내분비 분열기의 전산 수생 독성학을 위한 실리코 모델링 방법: QSAR 툴박스를 사용하는 소프트웨어 기반 접근 방식

당사의 프로토콜은 접근성이 높고 개방형 소프트웨어 프로그램을 사용하여 내분비 를 방해하는 화학 물질의 단기 적인 부작용을 신속하게 계산할 수 있습니다. 이 OECD QSAR 도구 상자는 화학 물질의 독성을 예측하는 데 유용하며 사용자 친화적 인 방식으로 내분비 파괴자의 급성 생태 독성을 평가하는 효율적인 방법을 제공합니다. QSAR 도구 상자를 시작하면 사용자는 기본적으로 입력 도구 상자 단계에서 시작하고 도구 상자는 문서 1이라는 작업 파일을 자동으로 만듭니다.

화학 추상 서비스 번호를 클릭한 후 사용 가능한 텍스트 필드에 대상 물질의 화학 추상 서비스 번호를 입력하고 검색을 클릭합니다. 구조 버튼을 통해 단순화된 분자 입력 라인 입력 시스템 코드로 물질을 검색할 수도 있습니다. 여러 대상 물질에 대한 실리코 내 분석작업을 수행하려면 각 화학 추상 서비스 번호가 한 행에 나열되어 있는 텍스트 편집기에 간단한 물질 목록을 작성하고 적절한 이름으로 텍스트 파일을 저장합니다.

그런 다음 데이터를 클릭하고 에코독성 정보에 나열된 데이터베이스가 확인되어 있는지 확인합니다. 입력을 클릭하고 쿼리를 선택하고 대화 상자 창에서 예를 클릭하여 선택한 설정을 수락합니다. 화학 추상 서비스 탭에서 로드 목록을 선택하여 텍스트 파일로 저장된 물질 목록을 업로드합니다.

팝업 메뉴 하단에 추가를 클릭하고 실행을 클릭합니다. QSAR 도구 상자에는 검색을 위해 검색된 물질의 수를 나타내는 메시지가 표시됩니다. 프로파일링을 위해 프로파일링 도구 상자 스테이지 버튼을 클릭하고 스테이지 옵션 패널에서 프로파일링 메서드로 이동합니다.

프로파일링 방법 창에서 모두 선택 취소를 클릭하고 엔드포인트별 에서 수생 독성과 관련된 프로파일러에 나열된 모든 프로파일러가 확인되어 있는지 확인한 다음, 파라미터 적용을 클릭하여 원하는 대로 통합 된 2D 및 3D QSAR 모델을 실행합니다. 데이터 수집의 경우 데이터 도구 상자 스테이지 버튼을 클릭하고 작업 도구 모음을 수집합니다. 모든 끝점을 선택하여 모든 실험 데이터를 수집하거나 끝점 특정 실험 데이터를 수집하도록 선택합니다.

관심있는 끝점을 마우스 오른쪽 단추로 클릭하고 Okay를 클릭하기 전에 사용 가능한 용어와 화살표를 사용하여 원하는 방식으로 끝점 트리를 구성합니다. 그런 다음 관심 있는 끝점을 마우스 오른쪽 단추로 클릭하고 데이터 매트릭스 내보내기를 선택하여 수집된 데이터를 스프레드시트로 내보냅니다. 행렬 내보내기 마법사가 나타나내보내기 목록에 다른 끝점을 추가할 수 있습니다.

선택을 완료하고 내보내기를 클릭하여 파일을 저장합니다. 데이터 갭 채우기의 경우 데이터 갭 채우기 도구 상자 스테이지 버튼을 클릭하고 자동 단추를 클릭합니다. 생태독성 정보와 물고기를 선택, 치명적인 농도 50%에서 96 시간 및 확인을 클릭합니다.

워크플로 컨트롤러 창이 나타납니다. 일괄 처리 모드를 실행하는 경우 워크플로를 실행할 물질의 범위를 지정합니다. 예측이 성공적으로 실행된 경우 보고서 도구 상자 스테이지 버튼을 클릭하고 결과 예측 값을 클릭하고 예측을 클릭하고 팝업 마법사에서 보고서 내용 및 모양을 사용자 지정합니다.

다음을 클릭한 후 보고서 만들기를 클릭하고 예측 및 범주 보고서를 PDF 파일 및 데이터 매트릭스로 스프레드시트 파일로 저장합니다. 선택된 내분비 파괴자의 예측된 급성 독성의 정량적 분석에서, 로그 로그 스케일로서 실험 데이터 점 대 예측된 데이터 포인트가 플롯되었을 때 두 파라미터 간의 양수 상관관계가 분석된 모든 물고기에 대해서도 분석된 당사의 대표적인 종에 대해서도 발견되었다. 가장 높은 신뢰성의 안전 평가를 가능하게 하기 위해, 실험적으로 파생된 값대비 50%로 치명적인 농도의 95% 신뢰 구간의 예측 하한을 플로팅하여 추가 계산 해석을 수행하였다.

높은 안전 임계값을 가진 이 평가에서, 시험된 총 내분비 방해 화합물의 92%는 실험적으로 파생된 값에 비해 보호 범위에 속하는 것으로 나타났다. 여기서 에스트로겐 수용체 바인더에 대한 50%값에서 예측된 치명적인 농도의 평균 수준은 비바인더보다 높았다. 대조적으로, 50%값에서 실험적인 치명적인 농도에 대 한, 비 및 약한 바인더의 세 가지 수준은 강한 에스트로겐 수용체 바인더의 그 보다 높았다.

이 절차는 고유 식별자가 있는 화학 물질에만 적용할 수 있으며, 이 경우 SMILES 코드입니다. OECD QSAR 툴박스에 통합된 다른 자동화된 워크플로우가 있는데, 이 워크플로우도 유사하게 적용될 수 있으며 피부 민감화를 위한 것입니다.