מטרת הפרויקט היא לספק מתודולוגיה מפורטת לביצוע ניתוח צפלומטרי תלת-ממדי תוך שימוש בקבוצה מתוקפת של ציוני דרך תלת-ממדיים בשלד. ציוני דרך אלה מכסים את אזורי בסיס הגולגולת, מקסילה הפנים והלסת התחתונה, וניתן להשתמש בהם במחקרים קליניים כמו גם מחקריים. יש עקומת למידה למי שמבאר את ציוני הדרך בפעם הראשונה על נפח התלת-ממד, ומומלץ מאוד להתאמן כדי לרכוש יותר ניסיון ועקביות לפני יישום ציוני דרך אלה במחקרים קליניים ומחקריים.
הניתוח הצפלומטרי התלת-ממדי מציע מדדים מדויקים יותר בהשוואה לניתוח צפלומטרי דו-ממדי. בגלל העיוות וההגדלה של המבנים האנטומיים בסרטי רנטגן קונבנציונליים ובפורמטים דיגיטליים דו-ממדיים, ניתוח צפלומטרי דו-ממדי יכול להוביל למעקב ופרשנויות מדויקות. יתר על כן, הקואורדינטות של ציוני הדרך התלת-ממדיים ניתנות לייצוא ומשמשות להולכה של אנליזה גיאומטרית-מורפומטרית לחקר צורה.
השימוש בניתוח נתונים תלת ממדי יכול להיות חלק מגישה פנוטיפית כמותית מעמיקה במקרה של עיוותים גולגולתיים. בנוסף, שילוב של ניתוח מורפומטרי עם ניתוח פונקציונלי ומידע גנטי יספק ידע חדש במקרה של התפתחות craniofacial בקבוצות בריאות כמו גם מחלות.