Um fluxo de trabalho integrado de identificação e quantificação no metabolome não-alvo baseado em controle FDR

Este protocolo permite a análise qualitativa e quantitativa do metabolome não-alvo com base no controle de qualidade FDR que reduz efetivamente os falsos positivos da identificação metabólica. Este fluxo de trabalho integra o XY-Meta que utiliza a estratégia de isca-alvo para avaliar o FDR com mais precisão para identificação metabolome no módulo de análise qualitativa. Esta medida pode efetivamente filtrar resultados falsos positivos da identificação metabolome não alvo, o que melhora a robustez de descobrir biomarcadores ou moléculas-chave.

Esperamos que os pesquisadores possam entender e dominar a estratégia de isca-alvo para o controle da FDR e devem tentar executar rigorosamente este pipeline várias vezes com os parâmetros padrão do protocolo. Comece indo para a página web do banco de dados GNPS e clique em procurar conjuntos de dados. Pesquise a palavra-chave na coluna título e clique no número de identificação do conjunto de dados.

Baixe o conjunto de dados usando FTP e salve os dados brutos na respectiva pasta. Para converter o formato de dados brutos, instale primeiro o software ProteoWizard. Sob o caminho de instalação ProteoWizard, digite msconvert.

exe, seguido pelos parâmetros específicos para converter o formato de dados brutos em formato mzXML. Novamente, usando msconvert. exe converta esses dados em formato MGF e armazene-os na pasta MGF.

Para preparar a biblioteca espectral de referência para os metabólitos, acesse a página web do GNPS. Pesquise a palavra-chave NIST, clique em exibir os detalhes e baixe a biblioteca. Salve a biblioteca na pasta do banco de dados.

Baixe o programa XY-Meta. Encontre o arquivo de configuração do parâmetro na pasta config e altere seu conteúdo conforme descrito no protocolo de texto. Defina o tipo de adutos como uma lista na pasta aduto.

Realize a identificação metabólica e o falso controle da taxa de detecção usando o comando XY-Meta.exe. Baixe e instale o pacote de software metaX. Em seguida, edite a lista de amostras.

arquivo txt para especificar a amostra e seus dados correspondentes de espectrometria de massa, conforme descrito no protocolo de texto. Use o arquivo R fornecido com o protocolo de texto para executar o script para quantificação de grupos simulados e tipos selvagens usando o software metaX. Verifique a pasta de saída na qual os resultados da análise quantitativa são armazenados, como o gráfico PCA.

Em seguida, modifique os parâmetros no script R para anotar os picos na análise qualitativa e quantitativa usando identificações metabólitos, a fim de integrar os resultados e executar o script R. Parcelas de caixa de metabólitos quantificados mostraram que a distribuição geral de amostras saudáveis e de doenças foi semelhante com baixa flutuação dos valores médios. Apenas 3,39% dos metabólitos tinham mais de 30% dos valores faltantes.

O enredo de análise de componentes de princípios das amostras de ambos os grupos mostrou que metaX aumentou notavelmente a proporção dos metabólitos com CV inferior a 0,3. Um diagrama de Venn de metabólitos detectados diferencialmente a partir de três métodos de teste estatísticos revelou 119 metabólitos comuns. O tempo de retenção e a massa por distribuição de carga de todos os metabólitos anotados foram plotados com uma falsa taxa de descoberta inferior a 0,01, mostrando seis metabólitos significativos e detectados diferencialmente.

É importante limitar o tempo para testes de fluxo de trabalho. Lembre-se, não selecione muitas amostras para análise e mantenha pelo menos duas amostras em cada grupo. Esta técnica permite o controle de qualidade da identificação metabolizada a partir de dados independentes de aquisição de dados, construindo uma biblioteca espectral de espectro de referência mais robusta usando os resultados de correspondência de espectro com base no controle FDR.