وبما أن التدفق الأوعية الدموية الدقيقة يختلف بين الشعيرات الدموية والتغيرات على مدى فترة زمنية من ثوان، وهناك حاجة إلى طريقة لالكمية المستمرة للتدفق عبر حقول بأكملها. يتيح الموظفون قياسًا مستمرًا تقريبًا لسرعات التدفق عبر حقول المجهر بأكملها ، في غضون ساعات ، مما قد يستغرق أشهرًا للحصول عليه يدويًا. على الرغم من أن هذه الإجراءات واضحة ، فإن العرض التوضيحي المرئي سيساعد المستخدمين الجدد بشكل كبير على التنقل بين الموظفين لأول مرة.
لاستخدام TrakEM2 لتعريف شبكة الأوعية الدموية، حدد أولاً ملف وجديد و TrakEM2 فارغ لإعداد مشروع جديد فارغ TrakEM2، وحدد المجلد الجديد الذي يحتوي على صورة واحدة من الفيلم كمجلد المشروع. سيتم فتح نوافذ TrakEM2. انقر بزر الماوس الأيمن فوق منطقة العمل الرئيسية وحدد استيراد واستيراد صورة.
انتقل إلى الصورة المحفوظة المفردة وحدد الصورة. انقر بزر الماوس الأيمن في منطقة العمل الرئيسية مرة أخرى وحدد عرض وتغيير حجم اللوحة/LayerSet تلقائيًا. ثم، انقر بزر الماوس الأيمن في إطار العمل الرئيسي.
ستقوم الصورة بملء منطقة العمل. لتحديد المساحات في الصورة التي تحتوي على شبكة الأوعية الدموية، في نافذة TrakEM2 الأصغر، انقر بزر الماوس الأيمن فوق قالب أي شيء، وحدد إضافة جديد الطفل وقائمة المنطقة. في إطار TrakEM2 أصغر، اسحب قالب أي شيء إلى Project Objects، مشروع بدون عنوان.
ثم اسحب القالب أي شيء، قائمة المناطق، إلى Project Objects، المشاريع التي لا يحمل عنوانًا، أي شيء. ضمن Project Objects، مشروع بدون عنوان، ستكون القائمة منطقة أي شيء موجودة الآن. في إطار TrakEM2 الرئيسي تحت علامة التبويب Z Space، سيتم إنشاء شريط يحمل اسم قائمة المناطق.
انقر فوق لتحديد القائمة. في نافذة TrakEM2 الرئيسية، حدد أداة فرشاة الطلاء وانقر فوق Shift أثناء تشغيل عجلة الماوس لتحديد حجم فرشاة الطلاء أصغر من قطر الأوعية الدموية من الفائدة. اضغط على التحكم S لحفظ المشروع.
باستخدام أداة فرشاة الطلاء، قم بطلاء شبكة الأوعية الدموية، باستثناء أي مناطق خارج التركيز. عند اكتمال وضع العلامات، انقر بزر الماوس الأيمن في نافذة TrakEM2 الرئيسية وحدد تصدير وقوائم المنطقة كتسميات. في النافذة المنبثقة، حدد مقياس، 100٪ ثم قم بتصدير قائمة المناطق بالكامل.
أغلق الإطارات TrakEM2 وحدد نعم لحفظ المشروع. سيتم فتح صورة قائمة المنطقة وقد تظهر كصورة سوداء فارغة. في قائمة فيجي الرئيسية، حدد الصورة، وضبط، والسطوع/التباين.
في نافذة السطوع والتباين، انقر فوق تلقائي وستصبح قائمة المناطق مرئية. في قائمة فيجي الرئيسية، حدد الصورة وجداول البحث وجدول البحث المقلوب. حفظ هذه الصورة من التسميات السوداء على خلفية بيضاء كملف t-i-f وإغلاق الصورة.
افتح ملف التسميات في فيجي وحدد الإضافات، والهيكل العظمي، وعيون الهيكل العظمي. ثم، حفظ صورة عيون الهيكل العظمي كملف t-i-f. لإنشاء مشروع جديد للموظفين، حدد الإضافات ووحدات الماكرو وفتح/إنشاء مشروع واتبع المطالبات لإنشاء ملف تكوين أو تحديثه.
من القائمة فتح/إنشاء مشروع، انتقل إلى وحدد مجلد ملف الإدخال دليل المشروع والملفات "إدخال الفيلم" و "الهيكل العظمي". إدخال القيم لأقصى سرعة قياس وأقصى سرعة تعيين و الحد الأدنى لطول القطعة وحجم البيكسل ومعدل الإطار. تحقق من مربع تصحيح الوميض إذا كانت الصور لها وميض كثافة الخلفية الدورية وانقر فوق موافق. اضبط المعلمات للحصول على أفضل تصور للبيانات.
تعيين السرعة القصوى تعيين لتضمين حوالي 95 بالمائة من البيانات، بحيث يتم تعيين البيانات عبر النطاق الكامل لمقياس اللون. لتحليل الهيكل العظمي، حدد الإضافات، وحدات الماكرو، وتحليل الهيكل العظمي. سيتم فتح ملف الهيكل العظمي وسيتم فتح مدير منطقة الاهتمام وتشغيله.
في إدارة منطقة الاهتمام، انقر فوق إظهار الكل والتسمية ثم انقر فوق موافق. لتحديد الفواصل الزمنية، حدد الإضافات ووحدات الماكرو وتحرير الفترات الزمنية وانتظر الماكرو لإنشاء kymograph من مقطع واحد خلال الوقت الإجمالي للفيلم. استخدم مفاتيح التحكم زائد وطرح لزيادة حجم kymograph حسب الحاجة واستخدام أداة التحديد المستطيل لرسم مستطيل حول كل فاصل زمني. اضغط على المفتاح T أو انقر فوق الزر إضافة لتسجيل تحديد الفاصل الزمني وكرر التحديد لفواصل زمنية كثيرة حسب الرغبة.
لتقييم اختيارات المعلمة، حدد ثلاثة إلى أربعة فواصل زمنية وقم بإكمال التحليل لهذه الفواصل الزمنية فقط. انقر فوق موافق عند اكتمال تحديد الفاصل الزمني. سيظهر إطار منبثق عند حفظ الفواصل الزمنية المحددة في مجلد المشروع.
انقر فوق موافق. لتحليل التدفق، حدد الإضافات ووحدات الماكرو وتحليل التدفق. سيتم فتح مربع الحوار تحليل معلمات التدفق وعرض القيم المدخلة في الخطوة فتح/إنشاء مشروع. تحرير هذه القيم إذا لزم الأمر ثم انقر فوق موافق. سيتم فتح مربع الحوار "أسماء ملفات الإخراج" وعرض الأسماء التي تم إدخالها في الخطوة فتح/إنشاء مشروع.
تحرير هذه الأسماء حسب الضرورة ثم انقر فوق موافق لبدء تحليل التدفق. عند ظهور مربع حوار يشير إلى أنه تم تحليل التدفق، انقر فوق موافق لتخزين نتائج التحليل في ملفات جدول بيانات CSV. لإنتاج خرائط مكانية، حدد الإضافات، وحدات الماكرو، وإنتاج خريطة مكانية.
سيتم فتح نافذة معلمات الخريطة المكانية عرض القيم المدخلة في الخطوة فتح/إنشاء مشروع. تحرير هذه القيم حسب الضرورة ثم انقر فوق موافق. سيتم إنشاء تسلسل زمني للخرائط المكانية لسرعات التدفق مع كل لون يشير إلى سرعة التدفق. قم بالتمرير خلال المكدس الذي تم إنشاؤه من صورة واحدة لكل فاصل زمني لتصور الاختلافات المكانية والزمانية في التدفق وحفظ المكدس كملف a-v-i لمشاركة الملف كفيلم.
يقوم تحليل الموظفين بإنشاء تعداد كامل للسرعات الوعائية الدقيقة عبر حقول المجهر بأكملها ، على مدى فترات زمنية تمتد من ثوان إلى دقائق. على سبيل المثال، باستخدام صورة واحدة في هذه السلسلة الزمنية من الشبكة الأوعية الدموية الدقيقة في كبد الماوس، تم استخدام الصورة الهيكلة العظمية التي تم إنشاؤها لتحديد محور التدفق الأوعية الدموية الدقيقة، مما يسمح للخريطة التي تم إنشاؤها من الموظفين من شرائح الأوعية الدموية الفردية لتحديد كمية التدفق اللاحقة. من شرائح الأوعية الدموية الفردية التي تم إنشاؤها من الصورة الهيكلية ، يمكن إنشاء كيموغرافيات تمثل الكثافة على طول كل قطعة خط مع مرور الوقت.
يمكن استخدام فترات وقت العرض من الهيكل العظمي والمستخدم لكسر kymograph لكل قطعة إلى فواصل زمنية فردية للجزء. ويحدد الموظفون بعد ذلك الزاوية السائدة في الكيموغراف من كل فاصل زمني من الأجزاء ويوفر قياسات السرعة المحسوبة كملفات بيانات CSV. يمكن استخدام مخرجات CSV للموظفين لتحليل توزيع السرعة الإجمالية لتمكين رسم السرعة في أجزاء الأوعية الدموية الفردية بمرور الوقت.
ويمكن تصورها كمكدسات من الصور خريطة السرعة المرمزة بالألوان. لاحظ أن النتائج التي جاءت من الموظفين تعتمد على جودة سلسلة الصور، فيما يتعلق باستقراء العينة ومعدل الإطارات والدقة ونسبة الإشارة إلى الضوضاء. تسمح مخرجات خريطة سرعة الموظفين باستكشاف بديهي لنمط التدفق المكاني بينما تتيح مخرجات CSV للموظفين إجراء التحليل الإحصائي لسرعات التدفق، سواء داخل مجموعات المعالجة أو فيما بينها.
