Un pipeline polyvalent pour l’analyse des changements dynamiques dans les corps nucléaires dans une variété de types de cellules

Notre principal intérêt de recherche est un mécanisme épigénétique qui régule l’élasticité cellulaire humaine et l’adaptation à l’environnement. Je me concentre actuellement sur l’étude de la façon dont les changements de chromatisation au sein d’un condensat nucléaire entraînent trois conditions cellulaires pathologiques. Je crois que l’étude des propriétés biophysiques de la chromatisation ouvre un nouveau domaine et offre des opportunités uniques pour développer de nouvelles approches thérapeutiques.

Les tests d’immunofluorescence sont précieux pour le criblage de l’organisation des protéines dans les condensats nucléaires. Cependant, la génétique humaine peut être difficile en raison de problèmes de sélection de paramètres et d’un grand volume de données lors de l’étude de plusieurs conditions. Nous proposons un guide complet sur la façon d’utiliser les bons paramètres et un pipeline d’analyse automatisé pour rationaliser le processus.

Notre protocole guide l’utilisateur de la préparation de l’échantillon à l’analyse. Nous avons fourni une conception de pipeline simulée par l’intermédiaire de Doza avec une expertise limitée en calcul et en analyse d’images. Le flux de travail est accessible à tous gratuitement, et s’appuie sur des logiciels largement adoptables tels que Imogene et Python et le service gratuit basé sur le cloud Google Colab.