Bu eser US Geological Survey'nın ekosistemler (Chesapeake Körfezi ortamları ve balıkçılık) ve çevre sağlığı (kirletici biyoloji) programları ve West Virginia Bölümü Tabii Kaynaklar tarafından finanse edildi. Ticari adlar yalnızca tanımlama amacıyla kullanılır ve ABD hükümeti tarafından onaylandığı anlamına gelmez.

Yöntem tanımlamak burada Leetown Bilim Merkezi'nin kurumsal hayvan bakım ve kullanım Komitesi tarafından onaylanmış olması.
1. balık koleksiyonu
<ol><li>Canlı balık stres minimum toplamak. Tekne ya da sırt electrofishing, kanca ve çizgi veya ağları kullanın.</li>
	<li>Balık canlı kuyu veya gazlı kapsayıcılar örnekleme kadar tutun. Not: Amerikan balıkçılık Derneği balık toplama, işleme ve anestezi/ötenazi26,27,28için kılavuzları bir dizi yayınladı. Balık tutarken eldiven.</li>
</ol>2. balık Nekropsi
<ol><li>
Bir balık ötenazi.
	<ol>
<li>Balık anestezi opercular hareketi sona erer ve balık denge kaybeder kadar koyun. Başka bir 2 – 10 dk sonra balık euthanized; Ancak, bu aynı zamanda türün farklı olabilir. Not: Balık anestezi (en yaygın olarak kullanılan Malzemeler tablo için bakınız) bir dizi euthanized. Ötenazi yöntemi dokular toplanan29tarihinde yapılan laboratuar ölçümleri bağlı olacaktır.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Biyometrik özelliklerini ölçmek.
	<ol>
<li>Balık için en yakın gram ağırlığında.</li>
		<li>En yakın milimetre için balık uzunluğu ölçmek.<ol>
<li>Ölçü birimi ile ağız burun toplam uzunluğu ucundan kuyruk araya sıkışmak sonuna kadar kapalı.</li>
			<li>Çatal uzunluğu çatal kuyruk üzerinden ucu burun ve (kuyruk başlangıç) vücudun burun ucunu Standart boy ölçer.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Koşul faktörü aşağıdaki formülü kullanarak hesaplar: Koşul faktörü (toplam vücut ağırlığı - erbezi ağırlık) = / toplam uzunluğu3. Not: gonads toplam vücut ağırlığının, özellikle prespawn kadın balık önemli ölçüde katkıda bulunabileceği beri erbezi ağırlık toplam vücut ağırlığı çıkarılır.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Bir kan örneği almak. Not: Kan çoğunlukla kaudal damar alınır ama ayrıca dorsal aort geri çekilebilir veya kalp tarafından30ponksiyon.<ol>
<li>Periferik kan örneği kaudal ven balığın büyüklüğüne bağlı olarak 1-5 mL şırınga üzerinde 22 veya 23 G iğne ile ayıklayın. Kaudal alanının altında sonradan içini kaplamak (Şekil 1A ve 1B) anterior iğne yerleştirin. Omurga isabet kadar yukarı doğru açı ve biraz geri çekilin. Ven örten omurga tahliyeleri. Not: kan smear yapılacak veya serum gereklidir yok antikoagülan kullanılır. Çoğu durumda, plazma toplanacak ve, dolayısıyla, sodyum heparin, EDTA veya lityum gibi bir antikoagülan iğne ve şırınga kat için kullanılan ve aynı zamanda kan toplama tüp (Örneğin, tüp).</li>
		<li>İğneyi çıkarın ve kan toplama tüp içine koyarak önce bir "Sharps" elden çıkarma kaba yerleştirin. Not: Kan buza tutulamaz ancak sonraki analizlere bağlı olarak en kısa zamanda mümkün30centrifuged.</li>
		<li>Hemen nükleer anormallikler ya da fark kan sayımı hesaplandığından, bir damla kan yinelenen temiz cam mikroskop slaytlar üzerine koyun. Sonra yüzeyi boyunca kılcal eylem tarafından çizilir açılan ikinci bir slayt 45 ° açıyla geri. 31kurumasını sağlar.</li>
		<li>1500-2500 x g tortu için 15 dk için de kan hücreleri santrifüj kapasitesi. Plazma/serum ile steril transfer damlalıklı, kriyojenik tüpleri aliquot çıkarın ve-80 ° C'de saklayın</li>
	</ol>
</li>
</ol><img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57946/57946fig1.jpg"> Resim 1 : Kan örneği bir balık alma. (A) son zamanlarda euthanized A balık koydu yan ve bulunan sonradan içini kaplamak. (B) A iğne iğne omurga dokunuyor kadar yukarı doğru açılı çizgi (ok), yatay eklenen ventral var. Bu o zaman biraz içine kapanık ve emme kan geri çekilmeye başlattı. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/57946/57946fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<ol start="4"><li>
Her balık üzerinde Nekropsi tabanlı sağlık değerlendirme kuralları. Not: Kullanılabilir32,33,34,35gösteren ve lezyonlar ve anormallikler açıklayan yayınlar vardır.<ol>
<li>Vücut yüzeyi ve palet (resim 2), gözleri ve solungaçları (Şekil 3), dış parazit sülük (Şekil 2B), larvalar veya trematode metacercarial kistleri (Şekil 2B, gibi lezyonlar da dahil olmak üzere belge dış anormallikler 3B) ve gill parazitler (şekil 3D). Türünü, konumunu ve boyutunu veri sayfalarındaki gözlenen anormallikler de gibi fotografik, mümkünse belge.</li>
		<li>Anal alanından operculum için kesme ve kas flep kaldırma iç organlar ortaya çıkarmak için bir makas kullanarak karın boşluğu (Şekil 4A) açın. Not: ön böbrek toplanan Eğer bağışıklık için (bkz. Adım 5 aşağıda) işlev veya Bakteriyolojinin veya Viroloji için toplanan örnekleri, dış vücudun % 70 alkol ile dezenfekte ve bu örnekleri Nekropsi gerçekleştirilmesi için önce alınmalıdır. Dokularda sadece görsel gözlemler, plazma analizleri ve histopatoloji steril için kullanılıyorsa, teknik gerekli değildir.</li>
		<li>Genel veya fokal lekeler çeşitli organların (Şekil 4B-4D), varlığı da dahil olmak üzere belge iç anormallikler (Şekil 4) kaldırdı alanları (Şekil 4E), kistler, parazitler ve boyutu anormallikler) genişlemiş, körelmiş).</li>
	</ol>
</li>
</ol><img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57946/57946fig2.jpg"> Resim 2 : Örnek görünür lezyonlar olarak gözlenen vücut yüzeyi ve balıkların yüzgeçleri. (A) A küçük, biraz aşınmış lezyon (ok) yanal vücut yüzeyi. (B) A büyük kızarmış alan (ok) kaudal vücudun ilgili. (C) yükseltilmiş, vücut yüzeyi ve paletler üzerinde siyah lezyonlar (oklar). (D) sülükler (beyaz ok) ve küçük siyah noktalar (siyah oklar) fin. Ölçek çubuğu = kaldırdı, 3 mm. (E) bir multilobed, soluk lezyon (ok) vücut yüzeyi. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/57946/57946fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57946/57946fig3.jpg"> Şekil 3 : Görünür lezyonlar solungaçları ve balık gözünde örnekleri. (A)A soluk alan (ok) göz lens içinde. Ölçek çubuğu 5 mm. (B) = beyaz kistler (beyaz ok) ve küçük siyah noktalar (siyah oklar) solungaçları (a) kapsayan operculum üzerinde trematode parazitlerin neden olduğu. Ölçek çubuğu 1 cm. (C) A soluk, aşınmış alan (ok) üzerinde gill (a) =. Ölçek çubuğu 5 mm bir solungaç parazitleri (oklar) gösterilen kaldırıldı bağlı gill filamentler. (D) =. Ölçek çubuğu 2 mm. = <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/57946/57946fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57946/57946fig4.jpg"> Şekil 4: Örnekler bir Nekropsi ve balık iç anormallikler. (A)bir Nekropsi sırasında balık (beyaz ok) ikiye ayıracağım ve kas (siyah ok) bir kapak kaldırıldı erbezi (a) ve forseps ve makas tarafından tutulan dalak, ortaya çıkarmak için. (B) benekli karaciğer (a), testis (b), bağırsak yağ yağ (c) ve mide (d) tarafından çevrili. Ölçek çubuğu 5 mm. (C) = (a) koyu kırmızı bir alan (ok), yumurtalık (b) ve (c) bağırsak ile karaciğer. Ölçek çubuğu 5 mm. (D) = karaciğer yeşilimsi renksiz alanları (oklar). Ölçek çubuğu 1 cm. (E) = örnek (a) normal ve anormal (b) testis ile nodüller ortaya çıkar. Ölçek çubuğu 1 cm. = <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/57946/57946fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<ol start="5"><li>
Hepatosomatic dizini (HSI) elde edilir.
	<ol>
<li>Karaciğer hepatik arter ve ön uç bağ dokusu kesilmesinin kaldırın. Yavaşça ise düzeltme yapışıklıklar ve diğer bağlantılar bağırsak ve yağ yağ dışarı kaldırın. Safra kesesi ponksiyon değil için dikkat ediniz. Karaciğer tartın. Not: Bir ayrık karaciğer ama oldukça karaciğer doku bağırsak ve diğer organları sarmış gibi cyprinids, bazı balık yok. Bu türler için karaciğer ağırlıkları almak mümkün olmayabilir.</li>
		<li>Hepatosomatic Endeksi (HSI) formül kullanılarak hesaplanır: HSI karaciğer ağırlığı/toplam vücut ağırlığı =</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Gonadosomatic endeksi hesaplanır.
	<ol>
<li>Gonads kaldırmak ve tartmak.</li>
		<li>Gonadosomatic Endeksi (GSI) formül kullanılarak hesaplanır: GSI erbezi ağırlık/toplam vücut ağırlığı =</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. korumak doku mikroskobik patoloji
Not: Fiksajlar % 10 tarafsız tampon formalin ve Z-fix, çinko, formalin tabanlı sabitleştirici dahil olmak üzere bir dizi alanında doku korunması için kullanılabilir. İkinci in situ hibridizasyon veya floresan antikor boyama gibi yöntemler kullanılabilir olduğunda tercih edilir.
<ol><li>Dikkatle kesip ama doku örnekleri çekmeyin. Bireysel doku parçaları tutmak < 2 cm boyutunda ve < 5 mm için uygun fiksasyon kalın. Pratik bir kural olarak, yaklaşık 10 x daha fazla sabitleştirici doku daha hacim için uygun koruma kullanın. Bütün doku örneklerinde bir balık balık örneklenmiş büyüklüğüne bağlı olarak uygun büyüklükte aynı sızıntı geçirmez konteyner yerleştirin.</li>
	<li>Dış anormallikleri parçalarını sabitleştirici kapsayıcısına getirin. Ayrıca, normal doku bitişik bir parçası içerir. Not: Uygun olmayan sıkıştırma veya diğer mekanik hasar, hava veya güneş ışığı, uzun pozlama gibi işleme ve buz gibi eserler neden olabilir.</li>
	<li>Çeşitli bölgelerden karaciğer en az beş 3-4 mm kalınlığında parçalar kesip sabitleştirici konteyner içine yerleştirin. Gözlenen normal ve anormal alanları içerir.</li>
	<li>Boyutuna bağlı olarak, tüm erbezi veya çoklu parçaları boyunca bir erbezi sabitleştirici konteyner içine yerleştirin.</li>
	<li>Bütün organlar, Eğer küçük veya diğer tüm organları (dalak, anterior ve posteiror böbrek, solungaçları, kalp, bağırsak ve mide) parçalarını sabitleştirici kapsayıcısına getirin. Anormal doku gözlem yapılırsa, normal doku de bitişik bir parçası korumak.</li>
</ol>4. Otoliths yaş analizleri için Kaldır
Not: Yaş Balık hastalık/balık sağlığı çalışmalarında önemli bir değişken olabilir. Yapıları, ölçekler ve omurgalar, dahil olmak üzere bir dizi yaş tayini için kullanılan, en çalışmaları yapıları karşılaştırarak en iyi sonuçlar36,37vermek otoliths bulduk. Otoliths - lapillus, sagitta ve asteriscus üç çift teleost balıklar var. Genel olarak, her ne kadar bu tür tarafından değişebilir sagittal veya lapillus otoliths yaşlanma için toplanır. Kaldırma ve yaşlanma teknikleri yukarıda açıklanan38olmuştur.
<ol><li>Gill Kıstağı kesmek ve başından geri bükün. Şerit uzak bağ ve kas dokusu prootic büller, yükseltilmiş kemikli alan bulmak için neurocranium alt bölümlerini çevresinde.</li>
	<li>Puan veya kemik bıçakları kesme ve otoliths ortaya çıkarmak için çatlamak. Onlar çıplak gözle görülebilir.</li>
	<li>Otoliths etiketli bir şişe ya da bir bozuk para zarfı ve mağaza oda sıcaklığında için yaş halkaları veya artışlarla38sayarak analiz kadar yerleştirin. Bir şişede yerleştirerek bir kez laboratuvar için döndürülen kap açıp iyice izin depolama önce kuru.</li>
</ol><img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57946/57946fig5.jpg"> Şekil 5 : Otoliths kaldırılması. (A)Kıstağı kesilir ve kas ve bağ dokusu çekti uzakta Bankası omurga ve neurospinal alanının ortaya çıkarmak için. (B) kemik otoliths ortaya çıkarmak için çatlamış. (C) Lapillar otoliths kaldırılır. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/57946/57946fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
5. bağışıklık fonksiyonu deneyleri için doku edinin
Not: Ön böbrek büyük hematopoetik organ, lenfositler ve makrofajlar fonksiyonel deneyleri için kaynak ve hücreleri mitogenesis, fagositik ve öldürme yeteneği gibi fonksiyonel deneyleri için kültürlü aseptik kaldırılmalıdır makrofajlar39,40.
<ol><li>Balık dış yüzeyinin % 70 etanol ile sprey. Steril makas, bir neşter ve forseps karın boşluğu açık ve koyu kırmızı organ yüzmek mesane anterior bulunan ön böbrek doku kaldırmak için kullanın.</li>
	<li>Anterior böbrek örnek medya (Örneğin, iyi'nın L-15 hücreleri canlı tutmak için) yerleştirin. Böbrek örnekleri steril el doku Öğütücü (Örneğin, Tenbroeck doku değirmeni) ile tek hücre süspansiyonlar lunaparkçı. Laboratuvara geri döndü kadar ıslak buz üzerinde tutun.</li>
</ol>6. korumak doku nükleik asit analizleri için
Not: karşıdan akış moleküler analiz, transkript bereket41 veya kantitatif PCR42 (polimeraz zincir reaksiyonu), kullanarak gen ekspresyonu gibi yapılacaktır, uygun bir koruyucu ( değerlendirilmesi için doku parçaları koyun Örneğin, RNAlater sabitleme çözüm) en kısa zamanda.
<ol><li>RNA korunması için uygun koruyucu doku koruyucu birime 10:1 oranında, iki ya da üç küçük (2-3 mm) adet koyun. Not: Örnekleri güneş ışığı ya da aşırı ısı korumalı ve ıslak buz üzerinde taşınan gerekir.</li>
	<li>DNA korunması için % 95 etanol (10:1 etanol doku birime göre) iki ya da üç doku parçaları yerleştirin. Örnekleri ıslak buz üzerinde tutun ve sonra-20 ° C'de depolayın</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Balık sağlığı Nekropsi tabanlı değerlendirilmesi araştırmacı hem dış hem de iç yapıları normal görünüm bir anlayış olduğu herhangi bir balık türleri kullanılabilir. Standart bir yaklaşım kullanarak siteleri ve türlerin yanı sıra bir nüfusa mevsimlik ve temporal değişimler arasında karşılaştırmalar için izin verir. Bulgular noktası ve çökelmesi kirletici kaynakları ile ilişkili efektleri tanımlamak ve yönetim eylemler bilgilendirmek için kullanılabilir. Yönetimi eylemleri başlatılan bir kez iyileştirmeler izlemek için de kullanılabilir. Metodoloji çeşitli şekillerde görsel dış anormallikleri belgelerine ek olarak değiştirilebilir. Sadece görsel gözlem, dayalı değerlendirmeler,-ebilmek var olmak öldürücü olmayan, nispeten ucuz ve verileri hızlı bir şekilde çok sayıda bireyler için oluşturulabilir. Sonuç olarak, onlar değişikliği izlemek için keşif veya ilk değerlendirmeler için yararlı olabilir zaman içinde veya diğer göstergeler ile birlikte. Uzunluk ve ağırlık balık görsel gözlemler sırasında ölçülür Eğer koşul faktörü de hesaplanabilir. Her ne kadar değerlendirmeler yalnızca görsel gözlem dayalı bilgileri neden veya ilişkili risk faktörleri, uzun vadeli eğilimleri bazı cilt anormallikler45 vermeyin ve biyometrik parametreler46 bazı alanlarda iyileştirme belirtilmiştir var su kalite geliştirmeleri ile ilişkili.
Nekropsi-tabanlı değerlendirmesi iç organlar da incelenir ve diğer koşul ve faktörler gibi hepatosomatic Dizin gonadosomatic dizin hesaplanan daha fazla bilgi sağlar. Goede ve Barton22 dahil kan parametreleri, biyometrik faktörler, anormallikler ve dizin değerlerini belirli bozuklukları yüzdesi bir alan Nekropsi yöntemi geliştirdi. Bir arıtma yönteminin önem derecesi hesaplama olabilir bir sağlık değerlendirmesi Dizin istatistiksel olarak23karşılaştırıldığında için izin bazı değişkenler dahil. Bu sağlık değerlendirmesi Dizin plazma ve histopatolojik analizleri dahil olmak üzere ABD Jeolojik diğer biyolojik göstergeler ile bölgesel sitesi karşılaştırmalar23,47,48 ve birlikte kullanılmıştır Anket en Biomonitoring çevresel durumu ve eğilimleri geçen madde pozlama büyük nehirler ülke çapında49,50,51olası etkilerini değerlendirme programı. Bir balık hastalık Dizin dışarıdan görünür hastalıkları üzerinde temel ve parazitler, görünür karaciğer neoplazmlar ve diğer histopathologically karaciğer lezyonlar geliştirilmiş ve Kuzey Denizi, Baltık Denizi ve İzlanda kapalı yoğun kullanılan algılandı. Bu dizin bir ekosistem sağlık göstergesi52olarak önemli bir araç bulundu.
Balık üzerinde Nekropsi tabanlı değerlendirme yürütülmesinde bazı önemli faktörler vardır. İlk olarak, değerlendirmeler üzerinde balık ölümünden hemen sonra yapılmalıdır. Organ renk ve tutarlılık değişiklikler oldukça hızla ölümünden sonra ortaya çıkabilir. Ayrıca, bazı parazitler ana yakında ölümünden sonra gidebilirsiniz. İkinci olarak, faiz türler için normal olan ne bilmek önemlidir. Örneğin, bazı balık normal yağ var ve çoğu türler için soluk bir karaciğer anormal olacağını da sonuç olarak, karaciğer, soluk. Doğal olarak mevsimsel değişiklikler tanımak önemlidir. Biraz balık renk değişiklikleri veya üreme tubercles yumurtlama mevsiminde geliştirmek.
Balık sağlık değerlendirmesi için bir yöntem olarak Nekropsi tabanlı değerlendirme sınırlamaları belirli lezyonlar "Neden" 1) sürekli olarak tanımlayıp 2) çıplak gözle görünür olmayabilir etkileri tanımlamak için yetersizlik dahil. Bu sakıncaları histopatoloji, moleküler ve kültürel kimlik patojenler ve parazitler ve Gen ifadesinin eklenmesi ile aşılabilir. Örneğin, bir "tümör" veya yükseltilmiş lezyon (şişme) gerçek neoplazi olabilir veya bir parazit, iltihap, ödem olabilir veya hiperplazi (normal hücrelerin sayısındaki artış), kimyasal pozlama, enfeksiyöz ajanlar veya diğer tahriş edici tarafından neden oldu. Temsilcisi sonuçlarında görüldüğü gibi kesin tümör veya neoplazi tanı mikroskobik patoloji (Yani, iyi huylu veya kötü huylu) önem ve lezyon türünü tanımlamak için gerekir. Beyaz enayi dış "tümör" görsel gözlem tarafından değerlendirilmesi özellikle referans sitesi de yaygınlık fazla hesaplamış. Çoğu kabarik lezyonlar değil neoplazmlar ama oldukça hyperplastic lezyonlar içindeydi. Şu anda bu hyperplastic lezyonlar önceden neoplastik olup bilinmemektedir. Diğer taraftan, karaciğerde yükseltilmiş nodüller gözlenmesi önemli ölçüde karaciğer neoplazmlar yaygınlığı hafife almışım. Bu nedenle, doku mikroskobik patoloji için topluluğu yeterince geçerliliği için potansiyel gidermek gerekli oldu.

İnsan faaliyetleri su ortamlarında çok sayıda olumsuz etkileri vardır. Balık insan nüfusu içinde yeniden oluşturur ve genellikle içme suyu kaynağı olarak kullanan çeşitli su organları yaşamaktadır ve bu nedenle su ortamında sağlığı önemli göstergeler vardır. Yaşayan ve belirli bir yaşam alanı içinde yeniden vahşi balık patojenler, parazitler, kötü su kalitesi ve kimyasal kirleticiler de dahil olmak üzere çeşitli stresler için hayatları boyunca maruz kalır. Binlerce kimyasal Atıksu Sanayi ve insan, Suburban'ı / kentsel yağmursuyu ve tarım ikinci tur bizim su yolları girin. Bu karmaşık karışımlar kimyasal katkı maddesi, sinerjik olabilir veya üzerindeki antagonistik etkileri organizmalar1,2,3maruz. Buna ek olarak, diğer çevresel stres gibi yüksek besin, yüksek sıcaklık, düşük çözünmüş oksijen veya dalgalanan pH kimyasal kirleticiler4,5etkileri şiddetlendirmek. Çevresel stres de doğrudan enfeksiyöz ajanlar6artırıldığında, fırsatçı patojenler7 virülans artan veya baskılayarak bağışıklık yanıtı ve hastalık bulaşıcı hastalık sonuçları etkileyebilir direnç ana bilgisayar8,9,10. Bu nedenlerden dolayı orada balık ve tanımlamak için diğer Sucul organizmalar kullanan11,12,13,14, izleme biyolojik ya da olumsuz etkileri ilgi artıyor Nüfus ve ekosistemler risk altında.
Yan etkileri izleme kuruluşu, organizma hücre altı veya moleküler, nüfus etkisi ve çeşitli stresler maruz göstergesidir sublethal etkileri tanımlamak için çeşitli düzeylerde biyolojik kullanır. Göstergeler organizma düzeyinde görünür anomalileri ve koşulları içerir. Uzunluk ve ağırlık temel koşul endeksleri su kuyusu-varlık veya fitness balık örneğin alınma olasılığını değerlendirmek için hesaplanır. Fulton'ın durumu faktörler (K) en yaygın olduğunu = (ağırlık/uzunluk3) 15. Bir başka göstergesi görünür anomalileri varlığıdır. Çeşitli yöntemler kullanılmıştır bireysel çalışmalar ve izleme programları, belge, değerlendirmek ve görünür anomalileri değerlendirmek. Yalnızca dış anormallikler, Yani, oran olan hastalık, fin hasar, tümörler ve iskelet anomalileri, bireylerin temel değerlendirme toplum sağlık16değerlendirir biyotik bütünlüğü (IBI) dizin ölçülerini biridir. Benzer bir değerlendirme DELTs (deformiteleri, erozyonlar, lezyonlar, tümör) olarak adlandırdığı da balık topluluklar17sistem durumunu değerlendirmek için kullanılmıştır. Ancak, bu yöntemler sadece dış görsel anormallikler ve değil iç lezyonlar veya erken sublethal göstergeleri değerlendirmek.
Nekropsi temelli değerlendirmeler iç ve dış gözlem içerir ve ek koşul endeksleri ölçüm için izin verir. Hepatosomatic dizin (karaciğer ağırlığı/toplam vücut ağırlığı) ayrıca fitness bir göstergesi olarak kullanılan veya kendisi için sağlıklı balık daha yüksek dizin değeri gösterir15 enerji hakkını saklı tutar. Ancak, çalışmalar bir dizi hipertrofisi veya karaciğer boyutunda bir artış çeşitli kirleticiler karaciğer18,19,20tarafından metabolize maruz nedeniyle oluştuğunu göstermiştir. Bu durumda daha yüksek dizin belirli kimyasal sınıfları maruz göstergesi olurdu. Gonadosomatic dizin (erbezi ağırlık/toplam vücut ağırlığı) doğru üreme sağlığı21yönetmen başka bir koşul dizinidir. Nekropsi-esaslı değerlendirme sırasında yapılan gözlemleri bireysel lezyon tipleri yaygınlığı veya normal bireylerin yüzde karşılaştırmak için kullanılabilir. Ancak, onlar da bir daha nicel sağlık değerlendirmesi22,23' te kullanılabilir.
Burada açıklanan standart Nekropsi tabanlı değerlendirmesi cevaplanması gereken soru (lar), uzmanlık ve diğer kaynaklara bağlı olarak birden çok yolu fena halde görünür değerlendirme çoğaltmak için kullanılabilir. Bizim rutin yaklaşımdır biyometrik verilerini (uzunluk, ağırlık, karaciğer ağırlığı, erbezi ağırlık) toplamak, plazma/serum analizleri, belge iç ve dış görünür anomalileri, mikroskopik analizler için organ parçalarını korumak ve otoliths için toplamak için kan için Yaş analizleri. Nekropsi-temelli değerlendirme artı yaş Analizi ve çeşitli organlarının histopatoloji sağlar hesaplama ve karşılaştırma çeşitli durum endeksi, görünür anomalileri gibi mikroskobik doku değişiklikleri, yaygınlığı için cinsiyet, yaş, site ve örnekleme döneminden. Ek doku koleksiyonları elektron mikroskobu, Bakteriyolojinin, Viroloji, Parazitoloji ve kimyasal konsantrasyonu da dahil olmak üzere birçok diğer analizler için yapılabilir. Bu yöntemler de daha fazla derinlemesine analizleri balık öldürür24 nedeninin tanılamak için kullanılan bir parçası olabilir veya esir Scotlan balıklar25. İki ek değerlendirmeler, gen ekspresyonu ve fonksiyonel bağışıklık analizleri için doku topluluğu için yöntemleri gösterilmiştir.

<table><tbody><tr><td>Folding tables</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Folding chairs</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Dissecting boards</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Measuring board (mm)</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Battery powered scale (g) for fish weight</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Battery powered scale (mg) for organ weights</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Dissecting forceps</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bone cutters</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Scalpel and blades</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Disposable gloves</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Buckets</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Leak-proof Nalgene bottles (250 mL)</td><td>ThermoFischer Scientific</td><td>02-924-5C</td><td></td></tr><tr><td>Vacutainer tubes with sodium heparin</td><td>ThermoFischer Scientific</td><td>02-689-6</td><td>For blood collection</td></tr><tr><td>Disposable&amp;nbsp; 3 mL syringes with 23 G needle</td><td>ThermoFischer Scientific</td><td>14-826-11</td><td></td></tr><tr><td>1 &amp;ndash; 2 mL cryovials</td><td>Any</td><td></td><td>Used for plasma and RNAlater samples</td></tr><tr><td>Invitrogen RNAlater Stabilization solution</td><td>ThermoFischer Scientific</td><td>AM7021</td><td></td></tr><tr><td>Z-Fix Formaldehyde Zinc fixative</td><td>Anatech LTD</td><td>SKU-174</td><td></td></tr><tr><td>Tricaine-S (MS-222)</td><td>Syndel USA</td><td></td><td>fish anesthetic</td></tr><tr><td>Coin Envelopes</td><td>Any</td><td></td><td>for otoliths</td></tr><tr><td>Pencils and pens</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>70% alcohol</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Data sheets</td><td>Any</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

necropsy-based wild fish health assessment

Artan besin ve kimyasal kirleticiler, antropojenik etkilerden habitat değişiklikler ve iklim değişikliği, balık nüfus üzerinde önemli etkileri olabilir. Yan etkileri kontrolü, organizma gelen biyolojik moleküler seviyesine kullanan balıklar ve diğer organizmalar üzerindeki toplu etkilerini değerlendirmek için kullanılabilir. Balık sağlığı sucul ekosistem sağlığı bir göstergesi olarak tüm dünyada kullanılmaktadır. Nekropsi-esaslı balık sağlık değerlendirmesi üzerinde görünür anormallikler ve lezyonlar, parazitler, koşul ve organosomatic Endeksi verileri sağlar. Bu site, sezon ve seks, yanı sıra geçici, zaman içindeki belge değişimi için karşılaştırılabilir. Önem dereceleri için çeşitli gözlemler bir balık sağlık dizin daha fazla nicel değerlendirmesi için hesaplamak için atanabilir. Bir Nekropsi tabanlı değerlendirme görsel gözlemler ve doku ve hücre altı biyolojik sublethal efektler için duyarlı değildir durum faktörleri dayandığını dezavantajıdır. Ayrıca, nedenleri veya risk gözlenen anormallikler ile ilişkili faktörleri belirlemek nadiren mümkündür. Örneğin, yükseltilmiş lezyon veya palet, dudak veya vücut yüzeyi tarih "tümör" bir neoplazma olabilir. Ancak, bu da bir parazit, kronik inflamasyon veya Yanıt tahriş edici olarak normal hücre hiperplazisi yanıt olabilir. Diğer taraftan, neoplazmlar, bazı parazitler, diğer bulaşıcı ve birçok doku değişiklikleri görünür değildir ve çok hafife. Ancak, Nekropsi dayalı değerlendirme, kan (plazma), dokular için histopatoloji (mikroskobik patoloji) sırasında genomik ve diğer moleküler analizleri ve otoliths yaşlanma için toplanabilir. Jeo uzamsal analizleri, habitat değerlendirmeler, birlikte bu aşağı akım analizleri, su kalitesi ve kirletici analizler tüm kapsamlı ekosistem değerlendirme içinde önemli olabilir.

Büyük Göller alanları endişe (AOC) çeşitli yararlı kullanım bozuklukları nedeniyle belirlenen coğrafi alanlardır. Birçok AOC, faydalı kullanım bozuklukları (BUIS) balık tümör ya da diğer deformiteleri biridir. Çeşitli BUIS ve sonuçta AOC43delist için düzeltme ve bu alanların her biri restorasyonu için milyonlarca dolar harcandı. (Bkz. epa.ohio.gov/portals/35/lakeerie/ohio_AOC_delisting_guidance.pdf ve dnr.wi.gov/topic/GreatLakes/documents/SheboyganRiverFinalReport2008.pdf); BUI eyaletten eyalete farklı balık tümör geçerliliği için ölçütleri Ancak, delisting belgelerinde belirtildiği gibi karaciğer tümörleri ve bazı durumlarda deri tümörleri yaygınlık belirlemek için bir gereklilik yoktur. Çoğu durumda, bir sigara-AOC başvuru siteye yaygınlık karşılaştırılır.
Balık tümör BUI üç AOCs (St. Louis Nehri, Milwaukee nehir ve Sheboygan nehir) ve bir sigara-AOC referans sitesi (Kewaunee Nehri) göller üstün ve Michigan, Nekropsi temelli bir değerlendirme beyaz piç (Catostomus commersonii kullanan değerlendirildi ), deri ve karaciğer doku mikroskobik patoloji ardından. 2012 ve 201344 Milwaukee, Sheboygan ve Kewaunee nehirlerdeki ve 2015 (yayınlanmamış veri) St. Louis Nehirde balık toplanmıştır. İki yüz beyaz piç Milwaukee, Kewaunee ve St. Louis ve Sheboygan 193 değerlendirildi.
Genellikle anormal hücrelerle dokusunun anormal bir büyüme nedeniyle bir şişlik selim veya habis Neoplazma olduğu düşünülmektedir ne kadar tanım olarak, herhangi bir şişlik veya yükseltilmiş alan bir tümör olabilir. Beyaz enayi tüm sitelerden toplanan dış kabarik lezyonlar küçük, ayrı beyaz noktalar, büyük beyaz alanlar, hafifçe yükseltilmiş mukoid lezyonlar ve vücut yüzeyi ve dudaklar (Şekil 6) multilobed yükseltilmiş alanları da dahil olmak üzere çeşitli sergiledi. Balık tartılır ve bir koşul faktörü elde etmek için ölçülen, dış ve iç anormallikler belgelenmiştir ve deri ve karaciğer dokusu histopatoloji için toplanmıştır.
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57946/57946fig6.jpg"> Şekil 6 : Yükseltilmiş deri lezyonları gözlenen üzerinde büyük göller üzerinden beyaz enayi. (A) bir ayrık beyaz leke vücudun. Ölçek çubuğu 5 mm biraz kaldırdı. (B) A mukoid (oklar) ve posterior vücut yüzeyi multilobed lezyonlar (a) =. Ölçek çubuğu 1 cm. (C) A büyük, multilobed lezyon vücudun =. Ölçek çubuğu 1 cm. (D) = çok sayıda çok loblu lezyonlar dudaktan. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/57946/57946fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Dış tümörleri ile balık yüzdesi veya yükseltilmiş %58.0 Milwaukee AOC, St. Louis AOC 15,5 oranında değişiyordu alanları renksiz. Multilobed dudak ve vücut yüzey lezyonlar en yaygın genel olarak, ayrık beyaz noktalar az ortak görsel lezyon bulunmuştur. Milwaukee (Tablo 1), %2,5 1.5 oranında Kewaunee ve St. Louis arasında değişen gözlemlenebilir karaciğer nodüller ile balık sayısı düşüktü.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="4">Nehir ve örneklenmiş yıl</td>
		</tr>
<tr>
<td>Görünür lezyonlar</td>
			<td>Kewaunee 2013</td>
			<td>St. Louis 2015</td>
			<td>Sheboygan 2012</td>
			<td>Milwaukee 2013</td>
		</tr>
<tr>
<td>Ayrık beyaz noktalar</td>
			<td>16</td>
			<td>3</td>
			<td>3.1</td>
			<td>5</td>
		</tr>
<tr>
<td>Mukoid</td>
			<td>20</td>
			<td>9.5</td>
			<td>9,8</td>
			<td>30.5</td>
		</tr>
<tr>
<td>Multilobed</td>
			<td>22,5</td>
			<td>3</td>
			<td>29,5</td>
			<td>40</td>
		</tr>
<tr>
<td>Cilt kaldırdı toplam anormalliklerbir
</td>
			<td>46</td>
			<td>15,5</td>
			<td>38.3</td>
			<td>58</td>
		</tr>
<tr>
<td>Görünür karaciğer nodüller</td>
			<td>1.5</td>
			<td>1.5</td>
			<td>1.6</td>
			<td>2.5</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="5">
bir Balık kabarik lezyonlar ile toplam sayısı. Bazı balık anormalliklerin birden çok türü vardı.</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: Yüzde olarak sunulan büyük göller alanlarda endişe ve bir referans sitesi (Kewaunee River), beyaz enayi Nekropsi tabanlı gözlemleri toplanan. Görsel muayene balık çeşitli anormallikler ile yüzde belgelemek için kullanılabilir. Ancak, varlığı ve neoplazi türünü kesin olarak teşhis etmek için doku mikroskobik incelenmesi gerekir (histopatoloji). Mikroskobik incelenmesi üzerine, hepsi kabarik lezyonlar neoplastik değildi bulundu. Çok ayrık beyaz noktalar ve Kewaunee, özellikle de mukoid lezyonlar neoplazi (Tablo 2) yerine hyperplastic lezyonlar idi. Ayrıca, Kewaunee ve St. Louis, hepsi gözlenen deri tümörleri benign papillomas vardı. Sheboygan ve Milwaukee papillomas ve skuamöz hücre karsinoma, kötü huylu deri tümörleri, (Tablo 2) tespit edildi.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="4">Örneklenmiş nehirler</td>
		</tr>
<tr>
<td>Neoplazma türü</td>
			<td>Kewaunee 2013</td>
			<td>St. Louis 2015</td>
			<td>Sheboygan 2012</td>
			<td>Milwaukee 2013</td>
		</tr>
<tr>
<td>Papillom</td>
			<td>21</td>
			<td>5.2</td>
			<td>30.5</td>
			<td>37.5</td>
		</tr>
<tr>
<td>Skuamöz Hücre Karsinomu</td>
			<td>0</td>
			<td>0</td>
			<td>2.1</td>
			<td>10,5</td>
		</tr>
<tr>
<td>Toplam cilt neoplazmlar</td>
			<td>21</td>
			<td>5.2</td>
			<td>32,6</td>
			<td>48</td>
		</tr>
<tr>
<td>Safra kanalını neoplazmlarbir
</td>
			<td>2.5</td>
			<td>4</td>
			<td>6.2</td>
			<td>9.5</td>
		</tr>
<tr>
<td>Hepatik hücre neoplazmlarb
</td>
			<td>1</td>
			<td>0</td>
			<td>2.1</td>
			<td>8</td>
		</tr>
<tr>
<td>Toplam karaciğer neoplazmlar</td>
			<td>3.5</td>
			<td>4</td>
			<td>8.3</td>
			<td>15,0c
</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="3">
bir Cholangioma ve cholangiocarcinoma içerir</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="3">
b Hepatik hücre adenoma ve hepatik Hücre Karsinomu içerir</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="3">
c Safra kanalını ve hepatik neoplazmlar balıklar vardı</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 2: Mikroskobik beyaz piç neoplastik lezyonlar yüzde olarak sunulan büyük göller alanlarda endişe ve bir referans sitesi (Kewaunee River), toplanan doğrulanmadı. Histopatolojik analiz aynı zamanda görsel gözlem tarafından tanımlananların değil karaciğer tümörleri tespit. Kewaunee ve St. Louis toplanan balık sadece % 1.5 görünür karaciğer nodüller (Tablo 1) varken % 3.5 ve %4.0, sırasıyla, mikroskobik neoplazmlar (Tablo 2) tespit vardı. Daha büyük bir fark Sheboygan (%1,6 %8,3 karşı mikroskobik görünür) ve Milwaukee (% 2.5 karşı %15,0 mikroskobik görünür) görüldü. Mikroskobik inceleme de neoplazmlar karaciğer hücre kökeni (Tablo 2) karşı safra kanalının bir farklılaşma sağlar ve benign malign tümörler karşı.

Watch this Scientific Journal Video about Necropsy-based Wild Fish Health Assessment at JoVE.com

Necropsy-based Wild Fish Health Assessment

Yabani balıklar sağlık sucul ekosistem sağlığı bir göstergesi olarak kullanılabilir. Nekropsi-esaslı balık sağlık değerlendirmeler belgeleri görünür lezyonlar veya anormallikleri, doku mikroskobik değerlendirme, gen ekspresyonu ve diğer daha ayrıntılı toplamak için fırsat yanı sıra durum endeksi hesaplamak için kullanılan veri sağlamak analizleri.

Vahşi balık Nekropsi tabanlı sağlık değerlendirmesi

Anthropogenic influences from increased nutrients and chemical contaminants, to habitat alterations and climate change, can have significant effects on ...

necropsy-based-wild-fish-health-assessment

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Environment

17.1K Görüntüleme.  U.S. Geological Survey. Yabani balıklar sağlık sucul ekosistem sağlığı bir göstergesi olarak kullanılabilir. Nekropsi-esaslı balık sağlık değerlendirmeler belgeleri görünür lezyonlar veya anormallikleri, doku mikroskobik değerlendirme, gen ekspresyonu ve diğer daha ayrıntılı toplamak için fırsat yanı sıra durum endeksi hesaplamak için kullanılan veri sağlamak analizleri.

Video: Necropsy-based Wild Fish Health Assessment

Use of a Battery of Chemical and Ecotoxicological Methods for the Assessment of the Efficacy of Wastewater Treatment Processes to Remove Estrogenic Potency

Endocrine Disrupting Compounds pose a substantial risk to the aquatic environment. Ethinylestradiol (EE2) and estrone (E1) have recently been included in a watch list of environmental pollutants under the European Water Framework Directive. Municipal wastewater treatment plants are major contributors to the estrogenic potency of surface waters. Much of the estrogenic potency of wastewater treatment plant (WWTP) effluents can be attributed to the discharge of steroid estrogens including estradiol (E2), EE2 and E1 due to incomplete removal of these substances at the treatment plant. An evaluation of the efficacy of wastewater treatment processes requires the quantitative determination of individual substances most often undertaken using chemical analysis methods. Most frequently used methods include Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GCMS/MS) or Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (LCMS/MS) using multiple reaction monitoring (MRM). Although very useful for regulatory purposes, targeted chemical analysis can only provide data on the compounds (and specific metabolites) monitored. Ecotoxicology methods additionally ensure that any by-products produced or unknown estrogenic compounds present are also assessed via measurement of their biological activity. A number of in vitro bioassays including the Yeast Estrogen Screen (YES) are available to measure the estrogenic activity of wastewater samples. Chemical analysis in conjunction with in vivo and in vitro bioassays provides a useful toolbox for assessment of the efficacy and suitability of wastewater treatment processes with respect to estrogenic endocrine disrupting compounds. This paper utilizes a battery of chemical and ecotoxicology tests to assess conventional, advanced and emerging wastewater treatment processes in laboratory and field studies.

Endocrine Disrupting Compounds (EDC) pose a substantial risk to the aquatic environment. Municipal wastewater treatment plants are major contributors to the estrogenic potency of surface waters. The methodology provided in this paper allows for an assessment of the efficacy and suitability of wastewater treatment processes with respect to EDC removal.

Atıksu Arıtma Süreçlerinin Etkinliğinin Değerlendirilmesi için Kimya ve Ekotoksikolojik Yöntemlerinin bir pil kullanılması östrojenik Potency çıkarmak

Endocrine Disrupting Compounds pose a substantial risk to the aquatic environment. Ethinylestradiol (EE2) and estrone (E1) have recently been included in ...

Çevre

Protocol for Acute and Chronic Ecotoxicity Testing of the Turquoise Killifish Nothobranchius furzeri

The killifish Nothobranchius furzeri is an emerging model organism in the field of ecotoxicology and its applicability in acute and chronic ecotoxicity testing has been demonstrated. Overall, the sensitivity of the species to toxic compounds is in the range with, or higher than, that of other model species.
This work describes protocols for acute, chronic, and multigenerational bioassays of single and combined stressor effects on N. furzeri. Due to its short maturation time and life-cycle, this vertebrate model allows the study of endpoints such as maturation time and fecundity within four months. Transgenerational full life-cycle exposure trials can be performed in as little as 8 months. Since this species produces eggs that are drought-resistant and remain viable for years, the on-site culture of the species is not needed but individuals can be recruited when required. The protocols are designed to measure life-history traits (mortality, growth, fecundity, weight) and critical thermal maximum.

Protocol for Acute and Chronic Ecotoxicity Testing of the Turquoise Killifish Nothobranchius furzeri

In this work, we describe an acute, chronic and multigenerational bioassay to study the effects of single and combined stressors on the Turquoise killifish Nothobranchius furzeri. This protocol is designed to study life-history traits (mortality, growth, fecundity, weight) and critical thermal maximum.

Akut ve kronik Ecotoxicity test turkuaz Killifish Nothobranchius furzeri için iletişim kuralı

The killifish Nothobranchius furzeri is an emerging model organism in the field of ecotoxicology and its applicability in acute and chronic ecotoxicity ...

Experimental Protocol for Examining Behavioral Response Profiles in Larval Fish: Application to the Neuro-stimulant Caffeine

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and toxicological studies. Using automated digital tracking platforms, recent efforts in neuropharmacology are leveraging larval fish locomotor behaviors to identify potential therapeutic targets for novel small molecules. Similar to these efforts, research in the environmental sciences and comparative pharmacology and toxicology is examining various behaviors of fish models as diagnostic tools in tiered evaluation of contaminants and real-time monitoring of surface waters for contaminant threats. Whereas the zebrafish is a popular larval fish model in the biomedical sciences, the fathead minnow is a common larval fish model in ecotoxicology. Unfortunately, fathead minnow larvae have received considerably less attention in behavioral studies. Here, we develop and demonstrate a behavioral profile protocol using caffeine as a model neurostimulant. Though photomotor responses of fathead minnows were occasionally affected by caffeine, zebrafish&#160;were markedly more sensitive for photomotor and locomotor endpoints, which responded at environmentally relevant levels. Future studies are needed to understand comparative behavioral sensitivity differences among fish with age and time of day, and to determine whether similar behavioral effects would occur in nature and be indicative of adverse outcomes at the individual or population levels of biological organization.

Here, we present a protocol to examine larval zebrafish and fathead minnow locomotor activities and photomotor responses (PMR) using an automated tracking software. When incorporated in common toxicology bioassays, analyses of these behaviors provide a diagnostic tool to examine chemical bioactivity. This protocol is described using caffeine, a model neurostimulant.

Davranışsal yanıt profilleri larva balık incelenmesi için deneysel protokol: nöro-uyarıcı kafein uygulamaya

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and ...

Modeling the Size Spectrum for Macroinvertebrates and Fishes in Stream Ecosystems

The size spectrum is an inverse, allometric scaling relationship between average body mass (M) and the density (D) of individuals within an ecological community or food web. Importantly, the size spectrum assumes that individual size, rather than species&#8217; behavioral or life history characteristics, is the primary determinant of abundance within an ecosystem. Thus, unlike traditional allometric relationships that focus on species-level data (e.g., mean species&#8217; body size vs. population density), size spectra analyses are &#8216;ataxic&#8217; &#8211; individual specimens are identified only by their size, without consideration of taxonomic identity. Size spectra models are efficient representations of traditional, complex food webs and can be used in descriptive as well as predictive contexts (e.g., predicting responses of large consumers to changes in basal resources). Empirical studies from diverse aquatic ecosystems have also reported moderate to high levels of similarity in size spectra slopes, suggesting that common processes may regulate the abundances of small and large organisms in very different settings. This is a protocol to model the community-level size spectrum in wadable streams. The protocol consists of three main steps. First, collect quantitative benthic fish and invertebrate samples that can be used to estimate local densities. Second, standardize the fish and invertebrate data by converting all individuals to ataxic units (i.e., individuals identified by size, irrespective of taxonomic identity), and summing individuals within log2 size bins. Third, use linear regression to model the relationship between ataxic M and D estimates. Detailed instructions are provided herein to complete each of these steps, including custom software to facilitate D estimation and size spectra modeling.

This is a protocol to model the size spectrum (scaling relationship between individual mass and population density) for combined fish and invertebrate data from wadable streams and rivers. Methods include: field techniques to collect quantitative fish and invertebrate samples; lab methods to standardize the field data; and statistical data analysis.

Akış ekosistemlerinde Makroomurgasızlar ve balıklar için boyut spektrumunu modelleme

The size spectrum is an inverse, allometric scaling relationship between average body mass (M) and the density (D) of individuals within an ecological ...

Behavioral Tracking and Neuromast Imaging of Mexican Cavefish

Cave-dwelling animals have evolved a series of morphological and behavioral traits to adapt to their perpetually dark and food-sparse environments. Among these traits, foraging behavior is one of the useful windows into functional advantages of behavioral trait evolution. Presented herein are updated methods for analyzing vibration attraction behavior (VAB: an adaptive foraging behavior) and imaging of associated mechanosensors of cave-adapted tetra, Astyanax mexicanus. In addition, methods are presented for high-throughput tracking of a series of additional cavefish behaviors including hyperactivity and sleep-loss. Cavefish also show asociality, repetitive behavior and higher anxiety. Therefore, cavefish serve as an animal model for evolved behaviors. These methods use free-software and custom-made scripts that can be applied to other types of behavior. These methods provide practical and cost-effective alternatives to commercially available tracking software.

Here, we present methods for high-throughput study of a series of the Mexican cavefish behaviors and vital staining of a mechanosensory system. These methods use free-software and custom-made scripts, providing a practical and cost-effective method for the studies of behaviors.

Davranışsal izleme ve Meksika Cavefish Neuromast görüntüleme

Cave-dwelling animals have evolved a series of morphological and behavioral traits to adapt to their perpetually dark and food-sparse environments. Among ...

Davranış

Swimming Performance Assessment in Fishes

Swimming performance tests of fish have been integral to studies of muscle energetics, swimming mechanics, gas exchange, cardiac physiology, disease, pollution, hypoxia and temperature. This paper describes a flexible protocol to assess fish swimming performance using equipment in which water velocity can be controlled. The protocol involves one to several stepped increases in flow speed that are intended to cause fish to fatigue. Step speeds and their duration can be set to capture swimming abilities of different physiological and ecological relevance. Most frequently step size is set to determine critical swimming velocity (Ucrit), which is intended to capture maximum sustained swimming ability. Traditionally this test has consisted of approximately ten steps each of 20 min duration. However, steps of shorter duration (e.g. 1 min) are increasingly being utilized to capture acceleration ability or burst swimming performance. Regardless of step size, swimming tests can be repeated over time to gauge individual variation and recovery ability. Endpoints related to swimming such as measures of metabolic rate, fin use, ventilation rate, and of behavior, such as the distance between schooling fish, are often included before, during and after swimming tests. Given the diversity of fish species, the number of unexplored research questions, and the importance of many species to global ecology and economic health, studies of fish swimming performance will remain popular and invaluable for the foreseeable future.

The lives of the majority of fish are predicated on swimming. This protocol describes techniques for capturing a range of swimming modes available to individual and schooling fish, and includes metrics associated with swimming physiology and behaviour.

Balıklar yüzme Performans Değerlendirme

Swimming performance tests of fish have been integral to studies of muscle energetics, swimming mechanics, gas exchange, cardiac physiology, disease, ...

Biyoloji

Assessment of Swim Endurance and Swim Behavior in Adult Zebrafish

Due to their renowned regenerative capacity, adult zebrafish are a premier vertebrate model to interrogate mechanisms of innate spinal cord regeneration. Following complete transection of their spinal cord, zebrafish extend glial and axonal bridges across severed tissue, regenerate neurons proximal to the lesion, and regain their swim capacities within 8 weeks of injury. Recovery of swim function is thus a central readout for functional spinal cord repair. Here, we describe a set of behavioral assays to quantify zebrafish motor capacity inside an enclosed swim tunnel. The goal of these methods is to provide quantifiable measurements of swim endurance and swim behavior in adult zebrafish. For swim endurance, zebrafish are subjected to a constantly increasing water current velocity until exhaustion, and time at exhaustion is reported. For swim behavior assessment, zebrafish are subjected to low current velocities and swim videos are captured with a dorsal view of the fish. Percent activity, burst frequency, and time spent against the water current provide quantifiable readouts of swim behavior. We quantified swim endurance and swim behavior in wild-type zebrafish before injury and after spinal cord transection. We found that zebrafish lose swim function after spinal cord transection and gradually regain that capacity between 2 and 6 weeks post-injury. The methods described in this study could be applied to neurobehavioral, musculoskeletal, skeletal muscle regeneration, and neural regeneration studies in adult zebrafish.

Capable of functional recovery after spinal cord injury, adult zebrafish is a premier model system to elucidate innate mechanisms of neural regeneration. Here, we describe swim endurance and swim behavior assays as functional readouts of spinal cord regeneration.

Yetişkin Zebra Balıklarında Yüzme Dayanıklılığı ve Yüzme Davranışının Değerlendirilmesi

Due to their renowned regenerative capacity, adult zebrafish are a premier vertebrate model to interrogate mechanisms of innate spinal cord regeneration. ...

Nörobilim

Isolation, Fixation and Characterization of Juvenile Gilthead Seabream Head Kidney Leukocytes by Flow Cytometry

Immunity is crucial for the physiological regulation of organisms, serving as the primary defense against pathogens and environmental stressors. The isolation and analysis of immune cells provide key insights into immune responses to external pressures. However, the lack of harmonized protocols for less studied species, such as marine fish, often leads to technical and analytical challenges that hamper data interpretation and a thorough understanding of species-specific immune responses. This study aimed to set up an optimized flow cytometry-based analytical procedure to characterize and determine the viability of leukocytes from the head kidney (the main hematopoietic organ in teleost fish) of juvenile gilthead seabream (Sparus aurata). The procedure began with the isolation of leukocytes through a homogenization process using Hanks&#39; balanced salt solution, followed by an optimized Percoll density gradient centrifugation method to ensure high recovery rates of leukocytes with minimal erythrocyte contamination required for efficient subsequent flow cytometry analysis. Additionally, a novel technique using a cell-reactive dye (LIVE/DEAD Fixable Dead Cell Stain Kit) was employed to distinguish viable from dead cells based on their fluorescent staining patterns. Fixation was achieved with 3.7% formaldehyde, preserving cell morphology, viability, and staining efficiency. Flow cytometry analysis successfully identified three predominant leukocyte populations: lymphocytes, monocytes, and granulocytes. This method not only allowed viability tests but also the accurate differentiation of cell types. The improvement in flow cytometry protocols represents a step forward in fish immunology by increasing the accuracy and efficiency of immune cell analysis. Furthermore, by allowing the fixation of cells for later analysis, this protocol significantly reduces the time and effort required for immune assessments, making it a valuable tool for both research and practical applications in various fields of research.

This manuscript describes the isolation and fixation of leukocytes extracted from gilthead seabream's head-kidney and the assessment of their viability by flow cytometry. This work contributes to the standardization of protocols and leverages the processing of a higher number of samples without compromising sample quality, promoting advancements in fish immunology knowledge.

Juvenil Gilthead Çipura Başı Böbrek Lökositlerinin Flow Sitometri ile İzolasyonu, Fiksasyonu ve Karakterizasyonu

Immunity is crucial for the physiological regulation of organisms, serving as the primary defense against pathogens and environmental stressors. The ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Yetişkin Zebra Balıklarında Nörotoksik Etkileri Değerlendirmek için Davranışsal Test Bataryası

Neurotoxicity Assessment in Adult Danio rerio using a Battery of Behavioral Tests in a Single Tank

The presence of neuropathological effects proved to be, for many years, the main endpoint for assessing the neurotoxicity of a chemical substance. However, in the last 50 years, the effects of chemicals on the behavior of model species have been actively investigated. Progressively, behavioral endpoints were incorporated into neurotoxicological screening protocols, and these functional outcomes are now routinely used to identify and determine the potential neurotoxicity of chemicals. Behavioral assays in adult zebrafish provide a standardized and reliable means to study a wide range of behaviors, including anxiety, social interaction, learning, memory, and addiction. Behavioral assays in adult zebrafish typically involve placing the fish in an experimental arena and recording and analyzing their behavior using video tracking software. Fish can be exposed to various stimuli, and their behavior can be quantified using a variety of metrics. The novel tank test is one of the most accepted and widely used tests to study anxiety-like behavior in fish. The shoaling and social preference tests are useful in studying the social behavior of zebrafish. This assay is particularly interesting since the behavior of the entire shoal is studied. These assays have proven to be highly reproducible and sensitive to pharmacological and genetic manipulations, making them valuable tools for studying the neural circuits and molecular mechanisms underlying behavior. Additionally, these assays can be used in drug screening to identify compounds that may be potential modulators of behavior.
We will show in this work how to apply behavioral tools in fish neurotoxicology, analyzing the effect of methamphetamine, a recreational drug, and glyphosate, an environmental pollutant. The results demonstrate the significant contribution of behavioral assays in adult zebrafish to the understanding of the neurotoxicological effects of environmental pollutants and drugs, in addition to providing insights into the molecular mechanisms that may alter neuronal function.

Yazar Spotlight: Yetişkin Zebra Balıklarında Çevresel ve İlaca Bağlı Davranış Değişikliklerinin Değerlendirilmesi 

Here, we present a comprehensive behavioral test battery, including the novel tank, Shoaling, and social preference tests, to effectively determine the potential neurotoxic effects of chemicals (e.g., methamphetamine and glyphosate) on adult zebrafish using a single tank. This method is relevant to neurotoxicity and environmental research.