Siamo grati a Stanislav Lazopulo per aiuto con il contenuto del video.

1. misurazione volare locomozione utilizzando Drosophila attività Monitor (diga) Nota: per maggiori dettagli vedi riferimento 5.
<ol><li>Preparare singoli tubi con cibo per volare su un'estremità e cotone da altro. Alla fine con il cibo dovrebbe essere sigillata per evitare il cibo si secchi.
	<ol><li>Mettere 5-6 g di alimento in un becher da mL 50. Tagliare il cibo in piccoli pezzi in modo che è più facile a sciogliersi it.</li>
		<li>32 collegare tubi di vetro singolo con un elastico.</li>
		<li>Sciogliere il cibo nel becher di riscaldamento nel forno a microonde per 10-15 fermata s. forno a microonde ogni 5 s e agitare accuratamente il becher per garantire parità di fusione di cibo.</li>
		<li>Mentre il cibo è ancora liquido, mettere i tubi singoli preparati nel becher con il cibo. Spostare su e giù i tubi così sono altrettanto pieni.</li>
		<li>Consenti il cibo per raffreddare e solidificare per circa 1 h.</li>
		<li>Dopo il cibo è solida, togliere le provette con il cibo dal becher.</li>
		<li>Sigillare l'estremità contenente il cibo utilizzando cera. In primo luogo, rimuovere attentamente un filmato utilizzando un tovagliolo di carta, quindi premere il tubo contro la cera. Visivamente verificare la qualità del sigillo e se necessario, ripetere la tenuta ancora.</li>
		<li>Chiudere l'altra estremità del tubo con cotone; cotone permetterà aria di passare attraverso mentre mantenendo una Mosca bloccato nel tubo.</li>
	</ol></li> <li>Inserire un singolo fly in ogni singolo tubo e inserire i tubi nella diga.</li>
	Monitor <li>posto in un'incubatrice che mantiene l'umidità e temperatura costante. Basato sull'esperimento, impostare come segue le giuste condizioni di luce/buio.
	<ol><li>Per esperimenti di chiaro/scuro tenere le mosche nel ciclo luce/buio per l'intero esperimento. Non utilizzare il primo giorno delle misurazioni nell'analisi.</li>
		<li>Per gli esperimenti di buio costante, in primo luogo tenere le mosche per due giorni in condizioni di luce/buio per la sincronizzazione degli orologi e trascinamento e quindi passare alla oscurità costante. Non utilizzare le misurazioni dal primo giorno di buio costante nell'analisi.</li>
	</ol></li> <li>Raccogliere almeno quattro giorni di dati che possono essere utilizzati nell'analisi. 
	Nota: Il sistema DAM emetterà un singolo file con una registrazione di locomozione di tutte le mosche nel monitor.</li>
</ol> 2. Analisi dei dati <ol><li>Split monitor file di output in più file di singola attività volare; ogni file deve essere una singola colonna &#39;. txt &#39; file con una misurazione individuale volare locomozione.</li>
	<li>Run &#39; ModelFitPS3.m &#39; funzione in una finestra di comando di Matlab con i seguenti parametri di input: <ol><li>per samplingrate, impostare l'intervallo di tempo di campionamento dei dati in pochi secondi. Ad esempio, se l'attività è stata misurata ogni minuto, immettere 60 come il samplingrate.</li>
		<li>Per bin_interval, impostare l'intervallo di tempo in minuti al quale i dati verranno cestinati per una migliore visualizzazione; l'intervallo consigliato bin è 20-30 min</li>
		<li>Per la tendenza, immettere &#34; 1 &#34; se i dati mostrano tendenza iniziale e &#34; 0 &#34; altrimenti; dati con tendenza saranno essere detrended prima di montare un polinomio di secondo ordine e quindi sottraendo i dati.</li>
	</ol></li> <li>Finestra popup nella quale selezionare un file di singola attività volare. 
	Nota: Il primo appezzamento è lo spettro di potenza di dati e non la trama di attività familiare. Dallo spettro della potenza tracciati, determinare il principale periodo T 0: fare clic con il pulsante sinistro del mouse sul picco circadiano, o con il pulsante destro del mouse sulla cima della seconda armonica (intorno T 0 / 2).</li>
	<li>Sulla trama di dati aperto, controllare se la mattina e sera cime sono ben visualizzati. In caso contrario, modificare il valore di bin_interval facendo clic destro in un punto qualsiasi del grafico e inserendo il nuovo valore di bin_interval nella finestra di dialogo. Il programma verrà aggiornate i dati con il nuovo valore dell'intervallo. Per accettare il valore di bin_interval, a sinistra fare clic sul grafico.</li>
	<li>Il programma sarà ridisegnare nuovamente i dati e Visualizza i primi cinque giorni di attività. Su questo terreno, fare clic sul primo picco M che verrà utilizzato nell'analisi (a volte è necessario saltare uno o due giorni). 
	Nota: Il programma verrà ridisegnare il grafico a partire dal picco mattina raccolti. Le linee blue e rosse mostrerà la posizione approssimativa della E con successivo giorno M picco, rispettivamente, basato sul periodo determinato nel passaggio 2.4.</li>
	<li>Sullo stesso grafico, scegliere dati per una vestibilità preliminare dei dati con il modello: fare clic sui seguenti punti (in questo ordine; si noti che la posizione di scatto sarà indicata con una stella rossa sul fondo): picco (i) Top di M; (ii) fine del picco M; (iii) inizio del picco E; (iv) la cima del picco E; (v) fine del picco E; (vi) la cima del picco M del giorno successivo.</li>
	<li>Si noti che il programma presenta ora lo spettro di potenza. 
	Nota: L'asse x è ora dato in frequenza.
	<ol><li>Nella finestra aperta con lo spettro di potenza, selezionare punti che verranno utilizzati per il montaggio l'espressione analitica per lo spettro di potenza del modello. Il periodo rilevato nel passaggio 2.4 è segnato con una linea rossa. Per selezionare punti di raccordo, innanzitutto determinare approssimativamente il periodo primario, simile al punto 2.4. Quindi utilizzando il dispositivo di scorrimento, ritocca il periodo primario valore affinché il raccordo punti (indicati con cerchi rossi, apparirà dopo aver spostato il cursore) sono chiusi per i valori di picco.</li>
	</ol></li> <li>Dopo la selezione di picco visual, fare clic su &#34; Accept &#34; e il programma adatterà punti selezionati con l'espressione analitica per calcolare i parametri di modello.</li>
	<li>Si noti che i parametri e l'errore di forma spettrale sono salvati nel file &#34; model_fit_parameters.txtŔ il programma salverà inoltre 2 figure con accoppiamenti dei dati dell'apparato locomotore e il suo spettro di potenza.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Pittendrigh, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circadian+systems:+general+perspective.">Circadian systems: general perspective.</a> Biological Rhythms. II, 57-80 (1981).</li><li>Zhang, E. E., Kay, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clocks+not+winding+down:+unravelling+circadian+networks.">Clocks not winding down: unravelling circadian networks.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 11 (11), 764-776 (2010).</li><li>Tataroglu, O., Emery, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+ticks+of+the+Drosophila+circadian+clock.">The molecular ticks of the Drosophila circadian clock.</a> Curr Opin Insect Sci. 7, 51-57 (2015).</li><li>Plautz, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+Drosophila+period+gene+transcription+in+living+animals.">Quantitative analysis of Drosophila period gene transcription in living animals.</a> J Biol Rhythms. 12 (3), 204-217 (1997).</li><li>Chiu, J. C., Low, K. H., Pike, D. H., Yildirim, E., Edery, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+locomotor+activity+to+study+circadian+rhythms+and+sleep+parameters+in+Drosophila.">Assaying locomotor activity to study circadian rhythms and sleep parameters in Drosophila.</a> J Vis Exp. (43), e2157 (2010).</li><li>Helfrich-F&#246;rster, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+control+of+morning+and+evening+components+in+the+activity+rhythm+of+Drosophila+melanogaster--sex-specific+differences+suggest+a+different+quality+of+activity.">Differential control of morning and evening components in the activity rhythm of Drosophila melanogaster--sex-specific differences suggest a different quality of activity.</a> J Biol Rhythms. 15 (2), 135-154 (2000).</li><li>Dautzenberg, F. M., Neysari, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Irreversible+binding+kinetics+of+neuropeptide+Y+ligands+to+Y2+but+not+to+Y1+and+Y5+receptors.">Irreversible binding kinetics of neuropeptide Y ligands to Y2 but not to Y1 and Y5 receptors.</a> Pharmacology. 75 (1), 21-29 (2005).</li><li>Lazopulo, A., Syed, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mathematical+model+provides+mechanistic+links+to+temporal+patterns+in+Drosophila+daily+activity.">A mathematical model provides mechanistic links to temporal patterns in Drosophila daily activity.</a> BMC Neuroscience. 17 (1), 14 (2016).</li><li>Donelson, N., Kim, E. Z., Slawson, J. B., Vecsey, C. G., Huber, R., Griffith, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+positional+tracking+for+long-term+analysis+of+Drosophila+sleep+and+locomotion+using+the+&amp;#34;tracker&amp;#34;+program.">High-resolution positional tracking for long-term analysis of Drosophila sleep and locomotion using the &amp;#34;tracker&amp;#34; program.</a> PloS ONE. 7 (5), e37250 (2012).</li><li>Schlichting, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Neural+Network+Underlying+Circadian+Entrainment+and+Photoperiodic+Adjustment+of+Sleep+and+Activity+in+Drosophila.">A Neural Network Underlying Circadian Entrainment and Photoperiodic Adjustment of Sleep and Activity in Drosophila.</a> J Neurosci. 36 (35), 9084-9096 (2016).</li><li>Guo, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circadian+neuron+feedback+controls+the+Drosophila+sleep-activity+profile.">Circadian neuron feedback controls the Drosophila sleep-activity profile.</a> Nature. 536 (7616), 292-297 (2016).</li></ol>

Gli autori non hanno nulla a rivelare.

Questo lavoro presenta le istruzioni per l'utilizzo di uno strumento computazionale che fornisce una descrizione quantitativa del pattern di locomozione volare. Lo strumento si inserisce dati di locomozione con un modello matematico che consiste di quattro termini esponenziali che descrivono la forma e le dimensioni delle cime M ed E. I valori finali per i parametri di modello sono ottenuti da montaggio gli spettri di potenza dei dati, dove l'uso dei dati grezzi può evitare effetti artefactual che dati binning o filtrag...

L'orologio circadiano è un oscillatore endogeno biochimico con un periodo di circa 24 ore ed è quasi onnipresente in animali e piante di1,2. L'orologio consente di sincronizzare i processi interni e il comportamento per il ciclo di buio luce esterno di un organismo. La struttura genetica dell'orologio circadiano è stato ampiamente studiata dal 1960 utilizzando il moscerino della frutta, d. melanogaster. In questo insetto, il nucleo dell'orologio circadiano è costituito da quattro proteine: periodo, TIMELESS, orologio e ciclo. Questi componenti di base insieme ad altre molecole formano un ciclo di feedback che produce quasi sinusoidale oscillazioni di geni orologio3,4. L'orologio circadiano in mosche è ampiamente studiato utilizzando registrazioni locomotore multiday dove volare l'attività viene rilevata con un singolo raggio infrarosso attraversando la metà di un singolo tubo di5. Una Mosca tipica registrazione ha un complesso modello bimodale con due picchi ben distinguibili: picco di mattina (M) che inizia alla fine della notte e ha un massimo quando le luci si accendono; e picco di sera (E) che inizia alla fine della giornata e ha un massimo quando le luci sono spente6. È interessante notare che, la forma di tale registrazione del comportamento è molto diversa dalle oscillazioni sinusoidali semplice osservate a livello molecolare, suggerendo l'azione di meccanismi aggiuntivi che contribuiscono ai pattern temporale osservato. Per comprendere meglio questi meccanismi nascosti, abbiamo sviluppato uno strumento computazionale che fornisce una descrizione quantitativa degli schemi temporali.
Nel nostro lavoro, ritmi locomotore sono definiti in termini di una forma d'onda che imita il modello di attività di volare. Poiché onde sinusoidali semplice non può essere utilizzate per modellare i cambiamenti ritmici osservati nell'attività, abbiamo testato varie forme di segnale per selezionare quello più semplice che cattura tutte le caratteristiche salienti vista nelle registrazioni. Mosca della frutta circadiano comportamento è controllato dall'attività dei neuroni di orologio che spesso hanno modelli esponenziali di attivazione e disattivazione7. La dinamica esponenziale e l'analisi visiva dei dati ci ha motivato a costruire un modello con termini esponenziali che consiste di quattro esponenti con nove parametri indipendenti e molto somiglianti l'attività volare modello8. Oltre ai dati dell'apparato locomotore, analizziamo anche il suo spettro di potenza. Spettro di attività tipica di volare Mostra picchi multipli alle armoniche T02, T,0, 3, ecc., oltre il picco fondamentale previsto presso il periodo circadiano T0. Secondo il teorema di Fourier, solo un'onda sinusoidale pura produce un singolo picco negli spettri di potenza, mentre più complesse forme d'onda mostrano picchi spettrali più alle armoniche del periodo primario (Figura 1). Pertanto, dato il modello temporale non sinusoidale in attività volare8, uno spettro di potenza multi-picco dei dati è matematicamente previsto e non implica necessariamente la presenza di più periodi di oscillazione. D'importanza, lo spettro di potenza della forma d'onda di modello proposto Mostra anche picchi presso tutte le armoniche del periodo primario, simile alle registrazioni locomotore volare, sottolineando così l'alta fedeltà con cui il nostro modello descrive dati volare nel tempo e in frequenza.
A risoluzioni di tempo di pochi minuti o meno, volare attività dati appare rumorosi, rendendo difficile per estrarre i parametri direttamente dai dati grezzi. Binning dati in intervalli di tempo più lungo possono diminuire il livello di rumore, ma, possono modificare i dati in modi che possono influenzare la stima dei parametri del modello. Otteniamo quindi i parametri da spettri di potenza delle registrazioni, utilizzando un'espressione analitica per gli spettri di potenza previsto calcolati dalla trasformata di Fourier della funzione modello8 (Vedi ulteriore File 1 di riferimento8). Questo approccio di ottenere parametri dagli spettri di potenza produce i valori dei parametri precisi senza qualsiasi ulteriori manipolazioni, come binning o filtrare, i dati di attività crudo. Dettagli matematici del modello e delle applicazioni ai dati wild-type e mutanti sono descritti in riferimento8. Il protocollo presentato qui si concentra sulle istruzioni dettagliate per utilizzare lo strumento computazionale.

<table><tbody><tr><td>Drosophila Activity Monitor</td><td>TriKinetics</td><td>DAM2, DAM5</td><td>Measures fly locootion using single infrared beam</td></tr><tr><td>MatLab</td><td>Mathworks</td><td></td><td>Computing environment and programming language, MatLab should include Optimization and Symbolic Math toolboxes</td></tr><tr><td>Drosophila melanogaster&amp;nbsp;</td><td></td><td>per[S], per[L], iso31(wild type)</td><td>Our analysis can be performed with fly mutants of any circadian period</td></tr></tbody></table>

a computational method to quantify fly circadian activity

Nella maggior parte dei animali e piante, orologi circadiani orchestrano processi comportamentali e molecolari e sincronizzarli con il ciclo giornaliero di chiaro-scuro. Meccanismi fondamentali che sono alla base di questo controllo temporale sono ampiamente studiati usando il Mosca di frutta melanogaster della drosofila come organismo modello. In mosche, l'orologio è in genere studiato analizzando multiday registrazione dell'apparato locomotore. Una registrazione di tale Mostra un complesso modello bimodale con due picchi di attività: un picco di mattina che accade intorno all'alba con un picco di sera che accade intorno al tramonto. Questi due picchi di forma insieme una forma d'onda che è molto diversa da oscillazioni sinusoidali osservata nei geni dell'orologio, suggerendo che i meccanismi oltre l'orologio hanno effetti profondi nella produzione i modelli osservati in dati comportamentali. Qui forniamo le istruzioni sull'utilizzo di un metodo computazionale sviluppato di recente che descrive matematicamente schemi temporali nell'attività di volare. Il metodo si inserisce dati di attività con una forma d'onda modello che consiste di quattro termini esponenziali e nove parametri indipendenti che descrivono completamente la forma e la dimensione della mattina e sera picchi di attività. I parametri estratti possono contribuire a delucidare i meccanismi cinetici di substrati che sottendono i modelli di attività bimodale comunemente osservata nei ritmi locomotore volare.

Il metodo presentato qui permette la quantificazione delle caratteristiche principali nel modello di locomozione volare. La quantificazione avviene inserendo i dati di attività con un modello che consiste di quattro termini esponenziali:
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/55977/55977eq1.jpg">
Il modello dispone di nove parametri indipendenti che descrivono i...

Watch this Scientific Journal Video about A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity at JoVE.com

A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity

Un metodo di calcolo per quantificare le attività circadiana volare

Viene presentato un metodo per quantificare le caratteristiche principali di temporale vista in volare ritmi circadiani dell'apparato locomotore. La quantificazione avviene inserendo attività di volare con una forma d'onda modello multi-parametrico. I parametri del modello descrivono la forma e la dimensione della mattina e sera picchi di attività quotidiana.

In most animals and plants, circadian clocks orchestrate behavioral and molecular processes and synchronize them to the daily light-dark cycle. ...

a-computational-method-to-quantify-fly-circadian-activity

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Behavior

5.9K Views.  University of Miami. Viene presentato un metodo per quantificare le caratteristiche principali di temporale vista in volare ritmi circadiani dell'apparato locomotore. La quantificazione avviene inserendo attività di volare con una forma d'onda modello multi-parametrico. I parametri del modello descrivono la forma e la dimensione della mattina e sera picchi di attività quotidiana.

Video: A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity

Assaying Locomotor Activity to Study Circadian Rhythms and Sleep Parameters in Drosophila

Most life forms exhibit daily rhythms in cellular, physiological and behavioral phenomena that are driven by endogenous circadian (&equiv;24 hr) pacemakers or clocks. Malfunctions in the human circadian system are associated with numerous diseases or disorders. Much progress towards our understanding of the mechanisms underlying circadian rhythms has emerged from genetic screens whereby an easily measured behavioral rhythm is used as a read-out of clock function. Studies using Drosophila have made seminal contributions to our understanding of the cellular and biochemical bases underlying circadian rhythms. The standard circadian behavioral read-out measured in Drosophila is locomotor activity. In general, the monitoring system involves specially designed devices that can measure the locomotor movement of Drosophila. These devices are housed in environmentally controlled incubators located in a darkroom and are based on using the interruption of a beam of infrared light to record the locomotor activity of individual flies contained inside small tubes. When measured over many days, Drosophila exhibit daily cycles of activity and inactivity, a behavioral rhythm that is governed by the animal's endogenous circadian system. The overall procedure has been simplified with the advent of commercially available locomotor activity monitoring devices and the development of software programs for data analysis. We use the system from Trikinetics Inc., which is the procedure described here and is currently the most popular system used worldwide. More recently, the same monitoring devices have been used to study sleep behavior in Drosophila. Because the daily wake-sleep cycles of many flies can be measured simultaneously and only 1 to 2 weeks worth of continuous locomotor activity data is usually sufficient, this system is ideal for large-scale screens to identify Drosophila manifesting altered circadian or sleep properties.

Assaying Locomotor Activity to Study Circadian Rhythms and Sleep Parameters in Drosophila

We describe procedures for recording daily locomotor activity rhythms of Drosophila and subsequent data analysis. Locomotor activity rhythms are a reliable behavioral output of animal circadian clocks and are used as the standard readout of clock function when studying circadian mutants or examining how the environment regulates the circadian system.

Saggio attività locomotoria per studiare ritmi circadiani del sonno e parametri in Drosophila</em

Most life forms exhibit daily rhythms in cellular, physiological and behavioral phenomena that are driven by endogenous circadian (&equiv;24 hr) ...

Ricerca

Neuroscienze

Measuring Circadian and Acute Light Responses in Mice using Wheel Running Activity

Circadian rhythms are physiological functions that cycle over a period of approximately 24 hours (circadian- circa: approximate and diem: day)1, 2. They are responsible for timing our sleep/wake cycles and hormone secretion. Since this timing is not precisely 24-hours, it is synchronized to the solar day by light input. This is accomplished via photic input from the retina to the suprachiasmatic nucleus (SCN) which serves as the master pacemaker synchronizing peripheral clocks in other regions of the brain and peripheral tissues to the environmental light dark cycle3-7. The alignment of rhythms to this environmental light dark cycle organizes particular physiological events to the correct temporal niche, which is crucial for survival8. For example, mice sleep during the day and are active at night. This ability to consolidate activity to either the light or dark portion of the day is referred to as circadian photoentrainment and requires light input to the circadian clock9. Activity of mice at night is robust particularly in the presence of a running wheel. Measuring this behavior is a minimally invasive method that can be used to evaluate the functionality of the circadian system as well as light input to this system. Methods that will covered here are used to examine the circadian clock, light input to this system, as well as the direct influence of light on wheel running behavior.

This article will review methods that can be used to determine circadian function and light responsiveness in mice.

Risposte di misura della luce circadiani e acuta nel topo, utilizzando attività ruota corsa

Circadian rhythms are physiological functions that cycle over a period of approximately 24 hours (circadian- circa: approximate and diem: day)1, 2.  They ...

Quantitative Measurement of the Immune Response and Sleep in Drosophila

A complex interaction between the immune response and host behavior has been described in a wide range of species. Excess sleep, in particular, is known to occur as a response to infection in mammals 1 and has also recently been described in Drosophila melanogaster2. It is generally accepted that sleep is beneficial to the host during an infection and that it is important for the maintenance of a robust immune system3,4. However, experimental evidence that supports this hypothesis is limited4, and the function of excess sleep during an immune response remains unclear. We have used a multidisciplinary approach to address this complex problem, and have conducted studies in the simple genetic model system, the fruitfly Drosophila melanogaster. We use a standard assay for measuring locomotor behavior and sleep in flies, and demonstrate how this assay is used to measure behavior in flies infected with a pathogenic strain of bacteria. This assay is also useful for monitoring the duration of survival in individual flies during an infection. Additional measures of immune function include the ability of flies to clear an infection and the activation of NF&kappa;B, a key transcription factor that is central to the innate immune response in Drosophila. Both survival outcome and bacterial clearance during infection together are indicators of resistance and tolerance to infection. Resistance refers to the ability of flies to clear an infection, while tolerance is defined as the ability of the host to limit damage from an infection and thereby survive despite high levels of pathogen within the system5. Real-time monitoring of NF&kappa;B activity during infection provides insight into a molecular mechanism of survival during infection. The use of Drosophila in these straightforward assays facilitates the genetic and molecular analyses of sleep and the immune response and how these two complex systems are reciprocally influenced.

Quantitative Measurement of the Immune Response and Sleep in Drosophila

To understand a link between the immune response and behavior, we describe a method to measure locomotor behavior in Drosophila during bacterial infection as well as the ability of flies to mount an immune response by monitoring survival, bacterial load, and real-time activity of a key regulator of innate immunity, NF&kappa;B.

Misurazione quantitativa della risposta immunitaria e nel sonno<em&gt; Drosophila</em

A complex interaction between the immune response and  host behavior has been described in a wide range of species. Excess sleep, in  particular, is known ...

Immunologia e infezioni

Determination of the Spontaneous Locomotor Activity in Drosophila melanogaster

Drosophila melanogaster has been used as an excellent model organism to study environmental and genetic manipulations that affect behavior. One such behavior is spontaneous locomotor activity. Here we describe our protocol that utilizes Drosophila population monitors and a tracking system that allows continuous monitoring of the spontaneous locomotor activity of flies for several days at a time. This method is simple, reliable, and objective and can be used to examine the effects of aging, sex, changes in caloric content of food, addition of drugs, or genetic manipulations that mimic human diseases.

Determination of the Spontaneous Locomotor Activity in Drosophila melanogaster

Drosophila melanogaster are useful in studying genetic or environmental manipulations that affect behaviors such as spontaneous locomotor activity.&#160; Here we describe a protocol that utilizes monitors with infrared beams and data analysis software to quantify spontaneous locomotor activity.&#160;

Determinazione del locomotore attività spontanea in<em&gt; Drosophila melanogaster</em

Drosophila melanogaster has been used as an excellent model organism to study environmental and genetic manipulations that affect behavior. One such ...

A Low-cost Method for Analyzing Seizure-like Activity and Movement in Drosophila

Video tracking systems have been used widely to analyze Drosophila melanogaster movement and detect various abnormalities in locomotive behavior. While these systems can provide a wealth of behavioral information, the cost and complexity of these systems can be prohibitive for many labs. We have developed a low-cost assay for measuring locomotive behavior and seizure movement in D. melanogaster. The system uses a web-cam to capture images that can be processed using a combination of inexpensive and free software to track the distance moved, the average velocity of movement and the duration of movement during a specified time-span. To demonstrate the utility of this system, we examined a group of D. melanogaster mutants, the Bang-sensitive (BS) paralytics, which are 3-10 times more susceptible to seizure-like activity (SLA) than wild type flies. Using this novel system, we were able to detect that the BS mutant bang senseless (bss) exhibits lower levels of exploratory locomotion in a novel environment than wild type flies. In addition, the system was used to identify that the drug metformin, which is commonly used to treat type II diabetes, reduces the intensity of SLA in the BS mutants.

A Low-cost Method for Analyzing Seizure-like Activity and Movement in Drosophila

Using a webcam and a combination of free and inexpensive software programs, locomotive patterns in Drosophila melanogaster can be analyzed to detect differences in the speed, distance, and time of various motor activities.

Un metodo a basso costo per l&#39;analisi sequestro-come attività e il movimento in<em&gt; Drosophila</em

Video tracking systems have been used widely to analyze Drosophila melanogaster movement and detect various abnormalities in locomotive behavior. While ...

Single-cell Resolution Fluorescence Live Imaging of Drosophila Circadian Clocks in Larval Brain Culture

The circadian pacemaker circuit orchestrates rhythmic behavioral and physiological outputs coordinated with environmental cues, such as day/night cycles. The molecular clock within each pacemaker neuron generates circadian rhythms in gene expression, which underlie the rhythmic neuronal functions essential to the operation of the circuit. Investigation of the properties of the individual molecular oscillators in different subclasses of pacemaker neurons and their interaction with neuronal signaling yields a better understanding of the circadian pacemaker circuit. Here, we present a time-lapse fluorescent microscopy approach developed to monitor the molecular clockwork in clock neurons of cultured Drosophila larval brain. This method allows the multi-day recording of the rhythms of genetically encoded fluorescent circadian reporters at single-cell resolution. This setup can be combined with pharmacological manipulations to closely analyze real-time response of the molecular clock to various compounds. Beyond circadian rhythms, this multipurpose method in combination with powerful Drosophila genetic techniques offers the possibility to study diverse neuronal or molecular processes in live brain tissue.

Single-cell Resolution Fluorescence Live Imaging of Drosophila Circadian Clocks in Larval Brain Culture

The goal of this protocol is to establish ex vivo Drosophila larval brain culture optimized to monitor circadian molecular rhythms with long-term fluorescence time-lapse imaging. The application of this method to pharmacological assays is also discussed.

Cella singola risoluzione fluorescenza Live Imaging di Drosophila orologi circadiani nel cervello larvale cultura

The circadian pacemaker circuit orchestrates rhythmic behavioral and physiological outputs coordinated with environmental cues, such as day/night cycles. ...

The Sleep Nullifying Apparatus: A Highly Efficient Method of Sleep Depriving Drosophila

Sleep homeostasis, the increase in sleep observed following sleep loss, is one of the defining criteria used to identify sleep throughout the animal kingdom. As a consequence, sleep deprivation and sleep restriction are powerful tools that are commonly used to provide insight into sleep function. Nonetheless, sleep deprivation experiments are inherently problematic in that the deprivation stimulus itself may be the cause of observed changes in physiology and behavior. Accordingly, successful sleep deprivation techniques should keep animals awake and, ideally, result in a robust sleep rebound without also inducing a large number of unintended consequences. Here, we describe a sleep deprivation technique for Drosophila melanogaster. The Sleep Nullifying Apparatus (SNAP) administers a stimulus every 10s to induce negative geotaxis. Although the stimulus is predictable, the SNAP effectively prevents &#62;95% of nighttime sleep even in flies with high sleep drive. Importantly, the subsequent homeostatic response is very similar to that achieved using hand-deprivation. The timing and spacing of the stimuli can be modified to minimize sleep loss and thus examine non-specific effects of the stimulus on physiology and behavior. The SNAP can also be used for sleep restriction and to assess arousal thresholds. The SNAP is a powerful sleep disruption technique that can be used to better understand sleep function.

The Sleep Nullifying Apparatus: A Highly Efficient Method of Sleep Depriving Drosophila

Sleep deprivation is a powerful tool to investigate sleep function and regulation. We describe a protocol to sleep deprive Drosophila using the Sleep Nullifying Apparatus, and to determine the extent of rebound sleep induced by deprivation.

L'apparato che annulla il sonno: un metodo altamente efficiente per privare la drosophila del sonno

Sleep homeostasis, the increase in sleep observed following sleep loss, is one of the defining criteria used to identify sleep throughout the animal ...

Measurement of Larval Activity in the Drosophila Activity Monitor

Drosophila larvae are used in many behavioral studies, yet a simple device for measuring basic parameters of larval activity has not been available. This protocol repurposes an instrument often used to measure adult activity, the TriKinetics Drosophila activity monitor (MB5 Multi-Beam Activity Monitor) to study larval activity. The instrument can monitor the movements of animals in 16 individual 8 cm glass assay tubes, using 17 infrared detection beams per tube. Logging software automatically saves data to a computer, recording parameters such as number of moves, times sensors were triggered, and animals&#8217; positions within the tubes. The data can then be analyzed to represent overall locomotion and/or position preference as well as other measurements. All data are easily accessible and compatible with basic graphing and data manipulation software. This protocol will discuss how to use the apparatus, how to operate the software and how to run a larval activity assay from start to finish.

Measurement of Larval Activity in the Drosophila Activity Monitor

This report describes a method for measuring Drosophila larval activity using the TriKinetics Drosophila Activity Monitor. The device employs infrared beams to detect movements of up to 16 individual animals. Data can be analyzed to represent motion parameters including rates and the positions of the animals within the assay chambers.

Misura della larvali attività nel<em&gt; Drosophila</em&gt; Activity Monitor

Drosophila larvae are used in many behavioral studies, yet a simple device for measuring basic parameters of larval activity has not been available. This ...

Biologia

Analysis of Circadian Photoresponses in Drosophila Using Locomotor Activity

Circadian rhythms are only beneficial to animals if they can be synchronized by changes of ambient conditions. Light and temperature are two dominant environmental parameters that synchronize animal circadian clocks. In Drosophila circadian photo-responses are mediated by a solely blue light photoreceptor named CRYPTOCHROME (CRY). Upon photoreception, CRY changes its conformation and initiates the proteosomal dependent degradation of TIMELESS (TIM). TIM is an important pacemaker protein, thus degradation of TIM will reset the circadian clock. Under constant light conditions (LL), wild type flies quickly become arrhythmic because of the constant degradation of TIM, while flies bearing defects with circadian photo-responses will still be rhythmic. Thus LL triggered arrhythmicity has been used for screening of components in circadian light input pathways. A brief short light pulse in the night can also dramatically shift phases of circadian rhythms. As expected, this phase shift response is reduced in flied with defects in circadian photoresponse. Thus analyzing locomotion behavior rhythmicity under LL or phase changes after short light pulse in constant darkness (DD) are two major methods to study circadian photoresponse. Here we describe how to design and analyze LL and phase response experiments. LL arrhythmicity is suitable for screening light input pathways mutants, whereas phase response validates the results and provide further information for light sensitivity.

Drosophila locomotor activity is a robust and quantitative measurement of circadian photo-responses. We describe protocols for designing behavior experiments for circadian photo-responses and analyzing the data. Studying the circadian photo-responses is important for dissecting the neuronal and molecular mechanisms of light entrainment.

Circadian rhythms are only beneficial to animals if they can be synchronized by changes of ambient conditions. Light and temperature are two dominant ...

Circadian Entrainment of Drosophila Melanogaster

Nearly universal among organisms, circadian rhythms coordinate biological activity to earth&#39;s orbit around the sun. To identify factors creating this rhythm and to understand the resulting outputs, entrainment of model organisms to defined circadian time-points is required. Here we detail a procedure to entrain many Drosophila to a defined circadian rhythm. Furthermore, we detail post-entrainment steps to prepare samples for immunofluorescence, nucleic acid, or protein extraction-based analysis.

Here, we detail how to synchronize Drosophila to a circadian day. This is the first, and most important step necessary for studying biological rhythms and chronobiology.

Ingresso circadiano della Drosophila Melanogaster

Nearly universal among organisms, circadian rhythms coordinate biological activity to earth&#39;s orbit around the sun. To identify factors creating this ...

Un metodo di calcolo per quantificare le attività circadiana volare

Riepilogo

Esplora Altri Video

Capitoli in questo video

Saggio attività locomotoria per studiare ritmi circadiani del sonno e parametri in Drosophila

Risposte di misura della luce circadiani e acuta nel topo, utilizzando attività ruota corsa

Misurazione quantitativa della risposta immunitaria e nel sonno

Determinazione del locomotore attività spontanea in

Un metodo a basso costo per l'analisi sequestro-come attività e il movimento in

Cella singola risoluzione fluorescenza Live Imaging di Drosophila orologi circadiani nel cervello larvale cultura

L'apparato che annulla il sonno: un metodo altamente efficiente per privare la drosophila del sonno

Misura della larvali attività nel

Analysis of Circadian Photoresponses in Drosophila Using Locomotor Activity

Ingresso circadiano della Drosophila Melanogaster