通过化学交联质谱法进行四元结构建模:扩展 TX-MS Jupyter 报告

此方法使用 Jupyter Notebook 的强大功能来提供信息丰富且具有视觉吸引力的报告，同时允许用户以可重现和可追溯的方式扩展和自定义报告。这种灵活的技术允许以足够详细的方式捕获所有用户修改，以便在以后的时间范围内或由不同的用户复制。虽然这种方法通常适用于任何研究领域，但它主要是为Mucor生命科学设计的，Mucor生命科学是一个可以产生复杂数据的研究领域。

在开始分析之前，请打开靶向交联质谱网站。导航到网站后，将出现一个欢迎屏幕，提供 TX MS.web 服务的高级描述。在教程选项卡下，可以观察到所提供服务的详细说明，包括有关如何使用服务以及如何分析结果的信息。

在下载选项卡下，可以下载软件和资源。所有软件都可以在开源许可证下使用。在"许可证"选项卡下，BSD 3 条款许可证明确地使软件尽可能广泛地使用。

"联系人"选项卡提供用于提交问题或评论的联系信息。要提交请求用户凭据的电子邮件，请返回 Cheetah 选项卡，然后单击页面底部的电子邮件地址超链接。在电子邮件正文的主题行中输入相关信息。

我们将尽快发送回复。收到包含用户凭据的确认电子邮件后，登录并将质谱数据上传到网站。单击提交工作流，然后输入标题和说明。

然后单击查看工作流程并选择 Cheetah 工作流程。按照向导操作后，使用联机查看器检查 Jupyter Notebook。要安装 JupyterHub，请按照说明安装 Docker，并下载 JupyterHub Docker 容器和 Jupyter openBIS 扩展。

启动 Docker 后，运行 P8171:8000 malmstroem/jove:latest 容器。导航到指定的网址，并使用用户名和密码用户登录。若要下载报表，请单击 Python 3 中的"新建"以打开一个包含无标题笔记本的新选项卡。

单击 Jupyter 工具菜单中的配置 openBIS 连接，然后输入 TX MS 作为名称，输入 TX MS Web 地址作为 URL，来宾为用户，G-U-E-S-T-P-A-S-S-W-D 作为密码。选择新连接，然后单击"选择连接"以搜索报告。然后单击，在单元格中下载并运行全部以返回报告。

要扩展报表，请单击下面的单元格并插入，以在底部添加新单元格。然后单击代码并按 Shift 和 Enter 键以执行单元格。要上传报告，请点击上传按钮以创建新的数据集。

M1和白蛋白的代表性结构具有映射在结构上的顶部交联，如下所示。所有交联均通过靶向交联质谱法解析高分辨率MS1数据依赖和独立采集数据后获得，计算模型由RosettaDock协议提供。重要的是要记住，蛋白质的相互作用在稳定性方面是多种多样的。

因此，您的结果可能会有所不同。目前的方法仅限于二元相互作用，因此不能应用于更复杂的蛋白质四元结构。但是，对单个对进行建模可以为构建更复杂的结构提供良好的基础。

关于结合界面的细节在许多方面都很有用，例如，建议可以稳定或破坏蛋白质相互作用的突变。因此，这有助于更好地理解蛋白质 - 蛋白质相互作用的作用。