Bu yöntem, planlanan mikron ölçekli fenotileme teknikleri oluşturmak hızlı sorulara cevap olabilir. Mikro-BT tarama parçacıkları ve mısır vasküler demetleri için henotipik analiz yöntemi gibi. Bu tekniğin en büyük avantajı, örnek hazırlama, CT taraması ve protokollerin analizi ile mısır vasküler paketinin fenotipik özelliklerini araştırmak için yeni ve etkili yollar sağlamaktır.
Bu tekniğin etkileri sıradan mikro-CT tarama ve diğer bitki bilimleri uygulamalarını genişletir. Bu protokol kolayca kurutma prosedürü dehidratasyon gibi diğer bitki malzemeleri, karşılamak için değiştirilebilir. Başlamak için, kök, yaprak ve kök taze mısır bitkilerden toplamak.
Ve onları üç örnek gruba ayırın. Daha sonra, orta kök internod bir ila 1,5 santimetre lik bir segment kesmek için bir cerrahi bıçak kullanın. Aynı cerrahi bıçağı kullanarak, ana damar ile dikey yönde yaprağın maksimum genişliğinden 1/2 ila iki santimetrelik bir segment kesti.
Zemin kökünden 1/2 santimetrelik bir segment kesmek için cerrahi bıçağı kullanın. Bundan sonra, örnek segmentleri FAA çözeltisinde en az üç gün bekletin. Altı sıralı etanol gradyanlarda 30 dakika boyunca örnek segmentleri dehydrate.
Daha sonra bitki malzemelerini ilgili numune sepetlerine yerleştirin. Sepetleri hızlı bir şekilde karbondioksit kritik nokta kurutma sisteminin örnek hücresine aktarın. Kurutulmuş bitki malzemelerini iki gram katı iyot içeren 50 mililitrelik bir santrifüj tüpüne yerleştirin.
Daha sonra tüpleri 4-5 saat boyunca ışık geçirmez bir odaya yerleştirin. İlk olarak, CT tarama parametrelerini metin protokolüne göre ayarlayın. Daha sonra, kullanılan bitki malzemelerinin farklı boyut ve hacimlerine göre tarama aralıkları ayarlayın.
Ardından, görüntüleme pikselboyutlarını aşağıdaki gibi ayarlayın:Kök için iki mikrometre. Gövde için 6.77 mikrometre. Ve yaprak için 10 mikrometre.
Dilim görüntülerini yeniden oluşturmak için, ham CT verilerini 2K çözünürlükle CT dilim görüntülerine dönüştürmek için görüntü oluşturma yazılımı kullanın. İlk olarak, otomatik görüntüleme yazılımında farklı algoritma ardışık lıklarını başlatmayı sağlamak için organ türünü belirtin. Ardından, yöntem parametreleri düğmesini tıklatın ve ilk açılır kutuda mısır sapı veya mısır yaprağı seçin.
Veri yönetimi düğmesini tıklatın, çalışma dizini ayarlayın ve dizindeki tüm dilim görüntülerini içe aktarın. Ardından, görüntü ardışık hatlarına tek veya çok dilimli görüntüler seçin. Ardından, görüntünün piksel boyutunu belirleyin.
Yöntem parametreleri düğmesini seçin ve uygun edit öğesine görüntünün piksel boyutunu girin. Bundan sonra, seçilen dilim görüntülerinin tümü için vasküler demetlerin fenotipik özelliklerini otomatik olarak ayıklamak için fenotilik hesaplama düğmesini tıklatın. Bu analizlerin sonuçlarını metin veya CSV dosyası olarak çıktılamak için istatistiksel analiz düğmesini tıklatın.
Mısır köklerinin yeniden oluşturulmuş görüntülerini içe aktarın ve doğru alan parametrelerini belirleyin. Ardından görüntüleri düzeltmek ve görüntü kalitesini artırmak için özyinelemeli gaussian aracını kullanın. Metaksim damarlarının 3Boyutlu segmentasyonunu gerçekleştirmek için eşik parametrelerini ayarlayın.
Bu bağlı her metaxylem gemi için tek tip bir renk etiketi oluşturacaktır. Daha sonra, morfolojibit yönünde kullanarak metaxilem kapları geliştirin ve tanımlayın ve sel doldurma işlemleri. Daha sonra, bir hacim görselleştirme ve damarların yüzey rekonstrüksiyonu gerçekleştirin.
Son olarak, 2B ve 3B seviyelerde bir geminin henotibik özelliklerini saymak ve ölçmek için maske istatistik aracını kullanın. Protokolde özetlenen analiz kullanılarak, mısır sapları, yaprakları ve köklerivasküler demetlerin henotibik özellikleri hesaplandı. Segmentasyon, yeniden yapılanma ve hacim görselleştirme sonuçları kullanılarak kök ve metaksim damarlarının oluşturulan 3Boyutlu görselleştirmesi oluşturuldu.
Uygun numune hazırlama protokolü, mısır sapı, yaprak ve kök için mikro-BT tarama kalitesini önemli ölçüde artırır. Mısır kökü ve yaprak için vasküler demetlerin fenotipik özelliklerini hızla çıkarmak için otomatik yayılan boru hattı ile. Ve kurulum ve mısır kökü için vasküler demetleri 3D phenotipic özelliklerini analiz etmek için işleme tarar.
Bu teknik, doğru ve hızlı henotypik kalifikasyon ve mısır vasküler demetleri belirlenmesi için pratik bir yol sağlar.
