הפרוטוקול של תוכנת JUMPn נועד להקל על פרשנות ביולוגית של נתוני פרוטאומיקה כמותית. התוכנה מסוגלת לארגן את החלבון השלם בהיררכיית שכבות של אשכולות ביטוי משותף ומודולי האינטראקציה של חלבונים. יש לציין כי תוכנת JUMPn מייעלת את הניתוח של אשכולות ביטויים משותפים, העשרת מסלולים וזיהוי מודול PPI.
הוא מספק ממשק ידידותי למשתמש והדמיה אינטראקטיבית של הנתונים והרשתות. בעוד שהדגמנו בהצלחה את היישום של JUMPn בניתוח נתוני פרוטאום שלם, השיטה ניתנת להרחבה בקלות לסוגי נתונים אחרים, כולל ניתוח פוספופרוטאומיקה ונתונים אינטראקטיביים מספקטרומטריית מסת טיהור זיקה. כדי להגדיר את תוכנת JUMPn, הורד את קוד המקור מאתר האינטרנט והתקן את התוכנה במסוף שורת הפקודה.
כדי להפעיל את תוכנת JUMPn, שנה את הספריה הנוכחית לתיקיית הביצוע על-ידי הקלדת ביצוע תקליטורים במסוף, ולאחר מכן הזן את הטקסט במסוף כדי להפעיל את ה- JUMPn בדפדפן האינטרנט. בדף הבית של JUMPn, לחץ על כפתור ניתוח תחילת העבודה כדי להתחיל את ניתוח JUMPn, ולאחר מכן בפינה השמאלית התחתונה של דף ניתוח תחילת העבודה, לחץ על לחצן העלה הדגמה B-Cell Proteomic Data כדי להציג הודעה על הצלחת העלאת הנתונים. בפינה השמאלית התחתונה של הדף, לחץ על הלחצן שלח ניתוח JUMPn כדי ליזום את הפעלת ההדגמה באמצעות פרמטרים המוגדרים כברירת מחדל.
סרגל התקדמות יציין את מהלך הניתוח. המתן עד למילוי סרגל ההתקדמות. לאחר סיום הפעלת ההדגמה, תופיע תיבת דו-שיח עם הודעת הרצת ההצלחה והנתיב המוחלט לתיקיית התוצאות, ולאחר מכן לחץ על המשך לכרטיסייה 'המשך לתוצאות'.
כאשר דף האינטרנט מכוון לתוצאות אשכול הביטויים המשותפים על-ידי אלגוריתם WGCNA, לחץ על הצג תוצאות בחלון הדיאלוג כדי להמשיך. בצד שמאל של דף התוצאות 1 דף פלט WGCNA, מצא את תבניות הביטוי המשותף של החלבון והשתמש בתבנית בחר את הביטוי כדי לנווט בין שתי תבניות איור. דמות Boxplot תיבחר כברירת מחדל.
בחר מגמות"tab כדי להציג את תרשים המגמות, כאשר כל שורה מייצגת את שפע החלבון הבודד בין הדגימות. הצבע של כל שורה מייצג עד כמה תבנית הביטוי קרובה לקונצנזוס של אשכול הביטויים המשותפים. בצד ימין של דף הפלט של WGCNA, ניתן לראות את מפת החום של העשרת המסלולים האונטולוגיים.
במפת חום, המסלולים המועשרים ביותר עבור כל אשכול יוצגו יחד. לאחר מכן, גלול מטה בדף האינטרנט כדי להציג את תבנית הביטוי עבור חלבונים בודדים. השתמש בתיבה הנפתחת, בחר את אשכול הביטויים המשותפים כדי לבחון חלבונים מכל אשכול, ולאחר מכן בחר חלבון מסוים בטבלה שעליה תעודכן באופן אוטומטי תרשים הבר שמתחת לטבלה כדי לשקף את שפע החלבונים שלו.
עבור שמות חלבונים ספציפיים, השתמש בתיבת החיפוש בצד ימין של הטבלה. מאוחר יותר, התבונן בתוצאות האינטראקציה בין חלבון לחלבון או על PPI על-ידי לחיצה על פלט PPI של עמוד התוצאות 2 בחלק העליון. כדי לקבל את התוצאות עבור אשכול ביטויים משותף ספציפי, לחץ על בחר את הכרטיסיה בחר את אשכול הביטויים המשותפים".
התצוגות של כל לוחות האיור יעודכנו עבור האשכול החדש שנבחר. בחלונית האיור השמאלית, הצג את רשתות ה- PPI עבור אשכול הביטויים המשותפים שנבחר באמצעות התיבה הנפתחת 'בחר לפי קבוצה' ולסמן מודולי PPI בודדים בתוך הרשת, ולאחר מכן עבור על התיבה שנבחרה בתבנית פריסת הרשת כדי לשנות את פריסת הרשת. שימוש בעכבר ובמשטח המגע, הגדל את התצוגה או הקטן את התצוגה של רשת PPI כדי להציג את שמות הגנים של כל צומת ברשת.
כאשר מגדילים את התצוגה, בחרו ולחצו על חלבון מסוים כדי להדגיש את החלבון ואת שכניו ברשת. ברשת, גרור צומת מסוים כדי לשנות את מיקומו בפריסה וארגן מחדש את פריסת הרשת. בחלונית הימנית של דף התוצאות של PPI, חקור את המידע ברמת האשכול של הביטוי המשותף המסייע בפרשנות של תוצאות PPI.
ניתן להציג את תבנית הביטוי המשותף באשכול שנבחר כ- boxplot כברירת מחדל. בחר מגמות"כדי להציג מגמות המתארות את תבנית הביטוי המשותף ולאחר מכן בחר בעלילת סרגל מסלול כדי להציג מסלולים מועשרים באופן משמעותי עבור אשכול הביטוי המשותף עם תרשים מעגל המסלול, הצג מסלולים מועשרים באופן משמעותי עבור אשכול הביטויים המשותפים בתבנית העלילה המעגלית. כדי להציג תוצאות ברמת מודול PPI בודדת, גלול מטה בדף התוצאה לדף האינטרנט של פלט PPI והרחב את התיבה הנפתחת בחר את המודול כדי לבחור מודול PPI ספציפי לתצוגה.
הצג את מודול ה- PPI בחלונית השמאלית, תפעל את תצוגת הרשת כפי שהוסבר קודם לכן. בחלונית הימנית, הצג את תוצאות ההעשרה האונטולוגית של המסלול, ולאחר מכן השתמש בתיבה הנפתחת בחר את התיבה הנפתחת 'בחר את סגנון ההערה של המסלול' ובכרטיסיה 'סמן ברפלוט' כדי להציג מידע נוסף ולהציג מסלולים מועשרים באופן משמעותי עבור מודול ה-PPI שנבחר. תרשים מעגל טיק כדי להציג מסלולים מועשרים באופן משמעותי עבור מודול ה- PPI שנבחר בתבנית של חלקת מעגל ולהשתמש במפת חום כדי להציג מסלולים מועשרים באופן משמעותי ושמות הגנים הקשורים.
לכו על Tab Table כדי להציג את תוצאות העשרת המסלולים המפורטות, כולל שם המסלולים, מונחי אונטולוגיה, שמות גנים וערך P על ידי הבדיקה המדויקת של פישר. עקוב אחר הנתיב המוחלט המודפס בראש עמודי התוצאות ומצא את טבלת הגיליון האלקטרוני של הפרסום. JUMPn פותחה עם פלטפורמת R מבריקה לממשק ידידותי למשתמש ומשלבת שלושה מודולים פונקציונליים עיקריים.
ניתוח אשכולות של ביטויים משותפים, ניתוח העשרת מסלולים וניתוח רשת PPI. לאחר כל ניתוח התוצאות מוצגות באופן אוטומטי בהתאמה שלנו באמצעות פונקציות הווידג'ט המבריקות R וניתנות להורדה בקלות כטבלאות פרסום ופורמט Microsoft Excel. לצורך ניתוח רשת PPI, רשת PPI מורכבת נערכה על ידי שילוב של STRING, BioPlex ובמסדי נתונים של הודעות מיידיות באינטרנט.
רשת PPI הממוזגת הסופית מכסה יותר מ -20, 000 גנים אנושיים עם 1, 100, 000 קצוות. אינטראקציה מקיפה זו כלולה ומתפרסמת בחבילה עם תוכנת JUMPn לניתוח PPI רגיש. גישות מבוססות רשת הממנפות הן רשתות ביטוי משותף והן רשתות אינטראקציה של חלבונים יכולות לשמש כשיטה נוספת להסקת פעילות בגורמי שעתוק וקינאזות.
