Name: regioselective o-glycosylation of nucleosides via the temporary 2',3'-diol protection by a boronic ester for the synthesis of disaccharide nucleosides
Uploaded: 2018-07-26T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 46 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides at JoVE

Bu araştırma grants-in-aid Milli Eğitim Bakanlığı, kültür, spor, bilim ve teknoloji (MEXT) Japonya dan tarafından finanse edildi (NOS 15K 00408, 24659011, 24640156, 245900425 ve 22390005 Shin Aoki için), Tokyo biyokimyasal araştırma hibe tarafından Vakfı, Tokyo, Japonya ve Stratejik Araştırma alanları için TUS (Tokyo Üniversitesi bilim) Fonu tarafından. Noriko Sawabe (Eczacılık Bilimleri Fakültesi, Tokyo Üniversitesi bilim) NMR spectra, Fukiko Hasegawa (Eczacılık Bilimleri Fakültesi, Tokyo Üniversitesi bilim) ölçümleri için kütle ölçüleri için teşekkür etmek istiyorum Spectra ve elemental analizler ölçümleri için Tomoko Matsuo (Fen ve teknoloji, Tokyo Üniversitesi Bilim Araştırma Enstitüsü).

Not: Bir önceki kağıt51de tüm deneysel veriler [NMR, kızılötesi spectroscopies (IR), kitle spectroscopies (MS), optik rotasyonlar ve elemental analizler veri] sentezlenen bileşiklerin bildirildi.
1. O- glikozilasyon reaksiyonlar için yordamı
<ol><li>Bileşik α/β-12 (Tablo 1'deki giriş 12) sentezi Not: Tablo 1 1-13 girişlerinde benzer bir yordam kullanılarak yapılmıştır.<ol>
<li>
2', 3'-diol ribonucleoside40 geçici koruma
		<ol>
<li>Bir 10 mL armut biçimli şişesi (1 cep şişesi) dağıtılması mannosyl donör α -9 (28,4 mg, 0.0486 mmol)52, uridine 10 (7,9 mg, 0.0324 mmol) ve 4-(trifluoromethyl) phenylboronic asit 11 c (9,3 mg, 0.0490 mmol) içinde susuz pyridine (0,40 mL). Not: 1.1.3.1 adımda tepki karışım kabı 2 (bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişe ile ona bağlı bir septum) transfer edileceği, armut biçimli bir 10 mL şişe kullanımı önerilir moleküler içeren toz Sita.</li>
			<li>(1.1.1.1. adımda elde.) tepki karışımı susuz pyridine (0.40 mL, 3 x) ve susuz 1,4-dioxane (0.40 mL, 3 x), oda sıcaklığında yaklaşık 40 ° C ile birlikte herhangi bir su kaldırmak için buharlaşır.</li>
			<li>(1.1.1.2. adımda elde.) Kalıntı susuz 1,4-dioxane (0,32 mL) içinde dağıtılması ve boronic ester (geçici koruma) oluşturmak 1 h için onun reflü sıcaklığında tepki karışımı ilave edin.</li>
			<li>Bir vakum pompası tarafından takip bir rotary evaporatör kullanarak solvent kaldırın.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Moleküler elekler aktivasyonu
		<ol>
<li>Bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişeye (şişeye 2) bağlı bir septum ile 4 ekleyin Å moleküler elekler toz (64 mg). Not: Uygun moleküler elekler (Å Asetonitril için) için 3 ve 4 Å 1,4-dioxane, diklorometan ve propionitrile Glikozilasyon için kullanılan çözücü göre seçilmelidir.</li>
			<li>Moleküler elekler atmosferik basınç altında bir mikrodalga ısı ve onları bir vakum pompası (3 x) tarafından tahliye düşük basınç altında serin ve daha sonra düşük basınç altında ısı silahla hava argon gazı ile birkaç kez değiştirirken kuru onları.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Glikozilasyon
		<ol>
<li>Adım 1.1.1.4 kalıntısı geçiyoruz. şişeye propionitrile (0,64 mL) 1 veya diğer maddeleri ve bu çözüm şişeye 2 transfer. Not: Asetonitril, 1,4-dioxane, diklorometan ve propionitrile kullanılan yazılar 1-7 ve 9, giriş 10, giriş 11 ve girişleri 8, 12 ve 13, anılan sıraya göre.</li>
			<li>Şişeye 2 0,5 h-40 ° C'ye soğutma tarafından takip için oda sıcaklığında tepki karışımı ilave edin Not: Sıcaklık (diklorometan ve propionitrile için-40 ° C), oda sıcaklığında için 1,4-dioxane ve -20 ° C için Asetonitril Glikozilasyon için kullanılan çözücü göre değiştirildi.</li>
			<li>Gümüş triflate (49,9 mg, 0.194 mmol) ve p -toluenesulfenyl klorür (12,8 µL, 0.0968 mmol) 1.1.3.2. adımda kullanılan aynı sıcaklıkta tepki karışıma ekleyin.</li>
			<li>1,5 saat için aynı sıcaklıkta tepki karışımı ilave edin.</li>
			<li>Reaksiyon hekzan/etil asetat ile ince katmanlı Kromatografi (TLC) tarafından kontrol [3/glikosil bağış kontrol etmek için 1 (v/v)] [saklama faktörü (Rf) (donör α -9) 0.63 =] ve kloroform/metanol ile [10/1 (v/v))] glikosil kontrol etmek alıcısı ve ürünleri [Rf (alıcısı 10) 0.03, Rf (istenen ürün) = 0,50 =].</li>
			<li>Reaksiyon karışımı ile doymuş sulu sodyum bikarbonat (1.0 mL) gidermek, kloroform (2.0 mL) ile sulandırmak, CELITEile çözünmez malzemeyi kaldır ve dikkatle CELITE kloroform (20 mL) ile yıkayın.</li>
			<li>Filtrate (organik katman) doymuş sulu sodyum bikarbonat (20 mL, 3 x) ve 100 mL HCI'yi huni kullanarak tuzlu su (20 mL) ile yıkayın.</li>
			<li>Sodyum sülfat ile elde edilen organik katman kuru, çözünmez malzemeleri filtre ve rotary evaporatör kullanarak filtrate konsantre ol.</li>
			<li>Kabaca sütun Kromatografi tarafından kalan kalıntıları arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 50/1 (v/v)] ham 5' göze-O-(6"-O- asetil-2", 3", 4"- tri-Ey- Benzil-α/β-ᴅ-mannopyranosyl) Üridin içeren bir yan (15,2 mg, renksiz şurubu) küçük miktarı.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Asetilasyon
		<ol>
<li>5 mL şişede susuz pyridine (0.20 mL) 1.1.3.9 adımda hazırlanan elde edilen ham bileşik geçiyoruz.</li>
			<li>N,NEkle-dimetil-4-aminopyridine (katalitik tutar) ve asetik anhidrit (20.4 µL, 0.0216 mmol: 10 eşdeğerleri üzerinde ham bileşik dayalı) 0 ° C'de çözüm için</li>
			<li>0,5 h bir oda sıcaklığına ısınmaya tarafından takip için aynı sıcaklıkta tepki karışımı ilave edin.</li>
			<li>Gecede karıştırma sonra TLC ile tepki kloroform/metanol ile kontrol [30/1 (v/v)] [Rf (α/β-12) 0.45 =].</li>
			<li>Kloroform (20 mL) ile reaksiyon karışımı sulandırmak.</li>
			<li>Organik katman 1 M hidroklorik asit (20 mL, 3 x), doymuş sulu sodyum bikarbonat (20 mL, 3 x) ve 100 mL HCI'yi huni kullanarak tuzlu su (20 mL) ile yıkayın.</li>
			<li>Sodyum sülfat ile elde edilen organik katman kuru, çözünmez malzemeleri filtre ve rotary evaporatör kullanarak filtrate konsantre ol.</li>
			<li>Sütun Kromatografi tarafından kalan kalıntıları arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 90/1 (v/v)] α/β vermek-12 (15,8 mg, %61, α/β = 1.6/1, renksiz amorf katı).</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Bileşikler β-22 β-30 (Tablo 2) ve β-33 (Tablo 3) sentezi Not: Bir sentez β-22-β-30ve β-33benzer bir yordam kullanılarak gerçekleştirilmiştir.<ol><li>Bileşik β-22 (Tablo 2'deki giriş 1) sentezi
		<ol>
<li>
2', 3'-diol ribonucleoside, geçici koruma
			<ol>
<li>Bir 10 mL armut biçimli şişesi (3 cep şişesi) dağıtılması adenozin 13 (20.4 mg, 0.0763 mmol), galactosyl donör β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol)53ve 4-(trifluoromethyl) phenylboronic asit 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol) içinde susuz pyridine (0,76 mL). Not: tepki karışımı şişesi 4 (bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişe ile ona bağlı bir septum) transfer edileceği Çünkü armut biçimli bir 10 mL şişe kullanılması tavsiye edilir moleküler içeren Sita toz adımda 1.2.1.3.1.</li>
				<li>(1.2.1.1.1 adımda elde.) tepki karışımı susuz pyridine (0,76 mL, 3 x) ve susuz 1,4-dioxane (0,76 mL, 3 x), oda sıcaklığında yaklaşık 40 ° C ile birlikte herhangi bir su kaldırmak için buharlaşır.</li>
				<li>(1.2.1.1.2 adımda elde.) Kalıntı susuz 1,4-dioxane (0,76 mL) içinde dağıtılması ve boronic ester (geçici koruma) oluşturmak 1 h için onun reflü sıcaklığında tepki karışımı ilave edin.</li>
				<li>Bir vakum pompası tarafından takip bir rotary evaporatör kullanarak solvent kaldırın.</li>
			</ol>
</li>
			<li>
Moleküler elekler aktivasyonu
			<ol>
<li>Bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişeye (şişesi 4) bağlı bir septum ile 4 ekleyin Å moleküler elekler toz (150 mg).</li>
				<li>Moleküler elekler atmosferik basınç altında bir mikrodalga ısı ve onları bir vakum pompası (3 x) tarafından tahliye düşük basınç altında serin ve daha sonra düşük basınç altında ısı silahla hava argon gazı ile birkaç kez değiştirirken kuru onları.</li>
			</ol>
</li>
			<li>
Glikozilasyon
			<ol>
<li>Adım 1.2.1.1.4 kalıntısı geçiyoruz. şişeye propionitrile (1,50 mL) 3 içinde ve bu çözüm şişesi 4 transfer.</li>
				<li>0,5 h,-40 ° C'ye soğutma tarafından takip için oda sıcaklığında tepki karışımı ilave edin</li>
				<li>Aynı sıcaklıkta tepki karışıma gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol) ve p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol) 1.2.1.3.2 adımda belirtildiği gibi ekleyin.</li>
				<li>1,5 saat için aynı sıcaklıkta tepki karışımı heyecan.</li>
				<li>TLC ile tepki hekzan/etil asetat ile kontrol [2/glikosil bağış kontrol etmek için 1 (v/v)] [Rf (donör β -21) 0.62 =] ve kloroform/metanol ile [10/kontrol glikosil alıcısı ve ürün [Rf (alıcısı 13-1 (v/v)] ) 0,05, Rf (istenen ürün) = 0,30 =].</li>
				<li>Reaksiyon karışımı ile doymuş sulu sodyum bikarbonat (2.0 mL) gidermek, kloroform (3,0 mL) ile sulandırmak, CELITEaracılığıyla çözünmez malzemeyi kaldır ve dikkatle kloroform (30 mL) ile CELITE yıkayın.</li>
				<li>Filtrate (organik katman) doymuş sulu sodyum bikarbonat (30 mL, 3 x) ve 100 mL HCI'yi huni kullanarak tuzlu su (30 mL) ile yıkayın.</li>
				<li>Sodyum sülfat ile elde edilen organik katman kuru, çözünmez malzemeleri filtre ve rotary evaporatör kullanarak filtrate konsantre ol.</li>
				<li>Sütun Kromatografi tarafından kalan kalıntıları arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 30/1 (v/v)] β -22 (27,4 mg, %42, renksiz katı) göze.</li>
			</ol>
</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-23 (Tablo 2'deki giriş 2) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 14 (28,4 mg, 0.0765 mmol)54, β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117.8 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 50/1 (v/v)] β-23 (21,9 mg, %30, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -23) 0,37 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-24 (Tablo 2'deki giriş 3) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 15 (21.6 mg, 0.0763 mmol), β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 8/1 (v/v)] β -24 (8.1 mg, %12, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -24) 0,20 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-25 (Tablo 2 giriş 4) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 16 (27.0 mg, 0.0764 mmol)55, β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117.8 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 20/1 (v/v)] β -25 (31,4 mg, %44, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -25) 0,27 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-26 (Tablo 2'deki giriş 5) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 10 (18,6 mg, 0.0762 mmol), β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol), 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 40/1 (v/v)] β -26 (26,1 mg, %42, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -26) 0.45 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-27 (Tablo 2'deki giriş 6) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 17 (19,7 mg, 0.0763 mmol), β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 40/1 (v/v)] β -27 (33,8 mg, %53, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -27) 0,50 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-28 (Tablo 2'deki giriş 7) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 18 (20,0 mg, 0.0763 mmol), β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol), 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform sonra etil asetat/kloroform 1/1 (v/v) =] β-28 (38.8 mg, %61, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -28) 0,33 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-29 (Tablo 2'deki giriş 8) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 19 (18,5 mg, 0.0761 mmol), β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol), 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 10/1 (v/v)] β -29 (34.1 mg, %55, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -29) 0.25 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-30 (Tablo 2 giriş 9) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 20 (26,6 mg, 0.0766 mmol)56, β -21 (80.6 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117.8 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 50/1 (v/v)] β -30 (28.0 mg, %40, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -30) 0.48 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-33 (giriş 1 Tablo 3'de) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 18 (20,0 mg, 0.0762 mmol), β -31 (80,4 mg, 0,114 mmol)57, 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 30/1 (v/v)] β -33 (34,5 mg, %54, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -33) 0,33 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>2. deprotection β-28 (Şekil 2)
<ol><li>5 mL şişede β -28 (25,2 mg, 0.0300 mmol) ve metanol (2.0 mL)5810 M methylamine ekleyin.</li>
	<li>0 ° c 2 h oda sıcaklığına ısınmaya tarafından takip için tepki karışımı ilave edin.</li>
	<li>13 h için karışımı karıştırma sonra TLC ile tepki kloroform/metanol ile kontrol [10/1 (v/v)] [Rf (β -35) 0,20 =].</li>
	<li>Rotary evaporatör kullanarak tepki karışımı konsantre.</li>
	<li>Su (15 mL) elde edilen kalıntı dağıtılması ve diklorometan (15 mL, 3 x) katmanı sulu yıkama 50 mL HCI'yi huni kullanarak.</li>
	<li>Rotary evaporatör kullanarak sulu katman konsantre.</li>
	<li>Partiye Hazırlık yüksek performanslı sıvı kromatografi tarafından (HPLC) kalan kalıntıları arındırmak [sütun: (octadecylsilane) sütun ODS (20Φ x 250 mm), eluent: su (%0,1 [v/v] trifluoroacetic asit içerir), akış hızı: 8.0 mL/dk, algılama: 266 nm, Sıcaklık: 25 ° C, saklama süresi: 20 dk] β -35 (7,9 mg, %62, renksiz amorf katı)59vermek.</li>
</ol>3. NMR çalışmaları çevrimsel Boronic Ester (Şekil 3 ve 4)
<ol><li>
Hazırlık ve 36 ölçümü
	<ol>
<li>10 mL şişeye, armut biçimli Üridin 10 (34,3 mg, 0,140 mmol) ve 4-(trifluoromethyl) çözmek phenylboronic asit 11 c (40.0 mg, 0.211 mmol) içinde susuz pyridine (1.00 mL).</li>
		<li>Reaksiyon karışımı susuz pyridine (1.00 mL, 3 x) ve susuz 1,4-dioxane (1.00 mL, 3 x), oda sıcaklığında yaklaşık 40 ° C ile birlikte herhangi bir su kaldırmak için buharlaşır.</li>
		<li>Kalıntı susuz 1,4-dioxane (1,40 mL) içinde dağıtılması ve boronic ester (geçici koruma) oluşturmak 1 h için onun reflü sıcaklığında tepki karışımı ilave edin.</li>
		<li>5 mL flakon tepki karışıma (0,14 mL) dağıtmak.</li>
		<li>Çözücü bir vakum pompası tarafından takip bir rotary evaporatör kullanarak 5 mL flakon kaldırın.</li>
		<li>Asetonitril -d3 (0,64 mL) elde edilen kalıntı 36 geçiyoruz.</li>
		<li>1H, 11B ve 19F NMR spectroscopies bir kuvars NMR tüp 25 ° C'de kullanarak ölçmek</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Hazırlık ve 38 ölçümü
	<ol>
<li>11 c (40.0 mg, 0.211 mmol) tepki karışımı 38 hazırlamak adım 3.1 benzer işlem kullanmakta.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Bu yazının amacı sıkıcı koruma grubunun manipülasyon olmadan korunmasız ribonucleosides kullanarak disaccharide nükleozitler hazırlamak için uygun bir sentetik Yöntem göstermektir. Biz burada regioselective O- glycosylations, nükleozit ile geçici 2', 3'-diol koruma çevrimsel boronic ester (Şekil 1B)51tarafından rapor.
Çevrimsel boronic ester ara hazırlanması önemli adımlardan biridir...

Conjugates bir nükleozit ve karbonhidrat yan vardır disaccharide nükleozitler bağlı yolu ile bir O-glycosidic bağ, doğal olarak meydana gelen karbonhidrat türevleri1,2 değerli bir sınıf teşkil ,3,4,5,6,7. Örneğin, tRNA (transfer ribonükleik asit) ve poly(ADP-ribose) biyolojik oluştururlar içinde dahil edilmiştir (ADP adenozin nükleotittir =), yanı sıra bazı antibakteriyel ajanları ve diğer biyolojik olarak aktif maddeler (Örneğin, adenophostins, amicetins, ezomycin)5,6,8,9,10,11,12,13, 14,15,16,17,18,19. Bu nedenle, disaccharide nükleozitler ve onların türevleri ilaç bulma araştırma için kurşun bileşikleri olması bekleniyor. Metodolojisi disaccharide nükleozitler sentezi için üç kategoride sınıflandırılır; enzimatik O- glikozilasyon20,21, kimyasal N- glikozilasyon5,9,16,22,23, 24ve kimyasal O- glikozilasyon7,9,14,16,18,19,24, 25,26,27,28,29,30,31,32,33, 34,35,36,37. Özellikle, kimyasal O- glikozilasyon stereoselective sentezi ve disaccharide nükleozitler büyük ölçekli sentezi için verimli bir yöntem olacaktır. Önceki araştırma O- glikozilasyon 2'-deoxyribonucleoside 2 thioglycosyl donör 1 p- toluenesulfenyl klorür ve gümüş triflate, bileşimini kullanarak, affords göstermiştir istenen disaccharide nükleozit 3 (resim 1A; AR aril ve PG = koruma grubu =)38.
Bu sonuçlar O- glikozilasyon ribonucleosides p- toluenesulfenyl klorür/gümüş triflate organizatörü sistemi uygulayarak, geliştirmeye karar verdi. Ise O- glikozilasyon kısmen korunmuş ribonucleosides, çeşitli örnekler gösterdi7,9,14,16,18,olabilirdi19 ,24,32,33,34,35,36,37, korumasız veya geçici olarak korunan kullanımı ribonucleosides O- Glikozilasyon için glikosil alıcısı olarak negligibly bildirilmiştir. Bu nedenle, regioselective O- glikozilasyon, korumasız veya geçici olarak korunan ribonucleosides gelişimi ribonucleosides grubu işlemler koruma olmadan daha faydalı bir sentetik yöntemi sağlar. Regioselective O- glikozilasyon ribonucleosides, elde etmek için biz üzerinde bor bileşikleri, çünkü odaklı regio - ve/veya stereoselective asilasyonu, alkillenme, silylation ve karbonhidrat glikozilasyon çeşitli örnekler türevleri destekli tarafından boronic veya borinic asit-si olmak be39,40,41,42,43,44,45 bildirdi ,46,47,48,49,50. Bu makalede, biz regioselective O- glikozilasyon ribonucleosides yolu ile boronic ester ara 5'-hidroksil grubu, kullanan disaccharide nükleozitler sentezi için yordamı göstermek. Burada sunulan stratejisinde boronic ester ara 6 ribonucleoside 4 , regioselective O- glikozilasyon sağlayan boronic asit ile 5, esterleşme tarafından tanınan disaccharide nükleozit 8 (Şekil 1B)51vermek 5'-hidroksil grubuyla thioglycosyl donör 7 . Ayrıca boronic ester oluşumu gözlemlemek için nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi tarafından ribonucleoside ve boronic asit etkileşimi okudu. Boronic ester ve glikozilasyon tepki yapmak esterleşme boronic ester ve glikosil donör hidroliz önlemek için susuz koşulları gerektirir. Bu makalede, araştırmacılar ve öğrenciler Kimya hem de diğer araştırma alanlarında başarılı glikozilasyon reaksiyonlar için susuz koşulları elde etmek için tipik yordamlar gösterir.

<table><tbody><tr><td>Silver trifluoromethanesulfonate</td><td>Nacalai Tesque</td><td>34945-61</td><td></td></tr><tr><td>Phenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>B0857</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;p&lt;/em&gt;-Methoxyphenylboronic acid</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>321-69201</td><td></td></tr><tr><td>4-(Trifluoromethyl)phenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>T1788</td><td></td></tr><tr><td>2,4-Difluorophenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>D3391</td><td></td></tr><tr><td>Cyclopentylboronic acid (contains varying amounts of Anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>C2442</td><td></td></tr><tr><td>4-Nitrophenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>N0812</td><td></td></tr><tr><td>4-Hexylphenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>H1489</td><td></td></tr><tr><td>Adenosine</td><td>Merck KGaA</td><td>862.</td><td></td></tr><tr><td>Guanosine</td><td>Acros Organics</td><td>411130050</td><td></td></tr><tr><td>Cytidine</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>C0522</td><td></td></tr><tr><td>Uridine</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>U0020</td><td></td></tr><tr><td>5-Fluorouridine</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>F0636</td><td></td></tr><tr><td>5-Methyluridine</td><td>Sigma</td><td>M-9885</td><td></td></tr><tr><td>Methylamine (40% in Methanol,&amp;nbsp;ca. 9.8mol/L)</td><td>Tokyo Chemical Industry</td><td>M1016</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;N,N&lt;/em&gt;-dimethyl-4-aminopyridine</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>044-19211</td><td></td></tr><tr><td>Acetic anhydride</td><td>Nacalai Tesque</td><td>00226-15</td><td></td></tr><tr><td>Pyridine, Dehydrated</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>161-18453</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitrile</td><td>Kanto Chemical</td><td>01031-96</td><td></td></tr><tr><td>1,4-Dioxane</td><td>Nacalai Tesque</td><td>13622-73</td><td></td></tr><tr><td>Dichloromethane</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>130-02457</td><td></td></tr><tr><td>Propionitrile</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>164-04756</td><td></td></tr><tr><td>Molecular sieves 4A powder</td><td>Nacalai Tesque</td><td>04168-65</td><td></td></tr><tr><td>Molecular sieves 3A powder</td><td>Nacalai Tesque</td><td>04176-55</td><td></td></tr><tr><td>Celite 545RVS</td><td>Nacalai Tesque</td><td>08034-85</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitrile-D3 (D,99.8%)</td><td>Cambridge Isotope Laboratories</td><td>DLM-21-10</td><td></td></tr><tr><td>Trifluoroacetic acid</td><td>Nacalai Tesque</td><td>34831-25</td><td></td></tr><tr><td>TLC Silica gel 60 F&lt;sub&gt;254&lt;/sub&gt;</td><td>Merck KGaA</td><td>1.05715.0001</td><td></td></tr><tr><td>Chromatorex</td><td>Fuji Silysia Chemical</td><td>FL100D</td><td></td></tr><tr><td>Sodium hydrogen carbonate</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>191-01305</td><td></td></tr><tr><td>Hydrochloric acid</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>080-01061</td><td></td></tr><tr><td>Sodium sulfate</td><td>Nacalai Tesque</td><td>31915-96</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Kanto Chemical</td><td>07278-81</td><td></td></tr><tr><td>Sodium chloride</td><td>Wako Pure Chemical Industries</td><td>194-01677</td><td></td></tr><tr><td>Methanol</td><td>Nacalai Tesque</td><td>21914-74</td><td></td></tr><tr><td>JEOL Always 300</td><td>JEOL</td><td></td><td>Measurement of NMR</td></tr><tr><td>Lamda 400</td><td>JEOL</td><td></td><td>Measurement of NMR</td></tr><tr><td>PerkinElmer Spectrum 100 FT-IR Spectrometer</td><td>Perkin Elmer</td><td></td><td>Measurement of IR</td></tr><tr><td>JEOL JMS-700</td><td>JEOL</td><td></td><td>Measurement of MS</td></tr><tr><td>PerkinElmer CHN 2400 analyzer</td><td>Perkin Elmer</td><td></td><td>Measurement of elemental analysis</td></tr><tr><td>JASCO P-1030 digital polarimeter</td><td>JASCO</td><td></td><td>Measurement of optical rotation</td></tr><tr><td>JASCO PU-2089 Plus intelligent HPLC pump</td><td>JASCO</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Jasco UV-2075 Plus Intelligent UV/Vis Detector</td><td>JASCO</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Rheodyne Model 7125 Injector</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>58826</td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Chromatopac C-R8A</td><td>Shimadzu</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>Senshu Pak Pegasil ODS</td><td>Senshu Scientific</td><td></td><td>For HPLC</td></tr><tr><td>&lt;em&gt;p&lt;/em&gt;-Toluenesulfenyl&amp;nbsp;chloride</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 38</td></tr><tr><td>Phenyl 6-O-acetyl-2,3,4-tri-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzyl-1-thio-a-D-mannopyranoside (a-&lt;strong&gt;9&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 52</td></tr><tr><td>4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzoyl-1-thio-b-D-galactopyranoside (b-&lt;strong&gt;21&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 53</td></tr><tr><td>4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzoyl-1-thio-b-D-glucopyranoside (b-&lt;strong&gt;31&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 57</td></tr><tr><td>4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-benzoyl-1-thio-a-D-Mannopyranoside (a-&lt;strong&gt;32&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 67</td></tr><tr><td>6-&lt;em&gt;N&lt;/em&gt;-Benzoyladenosine (&lt;strong&gt;14&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 54</td></tr><tr><td>2-&lt;em&gt;N&lt;/em&gt;-Isobutyrylguanosine (&lt;strong&gt;16&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 55</td></tr><tr><td>4-&lt;em&gt;N&lt;/em&gt;-Benzoylcytidine (&lt;strong&gt;20&lt;/strong&gt;)</td><td></td><td></td><td>Prepared&amp;nbsp; Ref. 56</td></tr></tbody></table>

regioselective o-glycosylation of nucleosides via the temporary 2',3'-diol protection by a boronic ester for the synthesis of disaccharide nucleosides

Moieties disaccharide ve nükleobazından oluşur, disaccharide nükleozitler doğal ürünler çok yönlü bioactivities sahip değerli bir grup olarak bilinmektedir. Kimyasal O- glikozilasyon disaccharide nükleozitler sentezlemek için yaygın olarak yararlı bir strateji olsa da, glikosil bağış ve alıcısı gibi yüzeylerde hazırlanması sıkıcı koruma grubu manipülasyonlar ve bir saflaştırma gerektirir Sentetik her adım. Bu arada, birkaç araştırma grubu bu boronic bildirdin ve borinic esterleri bir koruma veya aktive regio - ve/veya stereoselective asilasyonu, alkillenme, silylation ve glikozilasyon ulaşmak için karbonhidrat türevleri grup olarak hizmet vermektedir. Bu makalede, biz regioselective O- glikozilasyon, korumasız ribonucleosides boronic asit kullanan yordamı göstermek. Esterleşme, 2' 3'-diol ribonucleosides boronic asit ile geçici koruma diol ve aşağıdaki O- glikozilasyon glikosil donör huzurunda p- toluenesulfenyl klorür ve gümüş triflate, izni yapar regioselective tepki disaccharide nükleozitler göze 5'-hidroksil grubunun. Bu yöntem guanozin, adenozin sitidin Üridin 5-metyluridine ve 5-fluorouridine gibi çeşitli nükleozitler için uygulanabilir. Bu makale ve beraberindeki video korumasız nükleozit, O- Glikozilasyon için yararlı (görsel) bilgi ve kendi analogları disaccharide nükleozitler, hem de biyolojik olarak ilgili çeşitli sentezi için temsil eder türevleri.

O- glikozilasyon Üridin 10 thiomannoside α -9 ile sonuçları Tablo 160,61' özetlenir. 1. giriş, O- glikozilasyon 10 α -9 yokluğunda boronic asit türevleri, karmaşık bir karışımı oluşumunda sonuçlandı. Giriş 2'de, 10 phenylboronic asit 11a karışık ve pyridine ve 1,4-dioxane il...

Watch this Scientific Journal Video about Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides at JoVE

Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

Burada, bir geçici koruma ribonucleosides ile regioselective O- glikozilasyon tarafından iletişim kuralları disaccharide nükleozitler sentezi için mevcut onların 2', döngüsel bir boronic ester kullanan 3'-diol moieties. Bu yöntem Adenozin, guanozin sitidin Üridin 5-methyluridine ve ilgili disaccharide nükleozitler vermek 5-fluorouridine gibi birkaç korumasız nükleozitler uygulanır.

Regioselective O- glikozilasyon nükleozitler üzerinden geçici 2', 3'-Diol koruması tarafından Boronic Ester Disaccharide nükleozitler sentezi için

Disaccharide nucleosides, which consist of disaccharide and nucleobase moieties, have been known as a valuable group of natural products having ...

regioselective-o-glycosylation-nucleosides-via-temporary-2-3-diol

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Chemistry

Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

8.6K Görüntüleme.  Tokyo University of Science. Burada, bir geçici koruma ribonucleosides ile regioselective O- glikozilasyon tarafından iletişim kuralları disaccharide nükleozitler sentezi için mevcut onların 2', döngüsel bir boronic ester kullanan 3'-diol moieties. Bu yöntem Adenozin, guanozin sitidin Üridin 5-methyluridine ve ilgili disaccharide nükleozitler vermek 5-fluorouridine gibi birkaç korumasız nükleozitler uygulanır.

Video: Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

Nucleoside Triphosphates - From Synthesis to Biochemical Characterization

The traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the use of solid-phase synthesis by appending suitably modified phosphoramidite precursors to the nascent chain. However, the conditions used during the synthesis and the restriction to rather short sequences hamper the applicability of this methodology. On the other hand, modified nucleoside triphosphates are activated building blocks that have been employed for the mild introduction of numerous functional groups into nucleic acids, a strategy that paves the way for the use of modified nucleic acids in a wide-ranging palette of practical applications such as functional tagging and generation of ribozymes and DNAzymes. One of the major challenges resides in the intricacy of the methodology leading to the isolation and characterization of these nucleoside analogues.
	
	In this video article, we present a detailed protocol for the synthesis of these modified analogues using phosphorous(III)-based reagents. In addition, the procedure for their biochemical characterization is divulged, with a special emphasis on primer extension reactions and TdT tailing polymerization. This detailed protocol will be of use for the crafting of modified dNTPs and their further use in chemical biology.

The protocol described herein aims to explain and abridge the numerous obstacles in the way of the intricate route leading to modified nucleoside triphosphates. Consequently, this protocol facilitates both the synthesis of these activated building-blocks and their availability for practical applications.

Nükleosid trifosfatlar - sentezinden Biyokimyasal Karakterizasyonu için

The  traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the  use of solid-phase synthesis by appending suitably modified ...

Kimya

Synthesis of Indoxyl-glycosides for Detection of Glycosidase Activities

Indoxyl glycosides proved to be valuable and versatile tools for monitoring glycosidase activities. Indoxyls are released by enzymatic hydrolysis and are rapidly oxidized, for example by atmospheric oxygen, to indigo type dyes. This reaction enables fast and easy screening in vivo without isolation or purification of enzymes, as well as rapid tests on agar plates or in solution (e.g., blue-white screening, micro-wells) and is used in biochemistry, histochemistry, bacteriology and molecular biology. Unfortunately the synthesis of such substrates proved to be difficult, due to various side reactions and the low reactivity of the indoxyl hydroxyl function. Especially for glucose type structures low yields were observed. Our novel approach employs indoxylic acid ester as key intermediates. Indoxylic acid esters with varied substitution patterns were prepared on scalable pathways. Phase transfer glycosylations with those acceptors and peracetylated glycosyl halides can be performed under common conditions in high yields. Ester cleavage and subsequent mild silver mediated glycosylation yields the peracetylated indoxyl glycosides in high yields. Finally deprotection is performed according to Zempl&#233;n.

Indoxyl glycosides are well-established and widely used tools for enzyme screening and enzyme activity monitoring. Especially for glucose type structures previous syntheses proved to be challenging and low yielding. Our novel approach employs indoxylic acid esters as precious intermediates to yield a considerable number of indoxyl glycosides in good yields.

Glikosidaz Faaliyetlerinin Belirlenmesi için indoksil-glikozitler sentezi

Indoxyl glycosides proved to be valuable and versatile tools for monitoring glycosidase activities. Indoxyls are released by enzymatic hydrolysis and are ...

High-throughput Synthesis of Carbohydrates and Functionalization of Polyanhydride Nanoparticles

Transdisciplinary approaches involving areas such as material design, nanotechnology, chemistry, and immunology have to be utilized to rationally design efficacious vaccines carriers. Nanoparticle-based platforms can prolong the persistence of vaccine antigens, which could improve vaccine immunogenicity1. Several biodegradable polymers have been studied as vaccine delivery vehicles1; in particular, polyanhydride particles have demonstrated the ability to provide sustained release of stable protein antigens and to activate antigen presenting cells and modulate immune responses2-12.
The molecular design of these vaccine carriers needs to integrate the rational selection of polymer properties as well as the incorporation of appropriate targeting agents. High throughput automated fabrication of targeting ligands and functionalized particles is a powerful tool that will enhance the ability to study a wide range of properties and will lead to the design of reproducible vaccine delivery devices.
The addition of targeting ligands capable of being recognized by specific receptors on immune cells has been shown to modulate and tailor immune responses10,11,13 C-type lectin receptors (CLRs) are pattern recognition receptors (PRRs) that recognize carbohydrates present on the surface of pathogens. The stimulation of immune cells via CLRs allows for enhanced internalization of antigen and subsequent presentation for further T cell activation14,15. Therefore, carbohydrate molecules play an important role in the study of immune responses; however, the use of these biomolecules often suffers from the lack of availability of structurally well-defined and pure carbohydrates. An automation platform based on iterative solution-phase reactions can enable rapid and controlled synthesis of these synthetically challenging molecules using significantly lower building block quantities than traditional solid-phase methods16,17.
Herein we report a protocol for the automated solution-phase synthesis of oligosaccharides such as mannose-based targeting ligands with fluorous solid-phase extraction for intermediate purification. After development of automated methods to make the carbohydrate-based targeting agent, we describe methods for their attachment on the surface of polyanhydride nanoparticles employing an automated robotic set up operated by LabVIEW as previously described10. Surface functionalization with carbohydrates has shown efficacy in targeting CLRs10,11 and increasing the throughput of the fabrication method to unearth the complexities associated with a multi-parametric system will be of great value (Figure 1a).

In this article, a high throughput method is presented for the synthesis of oligosaccharides and their attachment to the surface of polyanhydride nanoparticles for further use in targeting specific receptors on antigen presenting cells.

Polianhidrid Nanopartiküller Yüksek throughput Karbonhidrat sentezi ve işlevsel

Transdisciplinary approaches involving areas such as material design, nanotechnology, chemistry, and immunology have to be utilized to rationally design ...

Biyomühendislik

Chemo-enzymatic Synthesis of N-glycans for Array Development and HIV Antibody Profiling

We present a highly efficient way for the rapid preparation of a wide range of N-linked oligosaccharides (estimated to exceed 20,000 structures) that are commonly found on human glycoproteins. To achieve the desired structural diversity, the strategy began with the chemo-enzymatic synthesis of three kinds of oligosaccharyl fluoride modules, followed by their stepwise &#945;-selective glycosylations at the 3-O and 6-O positions of the mannose residue of the common core trisaccharide having a crucial &#946;-mannoside linkage. We further attached the N-glycans to the surface of an aluminum oxide-coated glass (ACG) slide to create a covalent mixed array for the analysis of hetero-ligand interaction with an HIV antibody. In particular, the binding behavior of a newly isolated HIV-1 broadly neutralizing antibody (bNAb), PG9, to the mixture of closely spaced Man5GlcNAc2 (Man5) and 2,6-di-sialylated bi-antennary complex type N-glycan (SCT) on an ACG array, opens a new avenue to guide the effective immunogen design for HIV vaccine development. In addition, our ACG array embodies a powerful tool to study other HIV antibodies for hetero-ligand binding behavior.

Chemo-enzymatic Synthesis of N-glycans for Array Development and HIV Antibody Profiling

A modular approach to the synthesis of N-glycans for attachment to an aluminum oxide-coated glass slide (ACG slide) as a glycan microarray has been developed and its use for the profiling of an HIV broadly neutralizing antibody has been demonstrated.

N- glukanlardir dizi geliştirme ve HIV antikor için kemoterapi enzimatik sentezi profil oluşturma

We present a highly efficient way for the rapid preparation of a wide range of N-linked oligosaccharides (estimated to exceed 20,000 structures) that are ...

Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

Solid-phase synthesis has been used to obtain canonical and modified polymers of nucleic acids, specifically of DNA or RNA, which has made it a popular methodology for applications in various fields and for different research purposes. The procedure described herein focuses on the synthesis, purification, and characterization of dodecamers of RNA 5&#39;-[CUA CGG AAU CAU]-3&#39; containing zero, one, or two modifications located at the C2&#39;-O-position. The probes are based on 2-thiophenylmethyl groups, incorporated into RNA nucleotides via standard organic synthesis and introduced into the corresponding oligonucleotides via their respective phosphoramidites. This report makes use of phosphoramidite chemistry via the four canonical nucleobases (Uridine (U), Cytosine (C), Guanosine (G), Adenosine (A)), as well as 2-thiophenylmethyl functionalized nucleotides modified at the 2&#39;-O-position; however, the methodology is amenable for a large variety of modifications that have been developed over the years. The oligonucleotides were synthesized on a controlled-pore glass (CPG) support followed by cleavage from the resin and deprotection under standard conditions, i.e., a mixture of ammonia and methylamine (AMA) followed by hydrogen fluoride/triethylamine/N-methylpyrrolidinone. The corresponding oligonucleotides were purified via polyacrylamide electrophoresis (20% denaturing) followed by elution, desalting, and isolation via reversed-phase chromatography (Sep-pak, C18-column). Quantification and structural parameters were assessed via ultraviolet-visible (UV-vis) and circular dichroism (CD) photometric analysis, respectively. This report aims to serve as a resource and guide for beginner and expert researchers interested in embarking in this field. It is expected to serve as a work-in-progress as new technologies and methodologies are developed. The description of the methodologies and techniques within this document correspond to a DNA/RNA synthesizer (refurbished and purchased in 2013) that uses phosphoramidite chemistry.

Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

This article provides a detailed procedure on the solid-phase synthesis, purification, and characterization of dodecamers of RNA modified at the C2&#39;-O-position. UV-vis and circular dichroism photometric analyses are used to quantify and characterize structural aspects, i.e., single-strands or double-strands.

Bir 2&#39;-amino asit içeren RNA Oligomerlerinin Katı Faz Sentezi Protokolü<em&gt; Ç</em&gt; Tiyofenilmetil Değiştirme ve Sirküler Dikroizm ile Karakterizasyonlar

Solid-phase synthesis has been used to obtain canonical and modified polymers of nucleic acids, specifically of DNA or RNA, which has made it a popular ...

One-pot Microwave-assisted Conversion of Anomeric Nitrate-esters to Trichloroacetimidates

The goal of the following procedure is to provide a demonstration of the one-pot conversion of a 2-azido-1-nitrate-ester to a trichloroacetimidate glycosyl donor. Following azido-nitration of a glycal, the product 2-azido-1-nitrate ester can be hydrolyzed under microwave-assisted irradiation. This transformation is usually achieved using strongly nucleophilic reagents and extended reaction times. Microwave irradiation induces hydrolysis, in the absence of reagents, with short reaction times. Following denitration, the intermediate anomeric alcohol is converted, in the same pot, to the corresponding 2-azido-1-trichloroacetimidate.

A 2-azido-1-nitrate-ester can be converted to the corresponding 2-azido-1-trichloroacetimidate in a one-pot procedure. The goal of the manuscript is to demonstrate utility of the microwave reactor in carbohydrate synthesis.

One-pot mikrodalga destekli dönüşüm anomerik nitrat-esterleri Trichloroacetimidates

The goal of the following procedure is to provide a demonstration of the one-pot conversion of a 2-azido-1-nitrate-ester to a trichloroacetimidate ...

Hierarchical and Programmable One-Pot Oligosaccharide Synthesis

This article presents a general experimental protocol for programmable one-pot oligosaccharide synthesis and demonstrates how to use Auto-CHO software for generating potential synthetic solutions. The programmable one-pot oligosaccharide synthesis approach is designed to empower fast oligosaccharide synthesis of large amounts using thioglycoside building blocks (BBLs) with the appropriate sequential order of relative reactivity values (RRVs). Auto-CHO is a cross-platform software with a graphical user interface that provides possible synthetic solutions for programmable one-pot oligosaccharide synthesis by searching a BBL library (containing about 150 validated and &#62;50,000 virtual BBLs) with accurately predicted RRVs by support vector regression. The algorithm for hierarchical one-pot synthesis has been implemented in Auto-CHO and uses fragments generated by one-pot reactions as new BBLs. In addition, Auto-CHO allows users to give feedback for virtual BBLs to keep valuable ones for further use. One-pot synthesis of stage-specific embryonic antigen 4 (SSEA-4), which is a pluripotent human embryonic stem cell marker, is demonstrated in this work.

This protocol demonstrates how to use the Auto-CHO software for hierarchical and programmable one-pot synthesis of oligosaccharides. It also describes the general procedure for RRV determination&#160;experiments and one-pot glycosylation of SSEA-4.

Hiyerarşik ve Programlanabilir Tek Pot Oligosakkarit Sentezi

This article presents a general experimental protocol for programmable one-pot oligosaccharide synthesis and demonstrates how to use Auto-CHO software for ...

Synthesis of Information-bearing Peptoids and their Sequence-directed Dynamic Covalent Self-assembly

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded oligomeric strands mediated by paired dynamic covalent interactions in a manner mimicking the thermal cycling commonly employed for the self-assembly of complementary nucleic acid sequences. Primary amine monomers bearing aldehyde and amine pendant moieties are functionalized with orthogonal protecting groups for use as dynamic covalent reactant pairs. Using a modified automated peptide synthesizer, the primary amine monomers are encoded into oligo(peptoid) strands through solid-phase submonomer synthesis. Upon purification by high-performance liquid chromatography (HPLC) and characterization by electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS), sequence-specific oligomers are subjected to high-loading of a Lewis acidic rare-earth metal triflate which both deprotects the aldehyde moieties and affects the reactant pair equilibrium such that strands completely dissociate. Subsequently, a fraction of the Lewis acid is extracted, enabling annealing of complementary sequence-specific strands to form information-encoded molecular ladders characterized by matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS). The simple procedure outlined in this report circumvents kinetic traps commonly experienced in the field of dynamic covalent assembly and serves as a platform for the future design of robust, complex architectures.

A protocol is presented for the synthesis of information-encoded peptoid oligomers and for the sequence-directed self-assembly of these peptoids into molecular ladders using amines and aldehydes as dynamic covalent reactant pairs and Lewis acidic rare-earth metal triflates as multi-role reagents.

Bilgi taşıyan Peptoidlerin sentezi ve Dizi yönelimli Dinamik Kovalent Öz-montaj

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded ...

Chemical Triphosphorylation of Oligonucleotides

The 5&#8242;-triphosphate is an essential nucleic acid modification found throughout all life and increasingly used as a functional modification of oligonucleotides in biotechnology and synthetic biology. Oligonucleotide 5&#8242;-triphosphates have historically been prepared in vitro by enzymatic methods. However, these methods are limited to natural RNA oligonucleotides, have strong sequence preferences, and tend to produce heterogeneous products. New methods of chemical triphosphorylation complement both the reduced cost of automated oligonucleotide synthesis by phosphoramidite chemistry and the diverse range of nucleotide modifications now available. Thus, the synthesis of oligonucleotide triphosphates of arbitrary sequence and length, and optionally containing various nonnatural modifications, is now accessible.
This paper presents the appropriate methods and techniques for chemical triphosphorylation of oligonucleotides using salicyl phosphorochloridite and pyrophosphate. This method uses commercially available reagents, is compatible with most oligonucleotides prepared by standard solid-phase synthesis methods, and can be completed in 2 h following oligonucleotide synthesis, before deprotection and purification. Two uses of chemically triphosphorylated oligonucleotides as substrates for catalytic RNA enzymes are demonstrated, including the synthesis of a mirror-image version of the hammerhead ribozyme from nonbiological L-RNA triphosphates.

Oligonucleotide 5&#8242;-triphosphates are ubiquitous components in essential biological pathways and have seen increasing use in biotechnology applications. Here, we describe techniques for the routine synthesis and purification of oligonucleotide 5&#8242;-triphosphates, starting from oligonucleotides prepared by standard automated synthesis techniques.

Oligonükleotidlerin Kimyasal Trifosforilasyonu

The 5&#8242;-triphosphate is an essential nucleic acid modification found throughout all life and increasingly used as a functional modification of ...

<meta charset="utf8"></head><body>MOE ile hücre içi sialillenmiş glikanları görselleştirmek için genleşme mikroskobu

Visualizing Intracellular Sialylation with Click Chemistry and Expansion Microscopy

Metabolic labeling techniques allow the incorporation of bioorthogonal reporters into glycans, enabling the targeted bioconjugation of molecular dyes within cells through click and bioorthogonal chemistry. Metabolic oligosaccharide engineering (MOE) has attracted considerable interest due to the essential role of glycosylation in numerous biological processes that involve molecular recognition and its impact on pathologies ranging from cancer to genetic disorders to viral and bacterial infections.
Although MOE is better known for the detection of cell surface glycoconjugates, it is also a very important methodology for the study of intracellular glycans in physiological and pathological contexts. Such studies greatly benefit from high spatial resolution. However, super-resolution microscopy is not readily available in most laboratories and poses challenges for daily implementation. Expansion microscopy is a recent alternative that enhances the resolution of microscopy by physically enlarging biological specimens labeled with fluorescent markers. By embedding the sample in a swellable gel and causing it to expand isotropically through chemical treatment, subcellular structures can be visualized with enhanced precision and resolution without the need for super-resolution techniques.
In this work, we illustrate the capacity of expansion microscopy to visualize intracellular sialylated glycans through the combined use of MOE and click chemistry. Specifically, we propose a procedure for bioorthogonal labeling and expansion microscopy that employs a reporter targeting sialylation, which may be associated with immunofluorescence for co-localization studies. This protocol enables localization studies of sialoconjugate biosynthesis, intracellular trafficking, and recycling.

<meta charset="utf8"></head><body>Click Kimyası ve Genleşme Mikroskobu ile Hücre İçi Sialilasyonun Görselleştirilmesi

Here, we propose a simple protocol combining metabolic oligosaccharide engineering, click chemistry, and expansion microscopy that allows bioimaging of intracellular sialylated N-glycoproteins with improved resolution using routine microscopy equipment.

Click Kimyası ve Genleşme Mikroskobu ile Hücre İçi Sialilasyonun Görselleştirilmesi

Metabolic labeling techniques allow the incorporation of bioorthogonal reporters into glycans, enabling the targeted bioconjugation of molecular dyes ...