AT se asociaron positivamente con el porcentaje general de grasa corporal (Figura 6)13. En general, estos datos publicados confirman que este método fisiológico de marcaje 2H es un enfoque innovador para evaluar la cinética de AT in vivo en individuos con diferentes distribuciones adiposas y contenidos de grasa corporal13.
Figura 1: Protocolo de marcaje 2 H para evaluar el recambio adiposo in vivo. (A) El método de marcaje con deuterio ha sido validado para proporcionar estimaciones in vivo de la formación de células adiposas, la síntesis de TG y la muerte de adipocitos en humanos mediante la incorporación del isótopo estable 2H, administrado como 2H2O, en el agua corporal y el tejido adiposo. (B) El enriquecimiento de 2H en el tejido adiposo (pre-adipocitos y adipocitos) proporciona una medida de la formación de células adiposas. Cabe destacar que este protocolo también puede proporcionar una medida de la muerte de las células adiposas a través de la pérdida de etiqueta 2 H, aunque este no es el tema principal de este manuscrito. Esta figura ha sido adaptada con permiso de White y Ravussin4. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 2: Enriquecimiento de deuterio en agua corporal. (A-C) Aquí se presentan mediciones representativas de enriquecimiento de deuterio en agua corporal (orina) durante el protocolo de etiquetado de 8 semanas 2H2O en tres sujetos humanos. Sobre la base de las dosis proporcionadas (sección 1), el protocolode etiquetado 2 H2O mantiene un enriquecimiento de 2H cercano a la meseta en el agua corporal dentro del rango de 1,0 %-2,5 % (eje y) durante el período de etiquetado de 8 semanas (eje x). El enriquecimiento medio de agua corporal se calcula utilizando un enfoque de área bajo la curva para todo el período de exposición. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 3: Curva de corrección de abundancia natural de ADN no marcado. El análisis de ADN no marcado por espectrometría de masas da como resultado un aumento de la abundancia fraccional M1 de referencia, lo que sugiere falsamente un aumento del enriquecimiento con el aumento de la carga de muestra en la columna de GC. Es necesaria una curva de abundancia no marcada para corregir esta "sensibilidad a la abundancia" de las proporciones de isótopos. Esto se hace utilizando un rango de cargas estándar de ADN no marcadas (áreas de pico M0) y restando la abundancia fraccional M1 medida (relación M1 = abundancia M1/abundancia de M0, M1 y M2) que corresponde al área pico M0 de una muestra marcada. En el ejemplo mostrado, los dos pares de muestras de control de calidad enriquecidas al 1,35% solo producen resultados correctos después de restar cada valor de abundancia fraccional M1 apropiado obtenido de la curva sin etiquetar. La relación M1 calculada para el derivado dR es de 0,1669. En esta figura, la relación M1 se alcanza en 82 millones de recuentos de área máxima M0. En este ejemplo, se puede calcular una relación M1 "ajustada" para dR no enriquecido utilizando la siguiente regresión: y = 1,3024e−19x2 + 1,7010e−11x + 0,1650. Esta figura ha sido adaptada con permiso de Mazzarello et al.23 Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 4: Relación entre el enriquecimiento de agua corporal (p) y el enriquecimiento máximo de un tejido completamente renovado. Se construyen tablas de distribución de isótopos de masa, que calculan todos los isótopos de dR en todos los enriquecimientos de agua corporal posibles (p). A continuación, se utilizan para derivar la relación entre p y el enriquecimiento máximo de M1 (EM1*) de dR en el ADN recién replicado. Si se conoce el enriquecimiento de agua corporal, se puede calcular EM1* y utilizar para calcular la síntesis fraccional. Esto es útil cuando no se dispone de un tejido de referencia completamente volteado. Las regresiones de Busch et al.9 y Mazzarello et al.23 producen resultados de síntesis fraccional comparables siempre y cuando todas las mediciones utilicen sistemáticamente dos o tres masas en el cálculo de las relaciones M1 y EM1*. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 5: Mayores tasas de formación de preadipocitos y adipocitos en el depósito de scFEM en relación con el depósito de scABD. Las medias de mínimos cuadrados que compararon la fracción de nuevos preadipocitos y adipocitos en diferentes depósitos se derivaron del modelo lineal mixto (n = 25). La diferencia en la fracción de nuevos preadipocitos entre los depósitos de femoral subcutáneo (scFEM) y abdominal subcutáneo (scABD) fue de 3,224 (p = 0,0354), mientras que la diferencia en la fracción de nuevos adipocitos entre los depósitos de scFEM y scABD fue de 2,877 (p = 0,0005)13. La población de estudio incluyó 25 mujeres de ascendencia afroamericana (n = 14) y caucásica (n = 11), con una edad promedio de 31 años ± 6 años, un IMC promedio de 32,6 kg/m2 ± 2,7 kg/m2 y 44,3% ± 4,1% de grasa corporal. Esta figura ha sido adaptada con permiso de White et al.13. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 6: Correlación positiva entre la formación de preadipocitos y la formación de adipocitos en los depósitos de scABD y scFEM (C,D) y el porcentaje general de grasa corporal. Las asociaciones simples entre la fracción de nuevos preadipocitos o adipocitos y el porcentaje de grasa corporal se analizaron mediante la correlación de Spearman (n = 25). (A,B) La correlación de Spearman entre la fracción de nuevos preadipocitos (abdominales subcutáneos; scABD) y el porcentaje de grasa corporal fue de 0,4263 (R2 = 0,2472; p = 0,019), y la correlación de Spearman entre la fracción de nuevos adipocitos (scABD) y el porcentaje de grasa corporal fue de 0,3291 (R2 = 0,2346; p = 0,026). (C,D) La correlación de Spearman entre la fracción de nuevos preadipocitos (femoral subcutáneo; scFEM) y el porcentaje de grasa corporal fue de 0,2761 (R2 = 0,1123; p = 0,092), y la correlación de Spearman entre la fracción de nuevos adipocitos (scFEM) y el porcentaje de grasa corporal fue de 0,5358 (R2 = 0,2116; p = 0,056)13. La población de estudio incluyó 25 mujeres de ascendencia afroamericana (n = 14) y caucásica (n = 11), con una edad promedio de 31 años ± 6 años, un IMC promedio de 32,6 kg/m2 ± 2,7 kg/m2 y 44,3% ± 4,1% de grasa corporal. Esta figura ha sido adaptada con permiso de White et al.13. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Las evaluaciones in vivo son necesarias para proporcionar nuevos conocimientos sobre la dinámica del recambio de TA blanco y su papel en la obesidad y las enfermedades metabólicas relacionadas, ya que las evaluaciones in vitro no abarcan el entorno natural del TA. Aunque el uso de la datación radiocarbónica retrospectiva para evaluar la dinámica adiposa ha sido informativo 7,25, este enfoque no es adecuado para capturar los cambios dinámicos durante los estudios prospectivos de intervención. El método de etiquetado 2H ha sido validado para proporcionar medidas fisiológicas de la formación y el recambio de células adiposas in vivo en humanos y representa una desviación sustancial de otras evaluaciones. En los últimos años, este enfoque se ha aplicado para evaluar y descubrir nuevas cinéticas adiposas tanto en roedores26 como en humanos 13,27,28.
En particular, con este método, se implementaron técnicas adicionales de procesamiento de AT para purificar los adipocitos recién aislados y eliminar la contaminación de otros tipos de células que pueden adherirse a los adipocitos flotantes y afectar las mediciones. Como se informó anteriormente, estos pasos resultaron en una mejora favorable en la precisión de las mediciones de adipogénesis in vivo , específicamente la medición de adipocitos recién formados14. Otro paso adicional en este método fue realizar un cultivo a corto plazo de células SVF para permitir la unión eficiente y preferencial de las células progenitoras de los adipocitos. Se encontró que este paso de cultivo enriquece la población de preadipocitos, lo que resulta en medidas más precisas de la proliferación in vivo 14. La pureza de las células de interés es una consideración importante en este método, especialmente cuando se analizan tejidos que comprenden varios tipos de células.
Si bien la muerte de los adipocitos es un componente importante del recambio de AT8, no se incluyó una evaluación de la muerte celular en el protocolo y, por lo tanto, la muerte de los adipocitos no se midió ni se discutió en este análisis. Sin embargo, aquí se ha informado de la tasa de síntesis fraccional (FSR), o la fracción de células recién formadas presentes en el AT durante las 8 semanas. La tasa de síntesis absoluta (ASR) se calcula de la siguiente manera: FSR × tamaño del grupo. El tamaño de la reserva de AT se puede estimar de manera más rigurosa a partir del número de adipocitos en el tejido, que se puede determinar experimentalmente mediante el peso de AT corregido por el tamaño medio de los adipocitos. Alternativamente, se puede utilizar una estimación del tamaño de los adipocitos basada en los valores publicados cuando sea apropiado. Es importante tener en cuenta que cuando el tamaño de la reserva de AT está en un estado estacionario o casi estacionario, que es el estado habitual incluso en condiciones como la obesidad (donde el cambio en la masa total de AT del cuerpo durante 8 semanas suele ser bastante pequeño en relación con la masa de AT de todo el cuerpo), la FSR es igual a la tasa de degradación fraccional (FDR) o tasa de mortalidad, que revela directamente la vida media de las células: T1/2 = ln 2/FDR = 0,693/FDR9. Por lo tanto, asumiendo que la masa de AT se encuentra en un estado relativamente estable durante el período de marcaje de 8 semanas 2H2O, la formación de nuevas células adiposas es probablemente similar a la fracción de muertes de células adiposas, lo que proporciona una medida del recambio o reemplazo de células adiposas27. Cuando hay un cambio en el tamaño del grupo durante el período de etiquetado (condiciones de estado no estacionario), se puede utilizar una corrección de estado no estacionario, como la ecuación29 de Steele, que requiere medir o estimar el cambio en el tamaño del grupo durante el período de etiquetado. Cabe destacar que la síntesis fraccional "f" sigue siendo una medida válida en un estado no estacionario, ya que el valor de "f" representa la fracción de células recién divididas que están presentes. Sin embargo, la conversión de "f" a una constante de velocidad (FSR o FDR) requeriría entonces una corrección en estado no estacionario, como la ecuación de Steele. Una fortaleza del protocolode marcaje 2H2O es que se puede aplicar para medir cuantitativamente la muerte celular adiposa, ya que las pérdidas en el enriquecimiento total de 2H en el pool de tejido adiposo después de detener el consumo de 2H2O ocurren solo por muerte celular9.
Aunque la necesidad de aislar y purificar las células de interés podría verse como una limitación del protocolo, algunas de las muchas ventajas incluyen la facilidad de administración de 2H2O, la idoneidad de este enfoque para condiciones de vida libre, la seguridad del enfoque y el hecho de que proporciona una evaluación integradora dentro del entorno natural del AT. que no se captura mediante abordajes in vitro . Es importante destacar que el protocolo 2H2O es un enfoque práctico que se puede aplicar para evaluar la cinética in vivo en varios otros tipos de células, tejidos y estados de enfermedad9.
Una parte crítica del diseño experimental es la dosis y el momento de la administración de 2H2O9. El protocolo presentado emplea un período de etiquetado de 8 semanas que implica el consumo tres veces al día de agua pesada durante la semana 1 (por ejemplo, el período de cebado para acercarse a la meseta de enriquecimiento de 2H2O en el agua corporal), seguido de un consumo dos veces al día durante las semanas restantes 2-8 para mantener niveles de enriquecimiento de agua corporal relativamente constantes. La dosificación y la administración adecuadas son importantes para proporcionar al cuerpo mediciones de enriquecimiento de 2H2O, que son necesarias para evaluar el cumplimiento del protocolo (sección 1 del protocolo) y para calcular la fracción de células recién formadas (sección 8 del protocolo). Cabe destacar que el período de marcaje de 8 semanas ha demostrado ser suficiente y adecuado para medir la cinética de la TA, a pesar de la lenta rotación de este tejido11,25. Por lo tanto, un beneficio de este enfoque es que 2H2O es seguro y adecuado para el consumo durante un período de semanas o meses, y la dosis y el momento de la administración de 2H2O se pueden modificar en función de la célula o tejido de interés, la pregunta científica y el objetivo del estudio para garantizar la incorporación adecuada de la etiqueta 2H9.
Hay algunos puntos a tener en cuenta para realizar estudios de seguimiento. La vida media de 2H en agua corporal es de ~7-10 días en humanos. Después de que un sujeto interrumpe la ingesta de 2H2O, el agua corporal 2H alcanza la línea de base después de ~ 4-6 semanas (la dilución de 2H2O se ajusta a un modelo de decaimiento exponencial)9. Aunque no es un factor para las células con un recambio rápido (por ejemplo, monocitos), el marcaje residual de 2H de los adipocitos después del cese de la ingesta de 2H2O es una consideración importante cuando se planifican estudios de seguimiento debido a la lenta recambio de estas células. Cabe destacar que la muerte de la etiqueta (por ejemplo, muerte de los adipocitos) puede evaluarse y proporcionar información útil, ya que la pérdida de la etiqueta 2H en las células adiposas ocurre solo si hay una pérdida de células o muerte celular9. Antes de realizar estudios de seguimiento, se debe medir el enriquecimiento de 2H en las células adiposas antes del inicio de un período de marcaje de 2H para establecer una medición "de referencia" al realizar estudios de seguimiento.
Los pasos que describen la preparación del ADN, el análisis de GC-MS y el cálculo de las células recién formadas (secciones 6-8 del protocolo) se han descrito y descrito con gran detalle en Busch et al.9. El enriquecimiento de 2H en un tipo de celda de referencia (casi) completamente reemplazado se puede utilizar en la ecuación para calcular la fracción de celdas de interés recién formadas (sección 8 del protocolo). Este valor de referencia representa el contenido máximo de 2H posible en el ADN si la población de células de referencia comprende esencialmente todas las células recién divididas bajo las mismas condiciones de marcaje de 2H2O. Por lo tanto, en estos análisis, la medición en monocitos (células casi completamente reemplazadas) representa un marcador celular de referencia de la exposición a 2H2O, y esto se utilizó para calcular la fracción de células adiposas recién sintetizadas. En ausencia de una medida de células de referencia, los enriquecimientos de H2O del cuerpo sepueden utilizar para estimar el enriquecimiento de 2H correspondiente al 100% de las células reemplazadas (es decir, el enriquecimiento máximo teórico de M1; Figura 2). Cabe destacar que el uso de mediciones de monocitos, u otra célula de referencia, 2 H tiene una ventaja sobre las medidas de agua corporal, ya que las mediciones anteriores explican el grado de enriquecimiento incompleto de 2H de los desoxirribonucleósidos de 2H2O (debido al intercambio incompleto de 1H/2H y/o a los efectos cinéticos de los isótopos a nivel de los precursores metabólicos). Las medidas de la celda de referencia también sirven para confirmar los cálculos utilizando el enriquecimiento máximo teórico de M1.
Este protocolo describe los métodos para medir la cinética de AT in vivo y las tasas de recambio en humanos a través del protocolo de marcaje 2H2O. Los datos presentados confirman este método fisiológico como un enfoque innovador para evaluar in vivo la cinética de AT y la asociación con los resultados de salud metabólica relacionados con la obesidad27 en individuos con diferentes distribuciones adiposas y contenidos de grasa corporal13, así como en respuesta a intervenciones, incluida la dieta, el ejercicio o el tratamiento farmacológico26,28.
Los autores no tienen conflictos de intereses que declarar.
Los autores agradecen al Núcleo de Espectrometría de Masas del Centro de Investigación Biomédica Pennington.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1-methylimidazole | MilliporeSigma | 336092 | |
2H2O | Sigma Aldrich | ||
Acetic anhydride | Aldridge | 539996 | |
ACK Lysing Buffer (erythrocyte lysis buffer) | Quality Biological Inc (VWR) | 10128-802 | |
Agilent 6890/5973 GC/MS | Agilent | ||
Anti-human CD31 (PECAM-1) Biotin | Invitrogen | 13-0319-82 | |
Anti-human CD34 Biotin | Invitrogen | 13-0349-82 | |
Anti-human CD45 | BioLegend | 304004 | |
Antibiotic Antimycotic Solution | MilliporeSigma | A5955 | |
Collagenase type 1 | Worthington Biochemical Corporation | LS004196 | |
Deoxyribose (2-deoxy d-ribose) | MilliporeSigma | 31170 | |
Deuterium Oxide | MilliporeSigma | 756822 | |
DB-225 column (30m, 0.25mm, 0.25um) | J&W Scientific | 122-2232 | |
Dichloromethane (DCM) | MilliporeSigma | 34856 | |
DNA standard (calf thymus DNA) | MilliporeSigma | D4764 | |
Dneasy Blood and Tissue Kit (DNA extraction kit) | Qiagen | 69504 | |
Easy Sep Human Biotin kit | Stem Cell Technologies | 17663 | |
EasySep Human CD14 Positive Selection Cocktail | Stem Cell Technologies | 18058C | |
Ethyl acetate | Fisher | EX0241-1 | |
Falcon 5 mL Round Bottom Polystyrene Test Tube | VWR | 60819-295 | |
Ficoll-Paque Plus | MilliporeSigma | GE17-1440-02 | |
GC vials (2 mL) | Fisher | C-4011-1W | |
GC vial inserts | Fisher | C-4011-631; C-4012-530 | |
Glacial acetic acid | Fisher | AC14893-0010 | |
Glass tubes (for hydrolysis) | Fisher | 14-959-35AA | |
HEPES buffer | ThermoFisher | 15630080 | |
Hyclone Water, molecular biology grade | Thomas Scientific | SH30538.02 | |
MEM alpha | Fisher Scientific | 32561-037 | |
PFBHA (o-(2, 3, 4, 5, 6)-penatfluorobenzylhydroxylamin hydrochloride) | MilliporeSigma | 194484 | |
pH indicator strips | Fisher | 987618 | |
Phosphatase acid | Calbiochem (VWR) | 80602-592 | |
S1 nuclease (from Aspergillus oryzae) | MilliporeSigma | N5661 | |
Sodium sulfate | MilliporeSigma | 23913 |
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