Name: hybrid µct-fmt imaging and image analysis
Uploaded: 2015-06-04T15:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 45 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Hybrid Ã‚ÂµCT-FMT imaging and image analysis at JoVE.com

Biz hayalet deneyler için Marek Weiler teşekkür ederiz. Bu çalışma, Avrupa Araştırma Konseyi (ERC Başlangıç ​​Grant 309495: NeoNaNo) tarafından desteklenen, Kuzey Ren Vestfalya Alman Federal Devleti (NRW; High-Tech.NRW/EU-Ziel 2-Programm (EFRE); ForSaTum), Alman Eğitim ve Araştırma (BMBF) Bakanlığı (finansman programları Sanal Karaciğer (0315743), LungSys (0315415C), LungSys2 (0316042F), Photonik Forschung Deutschland (13N13355)), RWTH Aachen Üniversitesi (I 3 TM Tohum Fonu) ve Philips Araştırma (Aachen, Almanya).

protokol, aşağıdaki adımları ayrıntılı bir açıklamasını içerir: İlk başta, hayaletler ya da fareler ve modelli fare yatak görüntüleme için hazırlanmıştır. Sonra tüm vücut taraması uCT elde edilir. Ardından fare yatakta iki taramaları (yukarı ve baş aşağı) elde edilir FMT aktarılır. Bu çoklu zaman noktalarında çok fareler için tekrar edilebilir. Veri toplama tamamlandıktan sonra, veri ihraç ve otomatik segmentasyon (a Definiens yazılım lisansı gerektiren) yanı sıra, görüntü füzyon ve (bir Imalytics Preklinik yazılım lisansı gerektiren) floresan yeniden etkinleştirmek için sıralanması gerekiyor. Sonunda organlar interaktif flüoresan biodistribution ölçmek için segmentlere nasıl multimodal veri setleri görsel ve nasıl gösterilir. 1. Phantom Hazırlık Not: Phantom görüntüleme sistemi test etmek için yararlıdır, ama aynı zamanda fiili kalibrasyon belirlenmesiYeni prob r. <ol><li> 200 mi su,% 2 agaroz, 1.8 g TiO2 tozu, 50 ul tripan mavi bir çözelti hazırlayın. Kaynatıldıktan sonra yaklaşık 8 cm uzunluğunda, 3 cm genişliğinde ve 1.5 cm yüksekliğinde ve dikdörtgen forma çözeltisi doldurun. </li><li> Floresans ve uCT kontrast maddesinin bir karışımını ihtiva eden, pipet uçları kullanılarak hayali olarak çok sayıda floresan kusurları hazırlayın. Kapanım oluşturmak için, pipet uçları kesilmiş ve bir çakmak ile mühür. </li><li> Çözelti katılaşmış sonra, fantom içine kapanım yerleştirin. Düzensiz bir şekil elde etmek ve modelli fare sahibine sığdırmak için fantom bazı bölümlerini kesip. </li><li> Yeni prob için kalibrasyon faktörünü belirlemek için, bazı hayali taramaları gereklidir. Bunun için, varsayılan FMT fantom prob bilinen miktarları ile kombinasyon halinde kullanılır. Artan doğruluk için, gibi dahil içinde aynı saçılma katsayısı almak için çözüm% 4 lipid emülsiyonu ekleyinfantom geri kalanı. Ayrıca kolay görüntü analizi için uCT kontrast madde küçük bir miktar (% 2) ekleyin. </li></ol> 2. Fare Hazırlama NOT: uCT-FMT görüntüleme anesthetization ve epilasyon gibi özel bir hazırlık gerektirir. <ol><li> 7 gün görüntüleme önce klorofil içermeyen gıda fare yerleştirin. Bu arka plan sinyalini azaltmak ve 750 nm altında FMT kanalları için özellikle önemlidir olacaktır. </li><li> Tüm hayvan deneyleri anestezi altında yapılmaktadır. Fare uykuya dalmakta kadar hava (akış hızı 5 L / dk)% 2 izofluran ile dolu bir odasında fare yerleştirin anestezi başlatmak için. Nazik ayak veya deri sıkıştırarak ve kas tonusu gevşeme kontrol ederek (örneğin., Çene kası) uygun anesthetization onaylayın. Anestezi sürdürmek için, (bu oran 1 L / dak akış hava% 2 izofluran) fare burun üzerine yerleştirilen bir tüp kullanarak izofluran uygulama devam ediyor. Göz kuruluğa önlemek içins, anestezi fareler üzerinde veteriner merhemi kullanın. </li><li> Kontrast madde enjekte etmek, bant kullanarak bir ısıtma yastığı anestezi fare düzeltin. Kuyruk damarından bir kateter (bir tübe bağlı şırınga iğnesi) yerleştirin ve fluoresan kontrast maddesi enjekte (örneğin, 2 nmol, 5 ml maksimum enjeksiyon hacmi / kg vücut ağırlığı, örneğin, 30 g fare için 150 ul). </li><li> Tüylü fare taramak için, tarama alanı önceden tüyleri gerekmektedir. Bunun için, bir tıraş makinesi veya tüy dökücü krem ​​kullanın. Farelerin bazı suşları epilasyon kremi gelen döküntüleri gelişebilir. Bu nedenle, cilt değişiklikleri için fareler izlemek ve gerekirse bakım veteriner personeli başvurun. Yeni fare suşlar kullanılarak Ayrıca hayvanların az sayıda toleransı test edin. </li><li> (Oran 1 L / dak akış, havada% 2 izofluran) uCT ve FMT görüntüleme sırasında anestezi fare tutun. </li></ol> 3. Fare Yatak Hazırlık NOT: uCT-FMT tarama için bir multimodal kullanınuCT ve FMT içine de uyuyor fare yatak. <ol><li> Görüntüleme önce, ıslak mendil ile fare yatak temizleyin. Bu akrilik cam zarar verebilir, çünkü etanol kullanmayın. Bu otomatik işaretleyici algılama bozabilir, çünkü belirteçler suyun serbest olduğundan emin olun. </li><li> Multimodal fare yatağın vidaları açın ve üst kısmını kaldırın. </li><li> Fare yatakta anestezik gaz tüpünü takın ve bantla sabitleşmek. </li><li> Fare yatağa anestezi fare yerleştirin ve gaz tüpüne burun koydu. Farenin başı fare yatağının ön göstergesi (Şekil 1) olduğundan emin olun. </li><li> Fare optimal FMT görüş alanını kullanmak için fare yatağın ortasında olduğundan emin olun. </li><li> Fare yatak kapatın ve fare sıkıca tutulur kadar sıkın. Fare göğüs solunum hareketlerinin görsel izleme ile sürekli nefes emin olun. </li></ol> 4. uCT Imaging NOT: tüm vücut taraması uCT kullanılarak yapılır. oluşturulan anatomik veriler, gelişmiş bir floresan yeniden ve görüntü analizi için, görüntü füzyonu için gereklidir. <ol><li> UCT içine fare ile fare yatak yerleştirin. Fareyi uCT içine &quot;kuyruk önce&quot; gider şekilde yerleştirildiğinden emin olun. Bu otomatik füzyon için önemlidir. </li><li> UCT-kapak kapandığında anestezi sürdürebilmek amacıyla, uCT durumunda yoluyla gaz kanal boruları yeniden bağlayın. İlk fare yataktan uzun tüp ayırmak ve uCT dışında en konnektörüne takın. Sonra uCT içinde konnektörüne kalan serbest ucunu takın. </li><li> UCT içine fare yatak sürün. Gaz boru gevşek değildir ve döner sehpanın tarafından yakalanmış alamadım emin olun. Gerekirse, bantla sabitleşmek. Fare yatağın sahibinin cut-out içine tüp yerleştirin. </li&gt; <li> UCT kapatın ve bir Topogram kazanır. Füzyon ve yeniden yapılanma için önemlidir ve fare yatak, önemli bir kısmını kapsayacak şekilde, en az iki subscans seçin. </li><li> Subscan başına 90 sn tarama süresi gerektiren bir tam dönüşü sırasında 1032 x 1012 piksel 720 projeksiyonları elde HQD-6565-360-90 adlı uCT tarama protokolü seçin. Tüpler gerilimi 65 kV ve akım 1.0 mA işletilmektedir. Alternatif, radyasyon dozu ve tarama süresini azaltmak tarama protokolü tarama zamanında subscan başına 29 s ile 516 x 506 piksel 720 projeksiyonları elde SQD-6565-360-29 seçin. </li><li> UCT taramayı başlatın. mavi çubuk ilerleme gösterir. subscans sonradan edinilmiş olacaktır. Hipotermi ve sıvı kaybı nedeniyle sadece bir kaç dakika kısa tarama süresi bir sorun değildir. Bu otomatik kullanıcıyı korumak için tarama keser çünkü tarama sırasında uCT kapağını açmayınradyasyon. </li><li> Tarama tamamlandığında, kapağı açın anestezik tüpü yeniden ve FMT bunu taşımak için sahibinin fare yatağı ayırmak. </li></ol> 5. FMT Görüntüleme NOT: Doğrudan uCT taramadan sonra, fare geliştirilmiş bir floresan rekonstrüksiyonu için birlikte kullanılan iki yapılandırmaları (yukarı ve baş aşağı) FMT taranır. <ol><li> FMT içine fare yatak yerleştirmeden önce FMT için (oran 1 L / dak akış, havada% 2 izofluran) anestezik gaz kaynağına açın. FMT kontrol yazılımı kullanarak, deneklerin uygun sayıda (yani fare) ile bir çalışma grubu oluşturmak. (Listelenmeyen yeni problar için kullanımı OsteoSense) görüntüleme için kullanılacak probları seçin. </li><li> FMT fare ile multimodal fare yatak taşıyın. Uzun esnek anestezik gaz tüpü gaz akışını sürdürür. FMT içine fare yatağı takmadan önce, dikkatlice beri tüp kaldırmakFMT içinde gerekli değildir. Fare yatağın vidaları çevirerek kaçının. </li><li> (&quot;Head-Önce&quot;) ilk kırmızı gösterge ile FMT içine fare yatak yerleştirin. Görüntü füzyon uCT ile tutarlı olması için bu çok önemlidir. </li><li> FMT kapatın. </li><li> Doğru çalışma grubu ve konuyu seçin. FMT gerekli kanalı seçin (OsteoSense 750EX için, 750 nm kanalını kullanın). </li><li> Bir açıklama, örneğin ekleyin., &quot;Yukarı&quot; veya &quot;aşağı&quot; ve &quot;Capture&quot; tuşuna basarak bir bakış tarama kazanır. Bu görüş, tüm alanın bir yansıma görüntüsünü yakalar. Aksi takdirde 3D sonradan tarar elde etmek mümkün değildir, çünkü &quot;Yansıma Görüntüler yalnızca&quot; seçili olmayan emin olun. </li><li> 3D tarama için görüntüleme parametreleri ayarlayın. Farenin mümkün olduğunca dahil etmek için görüş alanını büyütmek. Genellikle baş ve kuyruk tamamen Ancak, görüş alanı içine sığmaz. Tıklayın &quot;Gelişmiş221; ve görüntüleme ayarlarını kontrol edin. Sırasıyla 5000 ve 50000, normal ve aydınlatma min / max 3 mm, duyarlılık ayarlayın örnekleme yoğunluğu. </li><li> FMT Taramayı başlatmak için &quot;Scan&quot; &#39;ı tıklayın &quot;yeniden kuyruğuna eklemek&quot; ve. Daha uzun maruz bırakma süreleri daha kalın nesneler için gereklidir, çünkü bu boyut ve fare kalınlığına bağlı olarak, yaklaşık 5-15 dakika sürer. Cihaz hipotermi önlemek için ısıtılmış bir görüntüleme odası bulunmaktadır. </li><li> Taramadan sonra, baş aşağı fare dahil fare yatak çevirmek ve başka bir tarama kazanır. Bu floresan yeniden inşası için ek veri sağlar. </li><li> UCT ve FMT-taramalar tamamlandı ve fare anestezi uyanır zaman dolaşmak veya sternal yatma korumak için, örneğin yeterli bilince, kazanmış kadar, bu sahipsiz bırakmayın. </li></ol> 6. Görüntü Fusion ve İmar NOT: MesaiÇalışmanın sonunda uCT-FMT tarama, örneğin, tamamlanması, elde edilen veriler otomatik görüntü füzyon ve floresan yeniden etkinleştirmek için sıralanması gerekiyor. <ol><li> Daha ileri işlemler için taramalar sıralamak için, çalışma için bir klasör oluşturun. Her uCT-FMT tarama için, ismini fare kimliği ve zaman gelin gibi., M01_02h içeren tek alt klasör oluşturun. </li><li> Her uCT-FMT tarama için .fmt dosyaları olarak FMT taramaları (yukarı ve aşağı) ihracat ve &quot;_up.fmt&quot; veya &quot;_down.fmt&quot; ile biten dosya adlarını kullanarak alt klasör içine kaydedin. Her .fmt dosya edinilen ham veriyi içeren, yani bu tür pozlama süreleri olarak kamera, metadata, edindiği uyarma ve emisyon görüntüleri ve FMT tarafından oluşturulan floresan rekonstrüksiyonu. </li><li> UCT yazılımı kullanarak, izotropik voksel boyutu 35 mikron olan bir yeniden oluşturun. Düzgün bir imar çekirdek (T10) seçin. Böylece görüş alanını ayarlamabelirteçleri dahil olmak üzere tüm fare yatağı kaplı olduğunu. Çıkış biçimi olarak MIFX / RAW seçiniz ve yeniden başlatın. Yeniden yapıldıktan sonra, uCT-FMT tarama alt klasör içine uCT imar dosyaları taşıyın. </li><li> Tüm taramalar için uCT ve FMT veri ihracat. Her alt klasör iki .fmt (yukarı ve aşağı) dosyalarını ve MIFX / RAW formatta uCT yeniden içerdiğinden emin olun. Bütünlüğü denetlemek için&gt; Menü-&gt; CT-FMT- seçin Imalytics Preklinik yazılımını kullanarak bütünlüğü ile kontrol edin. Hataların listesi gibi dosyaları veya uCT rekonstrüksiyonu .fmt eksik gibi görünebilir. Hataları düzeltmek ve tüm hatalar giderilinceye kadar eksiksiz olup olmadığını kontrol edin. </li><li> Menü-&gt; CT-FMT-&gt; Ayarlar kullanarak, Definiens yazılımı sunucu adını kontrol edin ve gerekirse ayarlayın. Varsayılan http: // localhost: 8184, Definiens yazılım aynı bilgisayarda yüklü olduğunu varsayarak. Definiens yazılımı au gerçekleştirmek için bir sonraki aşamada gerekli olanFare yatak ve belirteçlerin tomated segmentasyon. </li><li> Tüm çalışma için otomatik uCT-FMT füzyon gerçekleştirmek için Imalytics Preklinik yazılımında Menü-&gt; CT-FMT-&gt; Sigorta grubunu tıklatın. UCT-FMT tarama ve çalışma klasörüne eki &quot;Paket&quot; paralel bir klasörde sonuçları başına bu birkaç dakika sürer. Bu dosyalar daha fazla analiz için ilgili (uCT veri ve erimiş satıcı tarafından sağlanan FMT rekonstrüksiyonu) daha küçük bir alt kümesini içerir. </li><li> Haritaların 13 emilim nesil de dahil olmak üzere ve saçılma floresan yeniden gerçekleştirmek için Imalytics Preklinik yazılımında Menü-&gt; CT-FMT-&gt; yeniden yapılandırma grubu (FMT) tıklayın. Işlem GPU hızlandırmalı 20 olsa da, her imar farenin büyüklüğüne bağlı olarak 1 ila 4 saat gerektirir. Sonuçlar paket klasöründe saklanır. Not: Daha yüksek verim sağlamak için, şu anda 56 GPU&#39;lar ile GPU kümesinde bu rekonstrüksiyon gerçekleştirin. </li&gt; </ol> 7. Görüntü Analizi NOT: görüntü verilerinden kantitatif ölçümler ayıklamak için, lezyonların ve organların segmentasyon gereklidir. <ol><li> Bir kez setleri kaynaşmış ve yeniden tüm veri, Imalytics Preklinik yazılımını kullanarak tarama her uCT-FMT bir segmentasyon oluşturun. </li><li> Altlık olarak uCT dosyası ve kaplama olarak floresan dosyasını yükleyin. Basın &quot;3D&quot; volume rendering açmak ve veri kümesi incelemek için. </li><li> Segmentinde akciğer için, Menü&gt; sınıflar,&gt; sınıf ekleyin ve &quot;tmp&quot; adında bir sınıf oluşturmak tıklayın. Bu da bağlam menüsü aracılığıyla yapılabilir. Yeni bir sınıf oluşturma otomatik sonraki segmentasyon işlemleri için çıkış sınıfı olarak ayarlar. <ol><li> Segment uCT veri seti düşük yoğunluğu ile tüm bölgeleri bir eşikleme işlemi gerçekleştirin (tıklayın Aşağıda Menü-&gt; Bölümlendirme&gt; Thresholding-&gt; ve girin 600). Şimdi tmp sınıfı mo dışarıdaki havayı içeriraynı zamanda akciğer dokusunun kullanımı. </li><li> Bir &quot;Akciğer&quot; sınıf oluşturun. Bir &quot;Bölge Fill&quot; işlemi gerçekleştirin dış havadan akciğer ayırmak için, (&gt; bölgede doldurun sınırsız bölgeyi doldurun&gt; akciğere sağ tıklayın ve menü seçin). </li><li> Artık gerekli değil çünkü tmp sınıfı silin. </li></ol></li><li> Segmenti dışbükey bölgeler, örneğin., Mesane, karalamak modunu kullanın. Öncelikle sınıf &quot;Mesane&quot; yaratmak. <ol><li> F1 tuşuna basın, tüm karalamalar silmek için. </li><li> Bilgisayar fare kullanarak, mesane sınırlarını belirginleştiren karalamalar çizin. </li><li> F3 tuşuna basın kırmızı kaplama olarak görünür geçici bir maske ile karalamalar çevrelediği bölgeyi doldurmak için. Yinelemeli (herhangi bir dilimleme yönde) daha karalamalar ekleyebilir ve yeterli bir doğruluk elde edilene kadar F3 tuşuna basın. Tipik haliyle, 10 dilim Scribbles yeterlidir. </li><li> F4 tuşuna basın &quot;Mesane&quot; geçici maskeyi saklamak için. </li><li> Segmente böyle devam edinKalp ve böbrek gibi diğer dışbükey bölgeler. Birçok bölge, örneğin., Mide veya karaciğer, birkaç dışbükey bölgelerde yaklaşık olarak hesaplanabilir. </li></ol></li><li> Bölüm omurga için öncelikle bir &quot;Kemik&quot; sınıf oluşturmak. <ol><li> Tüm parlak vokseller sınıflandırmak için bir eşik işlemi gerçekleştirmek için ContextMenu-&gt; Thresholding-&gt; Above seçin (örneğin., 1600 yukarıda) &quot;Kemik&quot; olarak. </li><li> Bu iskeletin birçok yerinde, örneğin., Kaburga ile bağlı olduğu için bir bölge dolum işlemi segmentine omurga başarısız olur. Iteratif karalamalar, çizim ve kafatası, kaburga ve sakral kemik omurga ayırmak için F2 tuşuna basarak birkaç kesme işlemleri gerçekleştirin. </li><li> Son olarak, bir sınıf &quot;Omurga&quot; oluşturmak ve omurga almak için bir bölge doldurma işlemini gerçekleştirin (omurga içine sağ tıklayın ve ContextMenu- seçin&gt; Bölge- Fill&gt; sınırsız bölgeyi doldurun). </li></ol></li><li> Th içinde bir dosya olarak segmentasyon kaydetuCT-FMT taramanın e alt klasör. Toplu işlem etkinleştirmek için, organs.seg, örneğin, tutarlı bir ad kullanın. </li><li> Ortalama floresan yoğunluğu, hacim ve her sınıf için toplam miktarı (ortalama ve hacim ürün) içeren bir elektronik tablo oluşturmak için,&gt; Sınıf istatistikleri (overlay) Menü-&gt; Istatisitikler seçin. </li><li> Tüm uCT-FMT tarar tüm bölgeler için değerleri içeren tek bir elektronik tabloyu oluşturmak için,&gt; Batch-&gt; Toplu istatistiklerini Menü-&gt; Batch-&gt; Set toplu ayarlarını tıklatın ve sonra da menu- tıklatın. Bu, yani her uCT-FMT tarama için bir, yaratma ve birçok elektronik tablo dosyalarının birleştirilmesi çaba önler. </li></ol> 8. Prob Kalibrasyon <ol><li> Prob bilinen farklı miktarlarda gerekli olan bir prob için kalibrasyon faktörü hesaplamak için, birden fazla uCT-FMT fantom taramalar, örneğin (adım 1.4)., 100 pmol, 50 pmol, 25 pmol ve 0 pmol ile. </li><li> De tarif edildiği gibi hayalet taramaFMT bölümler 4 ve hayali taramalar için de 5., yukarı ve aşağı tarar gereklidir. </li><li> Veri ihracat ve 6. bölümde açıklandığı gibi füzyon ve rekonstrüksiyon gerçekleştirin. </li><li> Segment (1,200 üzerinde) eşikleme her tarama için uCT verileri kullanılarak içerme ve bölgesi doldurma. </li><li> Ölçülen floresan miktarları ile bir elektronik tablo oluşturun ve bilinen miktarlarda fonksiyonu olarak çiziniz. Doğrusal regresyon uyum eğimini hesaplayınız. Bu prob için kalibrasyon faktörü olduğunu. </li></ol>

<ol>
	<li>Hoffman, R. M., Yang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subcellular+imaging+in+the+live+mouse.">Subcellular imaging in the live mouse.</a> Nature Protocols. 1 (2), 775-782 (2006).</li><li>Ale, A., Ermolayev, V., Herzog, E., Cohrs, C., Angelis, M. H., Ntziachristos, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FMT-XCT:+in+vivo+animal+studies+with+hybrid+fluorescence+molecular+tomography-X-ray+computed+tomography.">FMT-XCT: in vivo animal studies with hybrid fluorescence molecular tomography-X-ray computed tomography.</a> Nature Methods. 9 (9), 615-620 (2012).</li><li>Eaton, V. L., Vasquez, K. O., Goings, G. E., Hunter, Z. N., Peterson, J. D., Miller, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+tomographic+imaging+of+near+infrared+imaging+agents+quantifies+disease+severity+and+immunomodulation+of+experimental+autoimmune+encephalomyelitis+in+vivo.">Optical tomographic imaging of near infrared imaging agents quantifies disease severity and immunomodulation of experimental autoimmune encephalomyelitis in vivo.</a> Journal of Neuroinflammation. 10 (138), (2013).</li><li>Lederle, W., Arns, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Failure+of+annexin-based+apoptosis+imaging+in+the+assessment+of+antiangiogenic+therapy+effects.">Failure of annexin-based apoptosis imaging in the assessment of antiangiogenic therapy effects.</a> EJNMMI Research. 1 (26), (2011).</li><li>Ntziachristos, V., Tung, C. -. H., Bremer, C., Weissleder, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+molecular+tomography+resolves+protease+activity+in+vivo.">Fluorescence molecular tomography resolves protease activity in vivo.</a> Nature Medicine. 8 (7), (2002).</li><li>Hoffman, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+multiple+uses+of+fluorescent+proteins+to+visualize+cancer+in+vivo.">The multiple uses of fluorescent proteins to visualize cancer in vivo.</a> Nature Reviews Cancer. 5 (10), 796-806 (2005).</li><li>Schulz, R. B., Ale, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hybrid+system+for+simultaneous+fluorescence+and+x-ray+computed+tomography.">Hybrid system for simultaneous fluorescence and x-ray computed tomography.</a> IEEE Transactions on Medical Imaging. 29 (2), 465-473 (2010).</li><li>Stuker, F., Baltes, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hybrid+small+animal+imaging+system+combining+magnetic+resonance+imaging+with+fluorescence+tomography+using+single+photon+avalanche+diode+detectors.">Hybrid small animal imaging system combining magnetic resonance imaging with fluorescence tomography using single photon avalanche diode detectors.</a> IEEE Transactions on Medical Imaging. 30 (6), 1265-1273 (2011).</li><li>Leblond, F., Davis, S. C., Vald&#233;s, P. A., Pogue, B. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preclinical+Whole-body+Fluorescence+Imaging:+Review+of+Instruments,+Methods+and+Applications.">Preclinical Whole-body Fluorescence Imaging: Review of Instruments, Methods and Applications.</a> Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology. 98 (1), 77-94 (2010).</li><li>Kunjachan, S., Gremse, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noninvasive+optical+imaging+of+nanomedicine+biodistribution.">Noninvasive optical imaging of nanomedicine biodistribution.</a> ACS Nano. 7 (1), 252-262 (2013).</li><li>Radrich, K., Ale, A., Ermolayev, V., Ntziachristos, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+limited-projection-angle+fluorescence+molecular+tomography+using+a+co-registered+x-ray+computed+tomography+scan.">Improving limited-projection-angle fluorescence molecular tomography using a co-registered x-ray computed tomography scan.</a> Journal of Biomedical Optics. 17 (12), 126011 (2012).</li><li>Freyer, M., Ale, A., Schulz, R. B., Zientkowska, M., Ntziachristos, V., Englmeier, K. -. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+automatic+segmentation+of+anatomical+structures+in+x-ray+computed+tomography+images+to+improve+fluorescence+molecular+tomography+reconstruction.">Fast automatic segmentation of anatomical structures in x-ray computed tomography images to improve fluorescence molecular tomography reconstruction.</a> Journal of Biomedical Optics. 15 (3), 036006 (2010).</li><li>Gremse, F., Theek, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Absorption+Reconstruction+Improves+Biodistribution+Assessment+of+Fluorescent+Nanoprobes+Using+Hybrid+Fluorescence-mediated+Tomography.">Absorption Reconstruction Improves Biodistribution Assessment of Fluorescent Nanoprobes Using Hybrid Fluorescence-mediated Tomography.</a> Theranostics. 4 (10), 960-971 (2014).</li><li>Cheong, W. -. F., Prahl, S. A., Welch, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+review+of+the+optical+properties+of+biological+tissues.">A review of the optical properties of biological tissues.</a> IEEE Journal of Quantum Electronics. 26 (12), 2166-2185 (1990).</li><li>Doleschel, D., Mundigl, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+near-infrared+imaging+of+the+erythropoietin+receptor+in+human+lung+cancer+xenografts.">Targeted near-infrared imaging of the erythropoietin receptor in human lung cancer xenografts.</a> Journal of Nuclear Medicine: Official Publication, Society of Nuclear Medicine. 53 (2), 304-311 (2012).</li><li>Al Rawashdeh, W., Arns, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+tomography+of+MMP-activity+allows+a+sensitive+non-invasive+characterization+of+the+invasiveness+and+angiogenesis+of+SCC-xenografts.">Optical tomography of MMP-activity allows a sensitive non-invasive characterization of the invasiveness and angiogenesis of SCC-xenografts.</a> Neoplasia. 16 (3), 235-246 (2014).</li><li>Kunjachan, S., Pola, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Passive+versus+Active+Tumor+Targeting+Using+RGD-+and+NGR-Modified+Polymeric+Nanomedicines.">Passive versus Active Tumor Targeting Using RGD- and NGR-Modified Polymeric Nanomedicines.</a> Nano Letters. 14 (2), 972-981 (2014).</li><li>Schober, A., Nazari-Jahantigh, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-126-5p+promotes+endothelial+proliferation+and+limits+atherosclerosis+by+suppressing+Dlk1.">MicroRNA-126-5p promotes endothelial proliferation and limits atherosclerosis by suppressing Dlk1.</a> Nature Medicine. 20 (4), 368-376 (2014).</li><li>Aikawa, E., Nahrendorf, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Osteogenesis+associates+with+inflammation+in+early-stage+atherosclerosis+evaluated+by+molecular+imaging+in+vivo.">Osteogenesis associates with inflammation in early-stage atherosclerosis evaluated by molecular imaging in vivo.</a> Circulation. 116 (24), 2841-2850 (2007).</li><li>Gremse, F., H&#246;fter, A., Schwen, L., Kiessling, F., Naumann, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GPU-Accelerated+Sparse+Matrix-Matrix+Multiplication+by+Iterative+Row+Merging.">GPU-Accelerated Sparse Matrix-Matrix Multiplication by Iterative Row Merging.</a> SIAM Journal on Scientific Computing. , C54-C71 (2015).</li><li>Vasquez, K. O., Casavant, C., Peterson, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+Whole+Body+Biodistribution+of+Fluorescent-Labeled+Agents+by+Non-Invasive+Tomographic+Imaging.">Quantitative Whole Body Biodistribution of Fluorescent-Labeled Agents by Non-Invasive Tomographic Imaging.</a> PLoS ONE. 6 (6), e20594 (2011).</li><li>Theek, B., Gremse, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+EPR-mediated+passive+drug+targeting+using+contrast-enhanced+functional+ultrasound+imaging.">Characterizing EPR-mediated passive drug targeting using contrast-enhanced functional ultrasound imaging.</a> Journal of Controlled Release. 182 (1), 83-89 (2014).</li><li>Hyde, D., Schulz, R., Brooks, D., Miller, E., Ntziachristos, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Performance+dependence+of+hybrid+x-ray+computed+tomography/fluorescence+molecular+tomography+on+the+optical+forward+problem.">Performance dependence of hybrid x-ray computed tomography/fluorescence molecular tomography on the optical forward problem.</a> Journal of the Optical Society of America. A, Optics, Image Science, and Vision. 26 (4), 919-923 (2009).</li><li>Jacques, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optical+properties+of+biological+tissues:+a+review.">Optical properties of biological tissues: a review.</a> Physics in Medicine and Biology. 58 (11), R37 (2013).</li><li>Loening, A. M., Gambhir, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMIDE:+a+free+software+tool+for+multimodality+medical+image+analysis.">AMIDE: a free software tool for multimodality medical image analysis.</a> Molecular Imaging. 2 (3), 131-137 (2003).</li><li>Gremse, F., Schulz, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Qualitative+and+Quantitative+Data+Analysis.">Qualitative and Quantitative Data Analysis.</a> Small Animal Imaging. , 363-378 (2011).</li><li>Baiker, M., Milles, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Atlas-based+whole-body+segmentation+of+mice+from+low-contrast+Micro-CT+data.">Atlas-based whole-body segmentation of mice from low-contrast Micro-CT data.</a> Medical Image Analysis. 14 (6), 723-737 (2010).</li><li>Sevick-Muraca, E. M., Rasmussen, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+imaging+with+optics:+primer+and+case+for+near-infrared+fluorescence+techniques+in+personalized+medicine.">Molecular imaging with optics: primer and case for near-infrared fluorescence techniques in personalized medicine.</a> Journal of Biomedical Optics. 13 (4), 041303 (2008).</li></ol>

Felix Gremse Gremse-IT, Philips ve RWTH Aachen Üniversitesi Deneysel Moleküler Görüntüleme Bölümü ile işbirliği içinde tıbbi görüntü analizi için yazılım ve hizmetler sunan bir başlangıç ​​şirketinin kurucusu ve sahibidir.

Biz açıklamak ve multimodal uCT-FMT görüntüleme için bir protokol uygulanır. 17,21 - Ticari olarak mevcut ve yaygın olarak kullanılan FMT ve uCT cihazları 3,11,15 kullanın. Protokol belirli FMT gerektirir, uCT örneğin benzer işlevler ve karşılaştırılabilir Tarama parametrelerinin, bir başka uCT ile ikame edilmiş olabilir, görüş alanı belirteçleri içeren bir fare yatak karşılamak için yeterince büyük olmalıdır. FMT uCT veya MRI 21 ile birleştirilmeden biyolojik dağılım analizi için kullanılmıştır, ancak, anatomik veriler bölütleme uCT verileri 10 görülebilir, organ sınırları dayalı olabilir, çünkü tekrar elde edilebilirliğini arttırmak için de faydalıdır. Entegre uCT-FMT cihazları 2,7 geliştirilmiş olmasına rağmen, bunlar henüz ticari olarak mevcut değildir. Ayrıca, iki ayrı cihazların kullanımı boru, izin verir yani., Bir sonraki fare caİlk fare verimini artırmak için, FMT hala iken n uCT de görüntülü. Manuel iş yükünü azaltmak için, otomatik işaretleyici algılama ve füzyon gerçekleştirin. Bundan başka, fare şekil otomatik bölümlere ve bu bilgi önemli ölçüde floresans yeniden 11,13,22 artırır. Nicel floresan yeniden inşası için, emme ve saçılma haritalar 13,23 ihtiyaç vardır. Biz uCT verilerinin otomatik segmentasyon ve çeşitli doku tiplerinin bilinen saçılma katsayıları atama (akciğer, kemik, deri, yağ ve kalan yumuşak doku) 24 tarafından saçılma haritası elde. Daha sonra, bu tür, kalp ve karaciğerde 13,20 yanı sıra perfüze organlar için özellikle önemli olan, optik ham verilerden bir emme ilk yeniden. Birden çok zaman noktalarında çok fareler tarama hızlı veri sayıda sonuçlanır analiz edilecek olan ayarlar. BIODIS içinda¤ çalışmaları, çeşitli organların her biri uCT-FMT tarama için Parçalara gerekmektedir. Fare yeni defalarca fare yatağa konumlandırılmış çünkü ne yazık ki, segmentasyonları, yeniden edilemez. Biz burada Enstitümüzde geliştirilen interaktif segmentasyonu için bir araç kullanmak, ancak, diğer araçları da 25 uygun olabilir. Bu tür elips ve küpler 26 gibi basit şekiller daha karmaşık organlara daha iyi maç, çünkü voksel bilge segmentlerini oluşturur. Otomatik tüm hayvan segmentasyon daha sonra manuel iş yükünü azaltmak için 27 yararlı olacaktır, ama bir interaktif segmentasyon aracı hala segmentasyon hataları düzeltmek için gerekli olacaktır. Ayrıca, otomatik segmentasyon araçları gibi doğru patolojiler gibi özel durumları pek tahmin edebilirsiniz. Biz yerli uCT taramaları kullanmak için, örneğin dalak gibi bazı organların bile elle segmentinde çok zordur. Kontrast maddeler yardımcı olacağını, ancak tolere ile ilgili sorunlar var ve maintai zoruzunlamasına görüntüleme boyunca na sürekli kontrast madde dağılımı. Bizim fantom çalışması floresans rekonstrüksiyon için şekil bilgileri kullanılarak, sinyal lokalizasyonu geliştirilmiş olduğunu göstermektedir. İn vivo koşullarında, benzer bir gelişme erken zaman noktası için prob büyük bir miktarda halihazırda (enjeksiyondan 15 dakika sonra), belirgindir idrar torbası. hidroksiapatit bağlayıcı prob kemik ve eklemlerde birikir. Bu, yani sinyal zaten enjeksiyondan sonra omurga 15 dk açıkça görülebilir, meydana kadar hızlı dikkat çekiyor. Bu muhtemelen, hedef bölgelerine hızlı bir ekstravazasyonu ve difüzyon sağlar prob, düşük molekül ağırlığına neden olur. Prob, hedef hidroksiapatite kovalent bağlanan ve bağlanmamış prob atılır. Daha sonra zaman noktalarında için, 6 saat ve enjeksiyondan sonra 24 saat arasında, omurga sinyal yoğunluğu, muhtemelen, nispeten sabit kalır neredeyse hiç ışık yeniden çünküfloresan ağartmak için derin fare içine ağrıyor. Çalışmamızda için, enjeksiyon öncesi edinilen taramalar için belirgin olarak düşük eşiğe sonuçlanır 750 nm kanalı kullandı. Daha düşük dalga boylarında, daha fazla arka plan sinyali 28 beklenebilir. Özetle, biz ticari olarak mevcut FMT ve uCT cihazlar için multimodal görüntüleme protokol açıklar. Biz kombinasyon floresan yeniden inşası için fayda sağladığını göstermektedir. Biz biodistribution eğrileri interaktif organıdır segmentasyonu ve toplu işleme yoluyla görüntü verilerinin büyük miktarda çıkarılır nasıl göstermek. Biz bu standartlaştırılmış iş akışı, ilaç geliştirme ve floresan etiketli problar kullanılarak diğer görüntüleme çalışmaları için yararlı olabileceğine inanıyoruz.

Floresan aracılı tomografi olarak da adlandırılan floresan moleküler tomografi (FMT), kantitatif gibi anestezi fareler hatta insan vücut dokularında, örneğin, göğüsler ve parmak eklemlerinde olarak yaygın dokularda, floresan dağılımını değerlendirmek için gelecek vaat eden bir tekniktir. Hücre içi çözünürlükte 1 de yüzeysel hedeflerin görüntüleme sağlayan non-invaziv mikroskopi teknikleri, aksine, FMT düşük çözünürlükte 2 de olsa birkaç santimetre, derinliklerinde floresan kaynakların üç boyutlu rekonstrüksiyon verir. 5 - Birçok hedeflenen floresan probları görüntü anjiyogenez, apoptoz, inflamasyon, ve diğerleri 2 mevcuttur. Bazı problar, aktive edilebilir olup, örneğin., Florokromların unquenching giden özel enzim ayrılması yolu ile. Ayrıca, floresan proteinleri ifade raportör genler tümör hücre göçü 6 izlemek için, örneğin, görüntülü olabilir. FMT kuvvetle, örneğin, 2,7 veya MRG 8 uCT, anatomik bir modalite ile birlikte yararlanır. Tek başına FMT cihazları piyasada 9 mevcut iken, floresan görüntüleri anatomik referans bilgisi olmadan yorumlamak zordur. Son zamanlarda biz kaynaştırılmış anatomik görüntü verileri daha sağlam bir analiz 10 sağlayan, göstermek başardık. anatomik veriler aynı zamanda, doğru bir optik modellemesi ve floresan yeniden 11 için önemli olan, fare, dış şekil olarak ön bilgi sağlamak için de kullanılabilir. Ayrıca, optik saçılma ve emilim haritaları doku tiplerinin segmentasyon kullanılarak tahmin ve sınıf özgü katsayılar 12,13 atayarak edilebilir. Yakın-kızılötesi ışık için, hemoglobin melanin ve kürk 14 yanı sıra farelerde ana emici olduğunu. Göreceli kan hacmi büyüklüğe göre bölgesel farklılık olduğundan, bir emme haritası Quan için özellikle önemlidirtitative floresan rekonstrüksiyon 13. Invaziv olmayan görüntüleme cihazları kullanmanın bir avantajı, farenin çoklu zaman noktalarında, yani, uzunlamasına yansıması olmasıdır. Bu problar dinamik davranışı, yani hedef birikimi, biodistribution ve atılımı 10,15 değerlendirmek için, ya da hastalığın ilerlemesini 16 değerlendirmek önemlidir. Birden fazla zaman noktalarında birkaç fareler görüntüleme, görüntü veri setlerinin büyük miktarda ortaya çıkar. Karşılaştırılabilirliği etkinleştirmek için aşağıdaki iyi tanımlanmış ve belgelenmiş protokol ile, sistematik bir biçimde, yani elde edilmelidir. taramaları çok sayıda görüntü verilerinden niceliksel ölçümler ayıklamak için gerekli olan görüntü analizi, bir sorun teşkil etmektedir. Çalışmamızın amacı bazı çalışmalarda 10,13,15,17,18 boyunca biz kullanılan ve optimize bir uCT-FMT görüntüleme protokolü ayrıntılı bir açıklamasını sunmaktır. Biz açıklamakveri setleri oluşturulur, nasıl, işlenmiş görüntülenmiştir ve analiz. Bu 19, hidroksiapatite karşı bağlanan bir yerleşik moleküler prob, OsteoSense kullanılarak araştınlır ve görüntü kemik hastalıkları için kullanılabilir ve 2 biçimlenme. Hayvanlarla ilgili tüm işlemler, hayvan bakımı konusunda hükümet inceleme komitesi tarafından onaylanmıştır.

<table><tbody><tr><td>FMT (Fluorescence molecular tomography) FMT2500 LX</td><td>PerkinElmer</td><td>FMT2000</td><td>Device for fluorescence molecular tomography</td></tr><tr><td>&amp;micro;CT (micro computed tomography) Tomoscope Duo</td><td>CT Imaging GmbH</td><td>Tomoscope Duo</td><td>Device for micro computed tomography</td></tr><tr><td>Multimodal Mouse Bed</td><td>CT Imaging GmbH</td><td>Experimental builder</td><td>Partially transparent animal holder</td></tr><tr><td>IsoFlo (isoflurane, USP)</td><td>Abbott</td><td>05260-05</td><td>Isoflurane Inhalation anesthesia</td></tr><tr><td>Small animal anesthesia system</td><td>Harvard apparatus</td><td>726419</td><td>Complete Isoflurane Table-Top System</td></tr><tr><td>Chlorophyll-free mouse food</td><td>Ssniff</td><td>E15051</td><td>low chlorophyll / low fluorescence food</td></tr><tr><td>OsteoSense 750EX</td><td>PerkinElmer</td><td>NEV10053EX</td><td>Animal FMT contrast agent</td></tr><tr><td>Portex Fine Bore Polythene Tubing</td><td>Smith medical</td><td>800/100/120</td><td>Tube for injection catheter</td></tr><tr><td>Sterican 30g</td><td>BBraun</td><td>4656300</td><td>Hypodermic needle for catheter</td></tr><tr><td>Imeron</td><td>Altana pharma</td><td>INLA F.1/0203/3.5337.69</td><td>CT contrast agent for the phantom inclusions</td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Sigma</td><td>90-12-36-6</td><td>Agarose for phantom production</td></tr><tr><td>TiO2</td><td>Applichem</td><td>A1900,1000</td><td>Titanium oxyde as phantom scattering agent</td></tr><tr><td>Trypan blue</td><td>Fluka</td><td>93595</td><td>Trypan blue to adjust phantom light propagation</td></tr><tr><td>Cy7</td><td>Lumiprobe</td><td>15020</td><td>Fluorochrome for the phantom inclusions</td></tr><tr><td>Lipovenoes 20%</td><td>Fresenius Kabi</td><td>3094740</td><td>Lipid emulsion, scattering agent for FMT contrast agents</td></tr><tr><td>Definiens Developer XD Server</td><td>Definiens AG</td><td>Server XD</td><td>Software platform for automated segmentation</td></tr><tr><td>Imalytics Preclinical</td><td>ExMI/Gremse-IT</td><td>Version 2.0.1</td><td>Software for image fusion, reconstruction and analysis</td></tr><tr><td>NVIDIA Geforce Titan</td><td>Asus</td><td>GTXTITAN6GD5</td><td>High end computer graphics card, 6GB Memory</td></tr></tbody></table>

hybrid &#181;ct-fmt imaging and image analysis

Floresan-aracılı tomografi (FMT) in vivo, floresan dağılımı uzunlamasına ve nicel tespitine olanak ve yeni sondaların biyolojik dağılımını değerlendirmek ve yerleşik moleküler problar ya da raportör genler kullanılarak hastalığın ilerlemesini değerlendirmek için de kullanılabilir. örneğin, anatomik bir yöntemi ile kombine mikro bilgisayarlı tomografi (uCT), görüntü analizi için ve floresan rekonstrüksiyonu için faydalıdır. Biz nicel ölçümler ayıklamak için gerekli görüntü işleme aşamaları içeren multimodal uCT-FMT görüntüleme için bir protokol açıklar. Fareler hazırlanması ve görüntüleme yaptıktan sonra, çok modlu veri setleri kayıtlıdır. Daha sonra, gelişmiş bir floresans yeniden dikkate fare şeklini alır gerçekleştirilir. Kantitatif analiz için, organ segmentasyonları Etkileşimli segmentasyon aracını kullanarak anatomik verilere dayalı oluşturulan almaktadır. Son olarak, biyolojik dağılım Curves bir toplu işleme özelliğini kullanarak oluşturulur. Bu kemik ve eklemlerde bağlanan bilinen bir prob biyolojik dağılımını değerlendirerek yöntemin uygulanabilirliğini gösterir.

Biz hidroksiapatite bağlanan hedeflenen sonda, OsteoSense, bir biodistribution değerlendirmek için açıklanan protokol uygulandı. 3 fareleri (C57BL / 6 apoE - / - Ahsg - / - iki nakavt fareleri, 10 haftalık) görüntülenmiştir önce ve 15 dakika, 2 saat, 4 saat, 6 saat ve 2 nmol OsteoSense iv enjeksiyonundan 24 saat sonra. Bizim yazılım otomatik modlu fare yatağa yerleşik belirteçlerin tespit (Şekil 1, Şekil 2A, B) FMT (Şekil 2C, D) tarafından gerçekleştirilen floresan rekonstrüksiyonu ile anatomik uCT verilerinin füzyonu etkin. OsteoSense mesanede bir düşük molekül ağırlıklı, hızlı bir renal atılım ve bu nedenle, yüksek sinyalli bir prob olduğu tahmin edilmektedir. FMT floresan yeniden füzyonu gibi mesane (Şekil 2C, D) dışında yanlış sinyal olarak sorunları ortaya çıkardı. FMT fare gerçek şeklini bilmek ve bir blok şekli kabul etmez, çünkü bu sorunlar oluşur. Our yeniden uCT verilerinden doğru şeklini belirler ve saçılma üretir ve emilim mesane (Şekil 2E, F) için özellikle belirgindir daha iyi sinyal lokalizasyonu, daha doğru bir floresan yeniden etkinleştirmek için 13. eşler. Uygun bölgelere yeniden floresan atamak için, biz interaktif bizim yazılım (Şekil 3) kullanılarak çeşitli organları segmentli. 18 taramalar her biri için, 7 bölge uCT verilerine yani., Kalp, akciğer, karaciğer, böbrekler, omurga, bağırsak ve mesane göre segmente edildi. Daha sonra, program 126 bölgelerin her biri için ortalama floresan yoğunluğunu hesaplamak için kullanılmıştır. Neyse ki, yazılım tüm değerleri hesaplar ve tek e-tabloda bunları kaydeder bir toplu modunu sağlar. Floresan dağılımı görselleştirmek için, 3D kaplamalar her zaman noktası için üretilmiş,karşılaştırılabilir pencere ayarını (Şekil 4A-F) kullanarak. Sayısal Organ değerlerini kullanarak, biyolojik dağılım üç fareden (Şekil 4G) üzerinden Organ değerlerinin ortalaması alınarak hesaplanmıştır. enjeksiyon öncesi edinilen ön taramalar, ihmal edilebilir arka plan sinyalini gösterdi. 15 dakika enjeksiyonundan sonra, en güçlü sinyali nedeniyle hızlı böbrek atılımı, idrar kesesi ortaya çıktı. Sonraki zaman noktalarında kalan sonda kemik ve eklemlerde biriken etmişti. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/52770/52770fig1.jpg" /> Şekil 1. Multimodal Fare Yatak. (A) multimodal fare yatak sıkıca tutun fare iki akrilik cam plakalar içerir. sıkma iki vidayı kullanarak ayarlanır. Fare yatak görüntü füzyonu için belirteçleri (boş delikler) içerir. Anestezik gaz t ile sabitlenmiş esnek bir tüp kullanılarak verilirmaymun. (B) fare yatakta bir metal tutucu takılı ve dönen uCT Portalın merkezinde tutulur. Aksi halde, belirteçler yanlış doğru füzyon giden tahsis edilebilir, çünkü (Cı), fare Oda ve metal tutucusu ile aralarında bir boşluk kaçının. anestezik gaz tüp tüp konnektörü eklenmelidir. (D) fare yatağı doğru otomatik füzyon sağlamak için ön ile ilk FMT takılmalıdır. (E) belirteçleri otomatik işaretleyici tespiti ve füzyon için kullanılan FMT kamera görülebilir. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/52770/52770fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 2," src="/files/ftp_upload/52770/52770fig2.jpg" /> Şekil 2. Görüntü Fusion ve Yeniden. (A, B) İşaretleyiciler ve mou dış şekliSE otomatik bölütleme algoritması ile tespit edilir. (C, D) OsteoSense enjeksiyonundan sonra 15 dakika prob önemli bir miktarda daha önce mesane içine atılır edilmiştir. UCT verilerle satıcı tarafından sağlanan yeniden eritme sonra, sorunlar görünür hale gelir. Sinyalin Çoğu mesane çevresindeki değil mesane içinde görünen ve bazı sinyal bile havada görünür. FMT bir blok şeklinde fare varsayar çünkü bu olur. UCT verilerinden türetilen fare şeklini kullanarak (E, F) Bizim gelişmiş floresan rekonstrüksiyonu, mesane içindeki floresan daha iyi lokalizasyon sonuçları. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/52770/52770fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/52770/52770fig3.jpg" /> Figürün 3. Etkileşimli Organ Segmentat. iyon (A) floresan dağılımını ölçmek için çeşitli organlar segmente edilmiş: Kalp (kırmızı), akciğer (pembe), karaciğer (kahverengi), mide (bej), omurga (mor), böbrekler (sarı), bağırsak (yeşil) ve idrar kesesi (altın). (B) güçlü çevre doku ile karşılaştırıldığında tezat olan akciğer, eşikleme ve bölgesi doldurma kullanılarak parçalı edilir. Mesane, böbrekler ve kalp gibi (C) Yuvarlak organları, &quot;karalamalar&quot; seçeneğini kullanarak segmentlere ayrılırlar. Daha karmaşık bir şekil, örneğin, karaciğer ve mide ile (D) organlar aşamalı karalamalar kullanılarak segmente edilir. Omurga segmenti için, yüksek bir eşik segmentine tüm kemikleri uygulanır. Sonra bazı kemikler, örneğin. Omurga kalır kadar, kaburga, uzak kesilir. <a href="https://www-jove-com.bdigitaluss.remotexs.co/files/ftp_upload/52770/52770fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> Şekil 4. Biyodistribüsyon. Biodistribution değerlendirmek için, fareler çeşitli zaman noktalarında (AF) ile taranır. (A) ön tarama, enjeksiyon öncesi, 750 nm kanalında küçük bir arka plan sinyalini gösterir. (B) 15 dakika enjeksiyonundan sonra, prob önemli bir miktarda idrar torbasının içinde zaten. Fare dışında bazı floresan ile sonuçlanır (C), 2 saat zaman noktasında, fare idrar vardı. Daha sonra zaman noktalarında (DF), sinyal omurga ve diz, kemik ve eklem, yani. Ağırlıklı olarak görünür. (G) sayısallaştırılmış floresan konsantrasyonu seçilen organlar için gösterilir.

Watch this Scientific Journal Video about Hybrid Ã‚ÂµCT-FMT imaging and image analysis at JoVE.com

Hybrid  &#181;CT-FMT imaging and image analysis

We describe a protocol for hybrid imaging, combining fluorescence-mediated tomography (FMT) with micro computed tomography (&#181;CT). After fusion and reconstruction, we perform interactive organ segmentation to extract quantitative measurements of the fluorescence distribution.

Hibrid uCT-FMT görüntüleme ve görüntü analizi

Fluorescence-mediated tomography (FMT) enables longitudinal and quantitative determination of the fluorescence distribution in vivo and can be used to ...

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Hybrid &#181;CT-FMT imaging and image analysis

13.1K Görüntüleme.  RWTH Aachen University. We describe a protocol for hybrid imaging, combining fluorescence-mediated tomography (FMT) with micro computed tomography (µCT). After fusion and reconstruction, we perform interactive organ segmentation to extract quantitative measurements of the fluorescence distribution.

Video: Hybrid  µCT-FMT imaging and image analysis

High Resolution 3D Imaging of Ex-Vivo Biological Samples by Micro CT

Non-destructive volume visualization can be achieved only by tomographic techniques, of which the most efficient is the x-ray micro computerized tomography (&mu;CT).
High resolution &mu;CT is a very versatile yet accurate (1-2 microns of resolution) technique for 3D examination of ex-vivo biological samples1, 2. As opposed to electron tomography, the &mu;CT allows the examination of up to 4 cm thick samples. This technique requires only few hours of measurement as compared to weeks in histology. In addition, &mu;CT does not rely on 2D stereologic models, thus it may complement and in some cases can even replace histological methods3, 4, which are both time consuming and destructive. Sample conditioning and positioning in &mu;CT is straightforward and does not require high vacuum or low temperatures, which may adversely affect the structure. The sample is positioned and rotated 180&deg; or 360&deg;between a microfocused x-ray source and a detector, which includes a scintillator and an accurate CCD camera, For each angle a 2D image is taken, and then the entire volume is reconstructed using one of the different available algorithms5-7. The 3D resolution increases with the decrease of the rotation step. The present video protocol shows the main steps in preparation, immobilization and positioning of the sample followed by imaging at high resolution.

High Resolution 3D Imaging of Ex-Vivo Biological Samples by Micro CT

Non-destructive volume visualization can be achieved only by tomographic techniques, of which the most efficient is the x-ray micro computerized tomography ( CT).

Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme Ex-Vivo Biyolojik örnekler Micro CT

Non-destructive volume visualization can be achieved only by tomographic techniques, of which the most efficient is the x-ray micro computerized ...

Biyomühendislik

Contrast Enhanced Vessel Imaging using MicroCT

Microscopic computed tomography (microCT) offers high-resolution volumetric imaging of the anatomy of living small animals. However, the contrast between different soft tissues and body fluids is inherently poor in micro-CT images 1. Under these circumstances, visualization of blood vessels becomes a nearly impossible task. To overcome this and to improve the visualization of blood vessels exogenous contrast agents can be used. Herein, we present a methodology for visualizing the vascular network in a rodent model. By using a long-acting aqueous colloidal polydisperse iodinated blood-pool contrast agent, eXIA 160XL, we optimized image acquisition parameters and volume-rendering techniques for finding blood vessels in live animals. Our findings suggest that, to achieve a superior contrast between bone and soft tissue from vessel, multiple-frames (at least 5-8/ frames per view), and 360-720 views (for a full 360&deg; rotation) acquisitions were mandatory. We have also demonstrated the use of a two-dimensional transfer function (where voxel color and opacity was assigned in proportion to CT value and gradient magnitude), in visualizing the anatomy and highlighting the structure of interest, the blood vessel network. This promising work lays a foundation for the qualitative and quantitative assessment of anti-angiogenesis preclinical studies using transgenic or xenograft tumor-bearing mice.

Contrast enhanced small animal vessel imaging by microCT is a rapid, cost-effective and high-throughput technique for serial in situ examination for tumor development, for analyzing the network of blood vessels that nourish them, and for following the response of tumors to preclinical therapeutic intervention(s).

Kontrast Geliştirilmiş Gemi Görüntüleme MicroCT kullanarak

Microscopic computed tomography (microCT) offers high-resolution volumetric imaging of the anatomy of living small animals. However, the contrast between ...

Tıp

Correlative Microscopy for 3D Structural Analysis of Dynamic Interactions

Cryo-electron tomography (cryoET) allows 3D visualization of cellular structures at molecular resolution in a close-to-physiological state1. However, direct visualization of individual viral complexes in their host cellular environment with cryoET is challenging2, due to the infrequent and dynamic nature of viral entry, particularly in the case of HIV-1. While time-lapse live-cell imaging has yielded a great deal of information about many aspects of the life cycle of HIV-13-7, the resolution afforded by live-cell microscopy is limited (~ 200 nm). Our work was aimed at developing a correlation method that permits direct visualization of early events of HIV-1 infection by combining live-cell fluorescent light microscopy, cryo-fluorescent microscopy, and cryoET. In this manner, live-cell and cryo-fluorescent signals can be used to accurately guide the sampling in cryoET. Furthermore, structural information obtained from cryoET can be complemented with the dynamic functional data gained through live-cell imaging of fluorescent labeled target.
In this video article, we provide detailed methods and protocols for structural investigation of HIV-1 and host-cell interactions using 3D correlative high-speed live-cell imaging and high-resolution cryoET structural analysis. HeLa cells infected with HIV-1 particles were characterized first by confocal live-cell microscopy, and the region containing the same viral particle was then analyzed by cryo-electron tomography for 3D structural details. The correlation between two sets of imaging data, optical imaging and electron imaging, was achieved using a home-built cryo-fluorescence light microscopy stage. The approach detailed here will be valuable, not only for study of virus-host cell interactions, but also for broader applications in cell biology, such as cell signaling, membrane receptor trafficking, and many other dynamic cellular processes.

We describe a correlative microscopy method that combines high-speed 3D live-cell fluorescent light microscopy and high-resolution cryo-electron tomography. We demonstrate the capability of the correlative method by imaging dynamic, small HIV-1 particles interacting with host HeLa cells.

Dinamik Etkileşimler 3D Yapısal Analiz için karşılıklı Mikroskopi

Cryo-electron tomography (cryoET) allows 3D visualization of cellular structures at molecular resolution in a close-to-physiological state1. However, ...

Microfocus X-ray CT (microCT) Imaging of Actinia equina (Cnidaria), Harmothoe sp. (Annelida), and Xenoturbella japonica (Xenacoelomorpha)

Traditionally, biologists have had to rely on destructive methods such as sectioning in order to investigate the internal structures of opaque organisms. Non-destructive microfocus X-ray computed tomography (microCT) imaging has become a powerful and emerging protocol in biology, due to technological advancements in sample staining methods and innovations in microCT hardware, processing computers, and data analysis software. However, this protocol is not commonly used, as it is in the medical and industrial fields. One of the reasons for this limited use is the lack of a simple and comprehensible manual that covers all of the necessary steps: sample collection, fixation, staining, mounting, scanning, and data analyses. Another reason is the vast diversity of metazoans, particularly marine invertebrates. Because of marine invertebrates&#8217; diverse sizes, morphologies, and physiologies, it is crucial to adjust experimental conditions and hardware configurations at each step, depending on the sample. Here, microCT imaging methods are explained in detail using three phylogenetically diverse marine invertebrates: Actinia equina (Anthozoa, Cnidaria), Harmothoe sp. (Polychaeta, Annelida), and Xenoturbella japonica (Xenoturbellida, Xenacoelomorpha). Suggestions on performing microCT imaging on various animals are also provided.

Microfocus X-ray CT microCT Imaging of Actinia equina Cnidaria, Harmothoe sp. Annelida, and Xenoturbella japonica Xenacoelomorpha

Here, protocols for performing microfocus X-ray computed tomography (microCT) imaging of three marine invertebrate animals are explained in detail. This study describes steps such as sample fixation, staining, mounting, scanning, image reconstruction, and data analyses. Suggestions on how the protocol can be adjusted for different samples are also provided.

Actinia equina (cnidaria), harmothoe Sp. (Annelida) ve xenoturbella japonica (xenacoelomorpha) Microfocus X-Ray CT (MicroCT) görüntüleme

Traditionally, biologists have had to rely on destructive methods such as sectioning in order to investigate the internal structures of opaque organisms. ...

Çevre

Leveraging Micro-CT Scanning to Analyze Parasitic Plant-Host Interactions

Micro-CT scanning has become an established tool in investigating plant structure and function. Its non-destructive nature, combined with the possibility of three-dimensional visualization and virtual sectioning, has allowed novel and increasingly detailed analysis of complex plant organs. Interactions among plants, including between parasitic plants and their hosts, can also be explored. However, sample preparation before scanning becomes crucial due to the interaction between these plants, which often differ in tissue organization and composition. Furthermore, the broad diversity of parasitic flowering plants, ranging from highly reduced vegetative bodies to trees, herbs, and shrubs, must be considered during the sampling, treatment, and preparation of parasite-host material. Here two different approaches are described for introducing contrast solutions into the parasite and/or host plants, focusing on analyzing the haustorium. This organ promotes connection and communication between the two plants. Following a simple approach, details of haustorium tissue organization can be explored three-dimensionally, as shown here for&#160;euphytoid, vine, and mistletoe parasitic species. Selecting specific contrasting agents and application approaches also allow detailed observation of endoparasite spread within the host body and detection of direct vessel-to-vessel connection between parasite and host, as shown here for an obligate root parasite. Thus, the protocol discussed here can be applied to the broad diversity of parasitic flowering plants to advance the understanding of their development, structure, and functioning.

Micro-CT is a non-destructive tool that can analyze plant structures in three dimensions. The present protocol describes the sample preparation to leverage micro-CT to analyze parasitic plant structure and function. Different species are used to highlight the advantages of this method when coupled with specific preparations.

Parazitik bitki-konakçı etkileşimlerini analiz etmek için mikro-BT taramasından yararlanma

Micro-CT scanning has become an established tool in investigating plant structure and function. Its non-destructive nature, combined with the possibility ...

Whole Animal Imaging of Drosophila melanogaster using Microcomputed Tomography

Biomedical imaging tools permit investigation of molecular mechanisms across spatial scales, from genes to organisms. Drosophila melanogaster, a well-characterized model organism, has benefited from the use of light and electron microscopy to understand gene function at the level of cells and tissues. The application of imaging platforms that allow for an understanding of gene function at the level of the entire intact organism would further enhance our knowledge of genetic mechanisms. Here a whole animal imaging method is presented that outlines the steps needed to visualize Drosophila at any developmental stage using microcomputed tomography (&#181;-CT). The advantages of &#181;-CT include commercially available instrumentation and minimal hands-on time to produce accurate 3D information at micron-level resolution without the need for tissue dissection or clearing methods. Paired with software that accelerate image analysis and 3D rendering, detailed morphometric analysis of any tissue or organ system can be performed to better understand mechanisms of development, physiology, and anatomy for both descriptive and hypothesis testing studies. By utilizing an imaging workflow that incorporates the use of electron microscopy, light microscopy, and &#181;-CT, a thorough evaluation of gene function can be performed, thus furthering the usefulness of this powerful model organism.

Whole Animal Imaging of Drosophila melanogaster using Microcomputed Tomography

A protocol is presented that allows for the visualization of intact Drosophila melanogaster at any stage of development using microcomputed tomography.

Mikro bilgisayarlı Tomografi kullanılarak Drosophila melanogaster'ın Tüm Hayvan Görüntülemesi

Biomedical imaging tools permit investigation of molecular mechanisms across spatial scales, from genes to organisms. Drosophila melanogaster, a ...

Gelişim Biyolojisi

Rigid Embedding of Fixed and Stained, Whole, Millimeter-Scale Specimens for Section-free 3D Histology by Micro-Computed Tomography

For over a hundred years, the histological study of tissues has been the gold standard for medical diagnosis because histology allows all cell types in every tissue to be identified and characterized. Our laboratory is actively working to make technological advances in X-ray micro-computed tomography (micro-CT) that will bring the diagnostic power of histology to the study of full tissue volumes at cellular resolution (i.e., an X-ray Histo-tomography modality). Toward this end, we have made targeted improvements to the sample preparation pipeline. One key optimization, and the focus of the present work, is a straightforward method for rigid embedding of fixed and stained millimeter-scale samples. Many of the published methods for sample immobilization and correlative micro-CT imaging rely on placing the samples in paraffin wax, agarose, or liquids such as alcohol. Our approach extends this work with custom procedures and the design of a 3-dimensional printable apparatus to embed the samples in an acrylic resin directly into polyimide tubing, which is relatively transparent to X-rays. Herein, sample preparation procedures are described for the samples from 0.5 to 10 mm in diameter, which would be suitable for whole zebrafish larvae and juveniles, or other animals and tissue samples of similar dimensions. As proof of concept, we have embedded the specimens from Danio, Drosophila, Daphnia, and a mouse embryo; representative images from 3-dimensional scans for three of these samples are shown. Importantly, our methodology leads to multiple benefits including rigid immobilization, long-term preservation of laboriously-created resources, and the ability to re-interrogate samples.

We developed protocols and designed a custom apparatus to enable embedding of millimeter-scale specimens. We present sample preparation procedures with an emphasis on embedding in acrylic resin and polyimide tubing to achieve rigid immobilization and long-term storage of specimens for the interrogation of tissue architecture and cell morphology by micro-CT.

Katı, sabit ve lekeli, genel olarak, milimetre ölçekli örnekler için bölüm ücretsiz 3D Histoloji mikro bilgisayarlı tomografi tarafından katıştırma

For over a hundred years, the histological study of tissues has been the gold standard for medical diagnosis because histology allows all cell types in ...

Use of Micro X-ray Computed Tomography with Phosphotungstic Acid Preparation to Visualize Human Fibromuscular Tissue

Manual dissection and histological observation are common methods used to investigate human tissues. However, manual dissection can damage delicate structures&#160;while processing and histological observation provide limited information through cross-sectional imaging. Micro X-ray computed tomography (microCT) is an effective tool for obtaining three-dimensional information without damaging specimens. However, it shows limited efficiency in differentiating soft tissue parts. Use of contrast-enhancing agents, like phosphotungstic acid (PTA), can solve this problem by improving soft tissue contrast. We implemented microCT with PTA to investigate the human orbicularis retaining ligament (ORL), which is a delicate structure in the orbit area. In this method, harvested specimens are fixed in formalin, dehydrated in serial ethanol solutions, and stained with a PTA solution. After staining, microCT scanning, 3D reconstruction, and analysis are performed. Skin, ligaments, and muscles can be clearly visualized using this method. The specimen size and duration of staining are essential features of the method. The suitable specimen thickness was about 5&#8211;7 mm, above which the process was slowed, and the optimum duration was 5&#8211;7 days, below which an empty hole in the central area occasionally occurred. To maintain the location and direction of small pieces during cutting, sewing on the same region of each part is recommended. Furthermore, preliminary analyses of the anatomical structure are needed to correctly identify each piece. Parafilm can be used to prevent drying, but care should be taken to prevent specimen distortion. Our multidirectional observation showed that the ORL is composed of a multilayered meshwork of continuous plates, rather than thread-like fibers, as reported previously. These results suggest that microCT scanning with PTA is useful for examining specific compartments within complex structures of human tissue. It may be helpful in the analyses of cancer tissues, nerve tissues, and various organs, like the heart and liver.

Micro X-ray computed tomography is effective in obtaining three-dimensional information from undamaged human specimens but has limited success in observing soft tissues. The use of phosphotungstic acid contrast agent can resolve this issue. We implemented this contrast agent to examine human delicate fibromuscular tissues (the orbicularis retaining ligament).

İnsan Fibromusküler Doku Görselleştirmek için Fosfotungstik Asit Hazırlık ile Mikro X-Ray Bilgisayarlı Tomografi Kullanımı

Manual dissection and histological observation are common methods used to investigate human tissues. However, manual dissection can damage delicate ...

Cihazlar arasında iki klinik öncesi görüntüleme modalitesinin etkili bir şekilde birlikte kaydedilmesi

Multimodal Cross-Device and Marker-Free Co-Registration of Preclinical Imaging Modalities

Integrated preclinical multimodal imaging systems, such as X-ray computed tomography (CT) combined with positron emission tomography (PET) or magnetic resonance imaging (MRI) combined with PET, are widely available and typically provide robustly co-registered volumes. However, separate devices are often needed to combine a standalone MRI with an existing PET-CT or to incorporate additional data from optical tomography or high-resolution X-ray microtomography. This necessitates image co-registration, which involves complex aspects such as multimodal mouse bed design, fiducial marker inclusion, image reconstruction, and software-based image fusion. Fiducial markers often pose problems for in vivo data due to dynamic range issues, limitations on the imaging field of view, difficulties in marker placement, or marker signal loss over time (e.g., from drying or decay). These challenges must be understood and addressed by each research group requiring image co-registration, resulting in repeated efforts, as the relevant details are rarely described in existing publications.
This protocol outlines a general workflow that overcomes these issues. Although a differential transformation is initially created using fiducial markers or visual structures, such markers are not required in production scans. The requirements for the volume data and the metadata generated by the reconstruction software are detailed. The discussion covers achieving and verifying requirements separately for each modality. A phantom-based approach is described to generate a differential transformation between the coordinate systems of two imaging modalities. This method showcases how to co-register production scans without fiducial markers. Each step is illustrated using available software, with recommendations for commercially available phantoms. The feasibility of this approach with different combinations of imaging modalities installed at various sites is showcased.

Yazar Spotlight: Birden Fazla Preklinik Görüntüleme Modalitesinin Otomatik Füzyonu için Verimli ve Sağlam Bir Yazılım

The combination of multiple imaging modalities is often necessary to gain a comprehensive understanding of pathophysiology. This approach utilizes phantoms to generate a differential transformation between the coordinate systems of two modalities, which is then applied for co-registration. This method eliminates the need for fiducials in production scans.

Preklinik Görüntüleme Modalitelerinin Multimodal Cihazlar Arası ve İşaretleyicisiz Ortak Kaydı

Integrated preclinical multimodal imaging systems, such as X-ray computed tomography (CT) combined with positron emission tomography (PET) or magnetic ...

Hibrid uCT-FMT görüntüleme ve görüntü analizi

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme Ex-Vivo Biyolojik örnekler Micro CT

Kontrast Geliştirilmiş Gemi Görüntüleme MicroCT kullanarak

Dinamik Etkileşimler 3D Yapısal Analiz için karşılıklı Mikroskopi

Actinia equina (cnidaria), harmothoe Sp. (Annelida) ve xenoturbella japonica (xenacoelomorpha) Microfocus X-Ray CT (MicroCT) görüntüleme

Parazitik bitki-konakçı etkileşimlerini analiz etmek için mikro-BT taramasından yararlanma

Mikro bilgisayarlı Tomografi kullanılarak Drosophila melanogaster'ın Tüm Hayvan Görüntülemesi

Katı, sabit ve lekeli, genel olarak, milimetre ölçekli örnekler için bölüm ücretsiz 3D Histoloji mikro bilgisayarlı tomografi tarafından katıştırma

İnsan Fibromusküler Doku Görselleştirmek için Fosfotungstik Asit Hazırlık ile Mikro X-Ray Bilgisayarlı Tomografi Kullanımı

Preklinik Görüntüleme Modalitelerinin Multimodal Cihazlar Arası ve İşaretleyicisiz Ortak Kaydı

Preklinik Görüntüleme Modalitelerinin Multimodal Cihazlar Arası ve İşaretleyicisiz Ortak Kaydı