Séquençage de l’ARN unicellulaire d’embryons entiers de souris mutantes : de l’épiblaste à la fin de la gastrulation

Nous nous concentrons sur le déchiffrage des mécanismes contrôlant les décisions précoces de destin cellulaire lors de la différenciation des cellules souches embryonnaires, à la fois in vitro et dans des modèles murins. Des réseaux de régulation complexes guident la différenciation au cours du développement, et nous étudions comment l’interaction des voies de signalisation, des facteurs de transcription et des régulateurs épigénétiques favorise différents destins cellulaires. L’étude du processus dynamique et rapide de gastrulation chez la souris est techniquement difficile en raison du petit nombre de cellules par embryon et du nombre limité d’embryons avec le génotype souhaité par portée.

Bien que la littérature montre abondamment l’étude de cellules uniques à l’aide de populations d’embryons de type sauvage ou activées par fluorescence, une analyse complète des embryons présentant des mutations de lignée est encore limitée. Notre protocole offre la possibilité de générer des ensembles de données omiques unicellulaires à partir d’embryons gastrulants porteurs de mutations de lignée. Il aidera les scientifiques qui n’ont pas ou peu d’expérience de manipulation de souris ou qui souhaitent apprendre la manipulation précoce de l’embryon ou les approches unicellulaires.

Notre protocole aidera à répondre à de nouvelles questions scientifiques sur la gastrulation et l’organogenèse précoce, y compris le développement cardiaque. Nous fournissons un pipeline pour analyser les embryons mutants spécifiques à la lignée à la résolution d’une seule cellule, ce qui facilitera l’analyse du rôle d’un gène spécifique dans l’engagement de la lignée. Nous espérons utiliser cette méthodologie pour comprendre les mécanismes de régulation des décisions de destin cellulaire au cours du processus rapide et dynamique de gastrulation.